Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM133477
035-os BibID:	(scopus)105017380695 (wos)001579457400001
Első szerző:	Alnajjar, Maher
Cím:	A New Family-Based Approach for Detecting Allele-Specific Expression and for Mapping Possible eQTLs / Alnajjar Maher, Fekete Zsófia, Nagy Tibor, Német Zoltán, Sakif Agshin, Ninausz Nóra, Fehér Péter, Stéger Viktor, Barta Endre
Dátum:	2025
ISSN:	2076-2615
Megjegyzések:	Allele-specific expression (ASE) reflects the unequal expression of the parental alleles and can imply functional variants in cis-regulatory elements. The conventional ASE detection methods often depend on the presence of heterozygous variants in transcripts or sequencing a large number of individuals, both of which are often limited. In this study, we present a family-based strategy for detecting ASE and potential cis-regulatory elements utilizing both RNA-seq and whole-genome sequencing (WGS) from a pedigree. Using a rabbit family consisting of two divergent parents and their eight offspring, we identified 913 ASE genes by analyzing inheritance patterns of gene expression levels. Expression was classified into three levels?high, medium, and low?and used to define seven distinct expression groups across the family (e.g., H_L: high in the mother, low in the father, and intermediate in the offspring). Many ASE genes lacked heterozygous exonic variants, and inference was achieved via RNA read count patterns. We also pinpointed conserved transcription factor binding sites (TFBS) with sequence variants showing similar inherited genotypic patterns (e.g., AAxBB), suggesting their regulatory roles as eQTLs. Differential gene expression (DEG) analysis between the parents highlighted some candidate genes related to meat production and quality traits. Our findings show that the family-based method using RNA-seq and WGS data is promising for exploring ASE and mapping possible eQTLs.
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk Transzkriptomika genomika
Megjelenés:	Animals. - 15 : 18 (2025), p. 1-23. -
További szerzők:	Fekete Zsófia Nagy Tibor (Gödöllő) Német Zoltán Sakif, Agshin Ninausz Nóra Fehér Péter Stéger Viktor Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Pályázati támogatás:	TKP2021-NKTA-34 Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM128945
035-os BibID:	(Scopus)105000868298 (WoS)001453538000001
Első szerző:	Fekete Zsófia
Cím:	Whole-Genome Sequencing-Based Population Genetic Analysis of Wild and Domestic Rabbit Breeds / Zsófia Fekete, Zoltán Német, Nóra Ninausz, Péter Fehér, Mátyás Schiller, Maher Alnajjar, Áron Szenes, Tibor Nagy, Viktor Stéger, Levente Kontra, Endre Barta
Dátum:	2025
ISSN:	2076-2615
Megjegyzések:	The European rabbit exists in the wild and has several highly bred domesticated forms. There are well-separated wild European rabbit populations, and intensive breeding has resulted in various forms and utilizations. In this work, we aimed to carry out an extended WGS-based population genomics study on several wild European rabbit populations and selected breeds. Utilizing multiple methods, we showed that although domestic and wild populations were clearly separated, there was evidence of admixture between them in France and Hungary. The populations showed various levels of inbreeding, with one of the Hungarian subpopulations having excess runs of homozygosity. We identified numerous variants fixed in either domestic or wild animals, two of which were found to be fixed at different alleles in the two populations. Some putatively selected regions did not overlap with any known genes in the rabbit genome, suggesting some importance to these intergenic sites. The enrichment of selected regions in certain types of transcription factor binding sites suggests a possible role for these regulatory elements during domestication. In addition, the new high-coverage rabbit whole-genome sequences may provide helpful material for further population genetics analyses.
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk genomics population genetics
Megjelenés:	Animals. - 15 : 6 (2025), p. 1-18. -
További szerzők:	Német Zoltán Ninausz Nóra Fehér Péter Schiller Mátyás Alnajjar, Maher Szenes Áron Nagy László Tibor (1978-) (bioinformatikus, molekuláris biológus) Stéger Viktor Kontra Levente Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Pályázati támogatás:	TKP2021-NKTA-34 Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM112702
Első szerző:	Nagy Tibor (Gödöllő)
Cím:	The golden jackal (Canis aureus) reference genome assembly and annotation / Tibor Nagy, Erika Csányi, Maher Alnajjar, Péter Fehér, Nóra Ninausz, Orsolya Feró, Morten Skage, Spyridon Kollias, Zsófia Fekete, Levente Kontra, Gyula Sándor, Miklós Heltai, Lóránt Székvölgyi, Viktor Stéger and Endre Barta
Dátum:	2022
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok tanulmány, értekezés könyvrészlet
Megjelenés:	3rd International Jackal Symposium 02-04. November 2022. Gödöllő, Hungary : Abstract Book / ed. Miklós Heltai. - p. 61. -
További szerzők:	Csányi Erika Alnajjar, Maher Fehér Péter Ninausz Nóra Feró Orsolya Skage, Morten Kollias, Spyridon Fekete Zsófia Kontra Levente Sándor Gyula Heltai Miklós Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus) Stéger Viktor Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Internet cím:	Szerző által megadott URL Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: