Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM127923
035-os BibID:	(scopus)85215837860 (WoS)001410586600001
Első szerző:	Göcz Balázs
Cím:	Laser-capture microdissection for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons / Göcz Balázs, Rumpler Éva, Szentkirályi-Tóth Soma, Skrapits Katalin, Takács Szabolcs, Sárvári Miklós, Farkas Imre, Póliska Szilárd, Hrabovszky Erik
Dátum:	2025
ISSN:	0021-9258 1083-351X
Megjegyzések:	We developed a versatile ♭IHC/LCM-Seq' method for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons collected with laser-capture microdissection (LCM). IHC/ LCM-Seq uses aluminon and polyvinyl sulfonic acid for inventive RNA-preserving strategies to maintain RNA integrity in free-floating sections of 4% formaldehyde-fixed brains. To validate IHC/LCM-Seq, we first immunostained and harvested striatal cholinergic interneurons with LCM. RNA preparations were subjected to random primer-based cDNA library preparation and bulk sequencing on the NextSeq Illumina platform. IHC/LCM-Seq detected 16,000 transcripts, reaching the sensitivity of a reference ♭LCM-Seq method' developed for fluorescently tagged neurons microdissected from lightly formaldehyde-fixed and slide-mounted brain sections of transgenic mice. We successfully used the new IHC/LCM-Seq approach to provide unprecedented insight into the transcriptome of immunohistochemically detected gonadotropinreleasing hormone (GnRH) neurons regulating reproduction. The 13,000 to 14,000 transcripts identified in GnRH neurons of adult male rats and mice encoded 28 proteins implicated previously in human infertility, 35 neuropeptides, 34 nuclear receptors, and 164 G protein?coupled receptors. Functional experiments using slice electrophysiology established that the heavy Ntsr2 expression conveys a strong excitatory action of neurotensin on GnRH neurons. As an unexpected species difference, we found that GnRH neurons exclusively expressed estrogen receptor-b in rats and against the current consensus, the alpha estrogen receptor isoform in mice. The IHC/LCMSeq technique we are reporting is a highly sensitive and accurate bulk sequencing approach to characterize the transcriptome landscape of immunohistochemically labeled neurons, including neuroendocrine GnRH cells. This method is readily applicable to any species, opening new perspectives also for future studies of the post mortem human brain.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk Gonadotropin-releasing hormone neurons laser-capture microdissection LCM-Seq method
Megjelenés:	Journal Of Biological Chemistry. - 301 : 2 (2025), p. 1-16. -
További szerzők:	Rumpler Éva Szentkirályi-Tóth Soma Skrapits Katalin Takács Szabolcs Sárvári Miklós Farkas Imre Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Hrabovszky Erik
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM136745
Első szerző:	Mianesaz, Hamidreza (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:	Genome-wide chromatin profiling reveals a non-limiting role for RXR in macrophage-like cells stimulated with multiple nuclear receptor agonists / Hamidreza Mianesaz, Loránd Göczi, Dóra Bojcsuk, Safoura Ghalamkari, Lina Fadel, Szilárd Póliska, András Penyige, László Nagy, Gergely Nagy, György Vámosi, Lajos Széles
Dátum:	2026
ISSN:	0021-9258 1083-351X
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Journal of Biological Chemistry. - "Accepted by Publisher" (2026). -
További szerzők:	Göczi Loránd (1993-) (PhD Hallgató) Bojcsuk Dóra (1990-) (klinikai laboratóriumi kutató) Ghalamkari, Safoura Fadel, Lina (1988-) (gyógyszerész) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Penyige András (1954-) (molekuláris genetikus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Vámosi György (1967-) (biofizikus) Széles Lajos (1971-) (molekuláris biológus)
Internet cím:	Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM116728
035-os BibID:	(scopus)85168733631
Első szerző:	Rumpler Éva
Cím:	Development of a versatile LCM-Seq method for spatial transcriptomics of fluorescently tagged cholinergic neuron populations / Rumpler Éva, Göcz Balázs, Skrapits Katalin, Sárvári Miklós, Takács Szabolcs, Farkas Imre, Póliska Szilárd, Papp Márton, Solymosi Norbert, Hrabovszky Erik
Dátum:	2023
ISSN:	0021-9258 1083-351X
Megjegyzések:	Single-cell transcriptomics are powerful tools to define neuronal cell types based on co-expressed gene clusters. Limited RNA input in these technologies necessarily compromises transcriptome coverage and accuracy of differential expression analysis. We propose that bulk RNA-Seq of neuronal pools defined by spatial position offers an alternative strategy to overcome these technical limitations. We report a laser-capture microdissection (LCM)-Seq method which allows deep transcriptome profiling of fluorescently tagged neuron populations isolated with LCM from histological sections of transgenic mice. Mild formaldehyde fixation of ZsGreen marker protein, LCM sampling of ?300 pooled neurons, followed by RNA isolation, library preparation and RNA-Seq with methods optimized for nanogram amounts of moderately degraded RNA enabled us to detect ?15,000 different transcripts in fluorescently labeled cholinergic neuron populations. The LCM-Seq approach showed excellent accuracy in quantitative studies, allowing us to detect 2891 transcripts expressed differentially between the spatially defined and clinically relevant cholinergic neuron populations of the dorsal caudate-putamen and medial septum. In summary, the LCM-Seq method we report in this study is a versatile, sensitive, and accurate bulk sequencing approach to study the transcriptome profile and differential gene expression of fluorescently tagged neuronal populations isolated from transgenic mice with high spatial precision.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk basal forebrain cholinergic formaldehyde gene expression laser-capture microdissection RNA-Seq spatial transcriptomics transcriptome profiling
Megjelenés:	Journal Of Biological Chemistry. - 299 : 9 (2023), p. 1-13. -
További szerzők:	Göcz Balázs Skrapits Katalin Sárvári Miklós Takács Szabolcs Farkas Imre Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Papp Márton (bioinformatika) Solymosi Norbert Hrabovszky Erik
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: