Magyar
Toggle navigation
Tudóstér
Magyar
Tudóstér
Keresés
Egyszerű keresés
Összetett keresés
CCL keresés
Egyszerű keresés
Összetett keresés
CCL keresés
Böngészés
Saját polc tartalma
(
0
)
Korábbi keresések
Összesen 1 találat.
#/oldal:
12
36
60
120
Rövid
Hosszú
MARC
Részletezés:
Rendezés:
Szerző növekvő
Szerző csökkenő
Cím növekvő
Cím csökkenő
Dátum növekvő
Dátum csökkenő
1.
001-es BibID:
BIBFORM049597
035-os BibID:
(Scopus)84879143595 (WoS)000325840200014 (PMID)23973299
Első szerző:
Nagy Gergely (molekuláris biológus)
Cím:
A novel method to predict regulatory regions based on histone mark landscapes in macrophages / Gergely Nagy, Bence Dániel, Dávid Jónás, László Nagy, Endre Barta
Dátum:
2013
ISSN:
0171-2985
Megjegyzések:
Macrophages as phagocytes and professional antigen presenting cells play critical roles in both innate and adaptive immunity. Main transcription factors acting during their differentiation and function are known, but the behavior and co-operation of these factors still remained unexplored. We introduce a new approach to map nucleosome-free regions using exclusively active enhancer and core promoter marking histone modification ChIP-seq data. We could detect approximately 56,000 potential active enhancers/promoters showing different lengths and histone modification shapes. Beside the highly enriched PU.1 and C/EBP sites, we could also detect binding sites for RUNX and AP-1, as well as for the MiT (MITF-TFE) family and MEF2 proteins. The PU.1 and C/EBP transcription factors are known for transforming cells into macrophages. The other transcription factors found in this study can play a role in macrophages as well, since it is known that the MiT family proteins are responsible for phagocytic activity and the MEF2 proteins specify monocytic differentiation over the granulocyte direction. Our results imply that this method can provide novel information about transcription factor organization at enhancers and core promoters as well as about the histone modifications surrounding regulatory regions in any immune or other cell types.
Tárgyszavak:
Orvostudományok
Elméleti orvostudományok
idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
BWA
Burrows-Wheeler Alignment Tool
CRE
ChIP
DMEM
Dulbecco's modified Eagle's medium
ENCODE
Enhancer
FAIRE
HLH
HOMER
HTH
Histone modification
IGV
Macrophage
NFR
NOR
Nucleosome-free region
PU.1
Promoter
SRA
TSS
bZIP
basic leucine zipper
cAMP response element
chromatin immunoprecipitation
encyclopedia of DNA elements
formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements
helix-loop-helix
helix-turn-helix
hypergeometric optimization of motif EnRichment
integrative genomics viewer
nucleosome occupied region
nucleosome-free region
sequence read archive
transcription start site
Megjelenés:
Immunobiology. - 218 : 11 (2013), p. 1416-1427. -
További szerzők:
Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus)
Jonás Dávid
Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Pályázati támogatás:
K100196
OTKA
TÁMOP422_2012_002
TÁMOP
Internet cím:
Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:
Rekordok letöltése
1
Corvina könyvtári katalógus v8.2.27
© 2023
Monguz kft.
Minden jog fenntartva.