CCL

Összesen 5 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM078612
035-os BibID:(PMID)31039369 (WoS)000468162100003 (Scopus)85064939471
Első szerző:Bojcsuk Dóra (klinikai laboratóriumi kutató)
Cím:Classification of different types of estrogen receptor alpha binding sites in MCF-7 cells / Dóra Bojcsuk, Bálint László Bálint
Dátum:2019
ISSN:0168-1656
Megjegyzések:Estrogen Receptor alpha (ERα) is a ligand-activated transcription factor and it has a prominent role in both physiological and pathological processes of the reproductive system. ERα has been investigated extensively in breast cancer and the MCF-7 breast-cancer-derived cell line is a widely used model for the study of its behavior. In this paper we provide a systematic catalog of the possible scenarios of binding to more than 80,000 ERα transcription factor binding sites based on the mechanism of ERα binding to DNA (upon both vehicle and estradiol (E2) treatment). A key feature of the estrogen-driven genetic programs is the presence or absence of the specific response element referred to as the estrogen response element (ERE). While ERα-driven super-enhancers are key components of estrogen-dependent genetic programs, three additional classes of enhancers could be identified: one with the presence of ERE where the ERα bound to the DNA prior of E2-treatment, one where the E2 was required for ERα binding even in the presence of ERE, and one where the ERα binding is established through the response elements of the collaborating factors. Our results suggest that different scenarios of ERα binding result in different genetic programs.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
ChIP-seq
Estrogen receptor
Estrogen response element
MCF-7 cell line
Transcription factor
Megjelenés:Journal of Biotechnology. - 299 (2019), p. 13-20. -
További szerzők:Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos)
Pályázati támogatás:EFOP-3.6.1-16-2016-00022
EFOP
GINOP-2.3.3-15-2016-00007
GINOP
K129166
OTKA
ÚNKP-18-3-III-DE-253
Egyéb
EFOP-3.6.3-VEKOP-16-2017-00009
EFOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM079298
035-os BibID:(PMID)31158411 (WoS)000473008800003 (Scopus)85067187461
Első szerző:Erdős Edina (klinikai laboratóriumi kutató)
Cím:COUP-TFII is a modulator of cell-type-specific genetic programs based on genomic localization maps / Edina Erdős, Bálint László Bálint
Dátum:2019
ISSN:0168-1656
Megjegyzések:Chicken ovalbumin upstream promoter transcription factor II (COUP-TFII) is a member of the steroid/thyroid hormone receptor superfamily, but its ligand has not yet been identified. Little is known about the role of the COUP-TFII nuclear receptor in cancer cells. In this study, we mapped the cistrome of COUP-TFII in three different cancer cells, namely breast cancer cells (MCF-7), myelogenous leukaemia cells (K562) and liver cancer cells (HepG2) using publicly available ChIP-seq data. Our results show that COUP-TFII co-localises with master transcription factors (TFs) in a cell-specific manner such as estrogen receptor alpha in MCF-7, hepatocyte nuclear factor alpha in HepG2, and GATA-binding factor in K562, while the shared, non-specific COUP-TFII binding sites are co-occupied by CTCF. We identified chromatin environments for these COUP-TFII and master TF co-bound sites together with COUP-TFII and CTCF co-bound sites. Our results show that COUP-TFII and master TF co-bound sites are marked with active enhancer specific histone modifications (H3K27ac and H3K4me1), while COUP-TFII and CTCF co-bound sites reveal active promoter specific histone marks (H3K27ac and H3K4me3). These results describe the genomic context and role of COUP-TFII in the cell-type specific transcriptional programs. Furthermore, we report that the VEGFA gene regulated by shared COUP-TFII and CTCF co-bound regulatory elements is involved in long-range looping in a cell-type-independent manner. These findings provide a genomic insight into the regulation and angiogenic role of COUP-TFII.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
COUP-TFII/NR2F2
Cell-type-specific regulation
Estrogen receptor alpha (ERα)
Hepatocyte nuclear factor 4 alpha (HNF4α)
Master transcription factor
VEGFA
Megjelenés:Journal Of Biotechnology. - 301 (2019), p. 11-17. -
További szerzők:Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos)
Pályázati támogatás:EFOP-3.6.1-16-2016-00022
EFOP
GINOP-2.3.3-15-2016-00007
GINOP
NKFIH K-129166
OTKA
TÁMOP 4.2.4.A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM079299
035-os BibID:(WoS)000471093600008 (Scopus)85066256023
Első szerző:Keresztessy Zsolt
Cím:Development of an antibody control system using phage display / Zsolt Keresztessy, Edina Erdos, Lilla Ozgyin, János Kádas, József Horváth, Gábor Zahuczky, Balint L. Balint
Dátum:2019
ISSN:0168-1656
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Journal Of Biotechnology. - 300 (2019), p. 63-69. -
További szerzők:Erdős Edina (1989-) (klinikai laboratóriumi kutató) Ozgyin Lilla (1989-) (molekuláris biológus) Kádas János (1976-) (molekuláris biológus, biokémikus, kertészmérnök) Horváth József (1987-) (molekuláris genetikus) Zahuczky Gábor (1975-) (molekuláris biológus, biokémikus, vegyész) Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.3-15-2016-00007
GINOP
EFOP-3.6.1-16-2016-00022
EFOP
NKFIH K-129166
OTKA
EA_KFI_EPIGEN08
Egyéb
REG_EA_KFI_INNANTet
Egyéb
TÁMOP 4.2.4.A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM095689
035-os BibID:(WoS)000684852400006 (Scopus)85111011996
Első szerző:Miskei Márton (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:Genome-wide mapping of binding sites of the transposase-derived SETMAR protein in the human genome / Márton Miskei, Adrienn Horváth, Lívia Viola, Laura Varga, Éva Nagy, Orsolya Feró, Zsolt Karányi, Jason Roszik, Csaba Miskey, Zoltán Ivics, Lóránt Székvölgyi
Dátum:2021
ISSN:2001-0370
Megjegyzések:Throughout evolution, DNA transposons provide a recurrent supply of genetic information to give rise to novel gene functions by fusion of their transposase domain to various domains of host-encoded proteins. One of these "domesticated", transposase-derived factors is SETMAR/Metnase which is a naturally occurring fusion protein that consists of a histone-lysine methyltransferase domain and an HsMar1 transposase. To elucidate the biological role of SETMAR, it is crucial to identify genomic targets to which SETMAR specifically binds and link these sites to the regulation of gene expression. Herein, we mapped the genomic landscape of SETMAR binding in a near-haploid human leukemia cell line (HAP1) in order to identify on-target and off-target binding sites at high resolution and to elucidate their role in terms of gene expression. Our analysis revealed a perfect correlation between SETMAR and inverted terminal repeats (ITRs) of HsMar1 transposon remnants, which are considered as natural target sites for SETMAR binding. However, we did not detect any untargeted events at non-ITR sequences, calling into question previously proposed off-target binding sites. We identified sequence fidelity of the ITR motif as a key factor for determining the binding affinity of SETMAR for chromosomes, as higher conservation of ITR sequences resulted in increased affinity for chromatin and stronger repression of SETMAR-bound gene loci. These associations highlight how SETMAR's chromatin binding fine-tune gene regulatory networks in human tumour cells.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
SETMAR/Metnase
transposase
histone methyltransferase
ChIP-seq
Megjelenés:Computational and Structural Biotechnology Journal. - 19 (2021), p. 4032-4041. -
További szerzők:Horváth Adrienn Viola Lívia Varga Laura Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Feró Orsolya Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Roszik, Jason Miskey Csaba Ivics Zoltán (1964-) (biológus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00024
GINOP
NKFIH-NNE-130913
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM088309
035-os BibID:(WoS)000607348200002 (Scopus)85088920358
Első szerző:Nagy Gergely (molekuláris biológus)
Cím:Motif grammar : the basis of the language of gene expression / Gergely Nagy, Laszlo Nagy
Dátum:2020
ISSN:2001-0370
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Computational and Structural Biotechnology Journal. - 18 (2020), p. 2026-2032. -
További szerzők:Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:NKFIH KKP 129909
Egyéb
ÚNKP-19-4-DE-173
ÚNKP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1 
Corvina könyvtári katalógus v8.2.27 © 2023 Monguz kft. Minden jog fenntartva.