Magyar
Toggle navigation
Tudóstér
Magyar
Tudóstér
Keresés
Egyszerű keresés
Összetett keresés
CCL keresés
Egyszerű keresés
Összetett keresés
CCL keresés
Böngészés
Saját polc tartalma
(
0
)
Korábbi keresések
Összesen 1 találat.
#/oldal:
12
36
60
120
Rövid
Hosszú
MARC
Részletezés:
Rendezés:
Szerző növekvő
Szerző csökkenő
Cím növekvő
Cím csökkenő
Dátum növekvő
Dátum csökkenő
1.
001-es BibID:
BIBFORM055472
Első szerző:
Owen, Michael C.
Cím:
The Effect of Newly Developed OPLS-AA Alanyl Radical Parameters on Peptide Secondary Structure / Michael C. Owen, László Tóth, Balázs Jojárt, István Komáromi, Imre G. Csizmadia, Bela Viskolcz
Dátum:
2012
ISSN:
1549-9618
Megjegyzések:
Recent studies using ab initio calculations have-shown that C-alpha-centered radical formation by H-abstraction from the backbone of peptide residues has dramatic effects on peptide structure and have suggested that this reaction may contribute to the protein misfolding observed in Alzheimer's and Parkinson's diseases. To enable the effects of C-alpha-centered radicals to be studied in longer peptides and proteins over longer time intervals, force-field parameters for the C-alpha-centered Ala radical were developed for use with the OPLS force field by minimizing the sum of squares deviation between the quantum chemical and OPLS-AA energy hypersurfaces. These parameters were used to determine the effect of the C-alpha-centered Ala radical on the structure of a hepta-alanyl peptide in molecular dynamics (MD) simulations. A negligible sum-of-squares energy deviation was observed in the stretching parameters, and the newly developed OPLS-AA torsional parameters showed a good agreement with the LMP2/cc-pVTZ(-f) hypersurface. The parametrization also demonstrated that derived force-field bond length and bond angle parameters can deviate from the quantum chemical equilibrium values, and that the improper torsional parameters should be developed explicitly with respect to the coupled torsional parameters. The MD simulations showed planar conformations of the C-alpha-containing residue (Alr) are preferred and these conformations increase the formation of gamma-, alpha-, and pi-turn structures depending on the position in the turn occupied by the Alr residue. Higher-ordered structures are destabilized by Alr except when this residue occupies position "i + 1" of the 3(10)-helix. These results offer new insight into the protein-misfolding mechanisms initiated by H-abstraction from the C-alpha of peptide and protein residues.
Tárgyszavak:
Természettudományok
Kémiai tudományok
idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:
Journal of Chemical Theory and Computation. - 8 : 8 (2012), p. 2569-2580. -
További szerzők:
Tóth László (1983-) (vegyész)
Jójárt Balázs
Komáromi István (1957-) (vegyész, molekuláris biológus, biokémikus)
Csizmadia, Imre G.
Viskolcz Béla
Internet cím:
Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:
Rekordok letöltése
1
Corvina könyvtári katalógus v8.2.27
© 2023
Monguz kft.
Minden jog fenntartva.