Magyar
Toggle navigation
Tudóstér
Magyar
Tudóstér
Keresés
Egyszerű keresés
Összetett keresés
CCL keresés
Egyszerű keresés
Összetett keresés
CCL keresés
Böngészés
Saját polc tartalma
(
0
)
Korábbi keresések
Összesen 1 találat.
#/oldal:
12
36
60
120
Rövid
Hosszú
MARC
Részletezés:
Rendezés:
Szerző növekvő
Szerző csökkenő
Cím növekvő
Cím csökkenő
Dátum növekvő
Dátum csökkenő
1.
001-es BibID:
BIBFORM104432
035-os BibID:
(WOS)000750635800001 (Scopus)85124135780
Első szerző:
Sipiczki Mátyás (biológus)
Cím:
When barcoding fails : Genome chimerization (admixing) and reticulation obscure phylogenetic and taxonomic relationships / Matthias Sipiczki
Dátum:
2022
ISSN:
1755-098X 1755-0998
Megjegyzések:
DNA barcoding is based on the premise that the barcode sequences can distinguish individuals (strains) of different species because their sequence variation between species exceeds that within species. The primary barcodes used in fungal and yeast taxonomy are the ITS segments and the LSU (large subunit) D1/D2 domain of the homogenized multicopy rDNA repeats. The secondary barcodes are conserved segments of protein-encoding genes, which usually have single copies in haploid genomes. This study shows that the analysis of barcode sequences fails to reconstruct accurate species trees and differentiate species when the organisms have chimeric genomes composed of admixed mosaics of different origins. It is shown that the type strains of 10 species of the pulcherrima clade of the ascomycetous yeast genus Metschnikowia cannot be differentiated with standard barcodes because their intragenomic diversity is comparable to or even higher than the interstrain diversity. The analysis of a large group of genes of the sequenced genomes of the clade and the viability and segregation of the hybrids of ex-type strains indicate that the high intragenomic barcode differences can be attributed to admixed genome structures. Because of the mosaic structures of the genomes, the rDNA repeats do not form continuous arrays and thus cannot be homogenized. Since the highly diverse ITS and D1/D2 sequences of the type strains form a continuous pool including pseudogenes, the evolution of their rDNA appears to involve reticulation. The secondary barcode sequences and the nonbarcode genes included in the analysis show incongruent phylogenetic relationships among the type strains, which can also be attributed to differences in the phylogenetic histories of the genes.
Tárgyszavak:
Természettudományok
Biológiai tudományok
idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
barcodes
Metschnikowia
mosaic genome
network analysis
phylogenetic analysis
reticulation
rRNA secondary structure
Megjelenés:
Molecular Ecology Resources. - 22 : 5 (2022), p. 1762-1785. -
Pályázati támogatás:
NKFIH-2019-2.1.11-TÉT2019-00001
Egyéb
NKFIH-K-124417
Egyéb
Internet cím:
Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:
Rekordok letöltése
1
Corvina könyvtári katalógus v8.2.27
© 2023
Monguz kft.
Minden jog fenntartva.