Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM072111
035-os BibID:	(WoS)000423645700002 (Scopus)85034832211
Első szerző:	Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:	Dynamic transcriptional control of macrophage miRNA signature via inflammation responsive enhancers revealed using a combination of next generation sequencing-based approaches / Czimmerer Zsolt, Horvath Attila, Daniel Bence, Nagy Gergely, Cuaranta-Monroy Ixchelt, Kiss Mate, Kolostyak Zsuzsanna, Poliska Szilard, Steiner Laszlo, Giannakis Nikolas, Varga Tamas, Nagy Laszlo
Dátum:	2018
ISSN:	1874-9399
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Biochimica et Biophysica Acta (BBA). Gene Regulatory Mechanisms. - 1861 : 1 (2018), p. 14-28. -
További szerzők:	Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Kiss Máté Kolostyák Zsuzsanna Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Steiner László Giannakis, Nikolas Varga Tamás (1971-) (biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM063958
Első szerző:	Sándor Katalin (molekuláris biológus, biokémikus-genomikus)
Cím:	Transcriptional control of transglutaminase 2 expression in mouse apoptotic thymocytes / Katalin Sándor, Bence Dániel, Bea Kiss, Fruzsina Kovács, Zsuzsa Szondy
Dátum:	2016
ISSN:	1874-9399
Megjegyzések:	Transglutaminase 2 (TGM2) is a ubiquitously expressed multifunctional protein, which participates in various biological processes including thymocyte apoptosis. As a result, the transcriptional regulation of the gene is complex and must depend on the cell type. Previous studies from our laboratory have shown that in dying thymocytes the expression of TGM2 is induced by external signals derived from engulfing macrophages, such as retinoids, transforming growth factor (TGF)-β and adenosine, the latter triggering the adenylate cyclase signaling pathway. The existence of TGF-β and retinoid responsive elements in the promoter region of Tgm2 has already been reported, but the intergenic regulatory elements participating in the regulation of Tgm2 have not yet been identified. Here we used publicly available results from DNase I hypersensitivity analysis followed by deep sequencing and chromatin immunoprecipitation followed by deep sequencing against CCCTC-binding factor, H3K4me3, H3K4me1 and H3K27ac to map a putative regulatory element set for Tgm2 in thymocytes. By measuring eRNA expressions of these putative enhancers in retinoid, rTGF-β or dibutiryl cAMP-exposed thymocytes we determined which of them are functional. By applying ChIP-qPCR against SMAD4, retinoic acid receptor, retinoid X receptor, cAMP response element binding protein, P300 and H3K27ac under the same conditions, we identified two enhancers of Tgm2, which seem to act as integrators of the TGF-β, retinoid and adenylate cyclase signaling pathways in dying thymocytes. Our study describes a novel strategy to identify and characterize the signal specific functional enhancer set of a gene by integrating genome-wide datasets and measuring the production of enhancer specific RNA molecules
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban T cell Apoptosis gene regulation enhancer RNA transglutaminase 2 chip-seq
Megjelenés:	Biochimica et Biophysica Acta (BBA). Gene Regulatory Mechanisms. - 1859 : 8 (2016), p. 964-974. -
További szerzők:	Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Kiss Beáta (1984-) (biokémikus, molekuláris biológus) Kovács Fruzsina (2000-) (molekuláris biológus, biotechnológus) Szondy Zsuzsanna (1959-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:	K104228 OTKA NK 105046 OTKA 4.2.2.A-11/1/KONV-2012-0023 TÁMOP
Internet cím:	Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat DOI Szerző által megadott URL
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM049598
035-os BibID:	PMID:23860260 WOS:000325593700011
Első szerző:	Szénási Tibor
Cím:	Hmgb1 can facilitate activation of the matrilin-1 gene promoter by Sox9 and L-Sox5/Sox6 in early steps of chondrogenesis / Tibor Szénási, Erzsébet Kénesi, Andrea Nagy, Annamária Molnár, Bálint László Bálint, Ágnes Zvara, Zsolt Csabai, Ferenc Deák, Beáta Boros Oláh, Lajos Mátés, László Nagy, László G. Puskás, Ibolya Kiss
Dátum:	2013
ISSN:	1874-9399
Megjegyzések:	The architectural high mobility group box 1 (Hmgb1) protein acts as both a nuclear and an extracellular regulator of various biological processes, including skeletogenesis. Here we report its contribution to the evolutionarily conserved, distinctive regulation of the matrilin-1 gene (Matn1) expression in amniotes. We previously demonstrated that uniquely assembled proximal promoter elements restrict Matn1 expression to specific growth plate cartilage zones by allowing varying doses of L-Sox5/Sox6 and Nfi proteins to fine-tune their Sox9-mediated transactivation. Here, we dissected the regulatory mechanisms underlying the activity of a conserved distal promoter element 1. We show that this element carries three Sox-binding sites, works as an enhancer in vivo, and allows promoter activation by the Sox5/6/9 chondrogenic trio. In early steps of chondrogenesis, declining Hmgb1 expression overlaps with the onset of Sox9 expression. Unlike repression in late steps, Hmgb1 overexpression in early chondrogenesis increases Matn1 promoter activation by the Sox trio, and forced Hmgb1 expression in COS-7 cells facilitates induction of Matn1 expression by the Sox trio. The conserved Matn1 control elements bind Hmgb1 and SOX9 with opposite efficiency in vitro. They show higher HMGB1 than SOX trio occupancy in established chondrogenic cell lines, and HMGB1 silencing greatly increases MATN1 and COL2A1 expression. Together, these data thus suggest a model whereby Hmgb1 helps recruit the Sox trio to the Matn1 promoter and thereby facilitates activation of the gene in early chondrogenesis. We anticipate that Hmgb1 may similarly affect transcription of other cartilage-specific genes.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban Growth plate Cartilage-specific regulation Matrilin Transgenic mice Chromatin immunoprecipitation Silencing
Megjelenés:	Biochimica et Biophysica Acta (BBA). Gene Regulatory Mechanisms. - 1829 : 10 (2013), p. 1075-1091. -
További szerzők:	Kénesi Erzsébet Nagy Andrea Molnár Annamária Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos) Zvara Ágnes Csabai Zsolt Deák Ferenc (Szeged) Boros-Oláh Beáta (1989-) (molekuláris biológus) Mátés Lajos Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Puskás László G. Kiss Ibolya
Pályázati támogatás:	BO/00781/11 János Bolyai fellowship BO/795/08 János Bolyai fellowship
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: