CCL

Összesen 8 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM062579
035-os BibID:(cikkazonosító)478
Első szerző:Emri Tamás (biológus)
Cím:Core oxidative stress response in Aspergillus nidulans / Tamás Emri, Vera Szarvas, Erzsébet Orosz, Károly Antal, HeeSoo Park, Kap-Hoon Han, Jae-Hyuk Yu and István Pócsi
Dátum:2015
ISSN:1471-2164
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:BMC Genomics. - 16 (2015), p. 1-19. -
További szerzők:Szarvas Vera Orosz Erzsébet (1988-) (biológus) Antal Károly (neurobiológus) Park, Hee-Soo Han, Kap-Hoon Yu Jae-Hyuk Pócsi István (1961-) (vegyész)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM057866
035-os BibID:WOS:000338261300001
Első szerző:Fekete Erzsébet (biotechnológus, egyetemi tanár)
Cím:The transcriptome of lae1 mutants of Trichoderma reesei cultivated at constant growth rates reveals new targets of LAE1 function / Erzsébet Fekete, Levente Karaffa, Razieh Karimi Aghcheh, Zoltán Németh, Éva Fekete, Anita Orosz, Melinda Paholcsek, Anikó Stágel, Christian P. Kubicek
Dátum:2014
ISSN:1471-2164
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:BMC Genomics 15 (2014), p. 447-1 - 447-10. -
További szerzők:Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Karimi Aghcheh, Razieh Németh Zoltán (1987-) (biomérnök) Fekete Éva (1981-) (molekuláris biológus) Orosz Anita (1988-) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus) Stágel Anikó (agrár) Kubicek, Christian P.
Pályázati támogatás:TÁMOP-4.2.4.A/ 2-11/1-2012-0001
TÁMOP
TÁMOP-4.2.2.A-11/1/KONV-2012-0043
TÁMOP
OTKA-K100660
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM074252
035-os BibID:(cikkazonosító)357 (WoS)000431831000009 (Scopus)85046627290
Első szerző:Kurucz Vivien (gyógyszerész)
Cím:Additional oxidative stress reroutes the global response of Aspergillus fumigatus to iron depletion / Vivien Kurucz, Thomas Krüger, Károly Antal, Anna-Maria Dietl, Hubertus Haas, István Pócsi, Olaf Kniemeyer, Tamás Emri
Dátum:2018
ISSN:1471-2164
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
gene cluster
biosynthetic
Megjelenés:BMC Genomics. - 19 (2018), p. 1-19. -
További szerzők:Krüger, Thomas Antal Károly (neurobiológus) Dietl, Anna-Maria Haas, Hubertus Pócsi István (1961-) (vegyész) Kniemeyer, Olaf Emri Tamás (1969-) (biológus)
Pályázati támogatás:EFOP-3.6.1-16-2016-00022
EFOP
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM097910
035-os BibID:(cikkazonosító)310
Első szerző:Nagy Nikoletta Andrea (biológus)
Cím:Draft genome of a biparental beetle species, Lethrus apterus / Nagy Nikoletta A., Rácz Rita, Rimington Oliver, Póliska Szilárd, Orozco-terWengel Pablo, Bruford Michael W., Barta Zoltán
Dátum:2021
ISSN:1471-2164
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:BMC Genomics. - 22 : 1 (2021). -
További szerzők:Rácz Rita (1989-) (biológus) Rimington, Oliver Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Orozco-terWengel, Pablo Bruford, Michael W. Barta Zoltán (1967-) (biológus, zoológus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM018108
Első szerző:Pócsi István (vegyész)
Cím:Comparison of gene expression signatures of diamide, H2O2 and menadione exposed Aspergillus nidulans cultures - linking genome-wide transcriptional changes to cellular physiology / István Pócsi, Márton Miskei, Zsolt Karányi, Tamás Emri, Patricia Ayoubi, Tünde Pusztahelyi, György Balla, Rolf A. Prade
Dátum:2005
ISSN:1471-2164
Megjegyzések:Background In addition to their cytotoxic nature, reactive oxygen species (ROS) are also signal molecules in diverse cellular processes in eukaryotic organisms. Linking genome-wide transcriptional changes to cellular physiology in oxidative stress-exposed Aspergillus nidulans cultures provides the opportunity to estimate the sizes of peroxide (O22-), superoxide (O2?-) and glutathione/glutathione disulphide (GSH/GSSG) redox imbalance responses. Results Genome-wide transcriptional changes triggered by diamide, H2O2 and menadione in A. nidulans vegetative tissues were recorded using DNA microarrays containing 3533 unique PCR-amplified probes. Evaluation of LOESS-normalized data indicated that 2499 gene probes were affected by at least one stress-inducing agent. The stress induced by diamide and H2O2 were pulse-like, with recovery after 1 h exposure time while no recovery was observed with menadione. The distribution of stress-responsive gene probes among major physiological functional categories was approximately the same for each agent. The gene group sizes solely responsive to changes in intracellular O22-, O2?- concentrations or to GSH/GSSG redox imbalance were estimated at 7.7, 32.6 and 13.0 %, respectively. Gene groups responsive to diamide, H2O2 and menadione treatments and gene groups influenced by GSH/GSSG, O22- and O2?- were only partly overlapping with distinct enrichment profiles within functional categories. Changes in the GSH/GSSG redox state influenced expression of genes coding for PBS2 like MAPK kinase homologue, PSK2 kinase homologue, AtfA transcription factor, and many elements of ubiquitin tagging, cell division cycle regulators, translation machinery proteins, defense and stress proteins, transport proteins as well as many enzymes of the primary and secondary metabolisms. Meanwhile, a separate set of genes encoding transport proteins, CpcA and JlbA amino acid starvation-responsive transcription factors, and some elements of sexual development and sporulation was ROS responsive. Conclusion The existence of separate O22-, O2?- and GSH/GSSG responsive gene groups in a eukaryotic genome has been demonstrated. Oxidant-triggered, genome-wide transcriptional changes should be analyzed considering changes in oxidative stress-responsive physiological conditions and not correlating them directly to the chemistry and concentrations of the oxidative stress-inducing agent.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:BMC Genomics. - 6 : 182 (2005), p. 1-18 . -
További szerzők:Miskei Márton (1978-) (molekuláris biológus, genetikus) Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Emri Tamás (1969-) (biológus) Ayoubi, Patricia Pusztahelyi Tünde (1969-) (biológus, angol-magyar szakfordító) Balla György (1953-) (csecsemő és gyermekgyógyász, neonatológus) Prade, Rolf A.
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM018107
Első szerző:Portnoy, Thomas
Cím:The CRE1 carbon catabolite repressor of the fungus Trichoderma reesei: a master regulator of carbon assimilation / Thomas Portnoy, Antoine Margeot, Rita Linke, Lea Atanasova, Erzsébet Fekete, Erzsébet Sándor, Lukas Hartl, Levente Karaffa, Irina S Druzhinina, Bernhard Seiboth, Stéphane Le Crom, Christian P Kubicek
Dátum:2011
ISSN:1471-2164
Megjegyzések:Background The identification and characterization of the transcriptional regulatory networks governing the physiology and adaptation of microbial cells is a key step in understanding their behaviour. One such wide-domain regulatory circuit, essential to all cells, is carbon catabolite repression (CCR): it allows the cell to prefer some carbon sources, whose assimilation is of high nutritional value, over less profitable ones. In lower multicellular fungi, the C2H2 zinc finger CreA/CRE1 protein has been shown to act as the transcriptional repressor in this process. However, the complete list of its gene targets is not known. Results Here, we deciphered the CRE1 regulatory range in the model cellulose and hemicellulose-degrading fungus Trichoderma reesei (anamorph of Hypocrea jecorina) by profiling transcription in a wild-type and a delta-cre1 mutant strain on glucose at constant growth rates known to repress and de-repress CCR-affected genes. Analysis of genome-wide microarrays reveals 2.8% of transcripts whose expression was regulated in at least one of the four experimental conditions: 47.3% of which were repressed by CRE1, whereas 29.0% were actually induced by CRE1, and 17.2% only affected by the growth rate but CRE1 independent. Among CRE1 repressed transcripts, genes encoding unknown proteins and transport proteins were overrepresented. In addition, we found CRE1-repression of nitrogenous substances uptake, components of chromatin remodeling and the transcriptional mediator complex, as well as developmental processes. Conclusions Our study provides the first global insight into the molecular physiological response of a multicellular fungus to carbon catabolite regulation and identifies several not yet known targets in a growth-controlled environment.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:BMC Genomics. - 12 : 269 (2011), p. 1-12. -
További szerzők:Margeot, Antoine Linke, Rita Atanasova, Lea Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Karaffa Erzsébet Mónika (1972-) (mikrobiológus, egyetemi tanár) Hartl, Lukas Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Druzhinina, Irina S. Seiboth, Bernhard Le Crom, Stéphane Kubicek, Christian P.
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

7.

001-es BibID:BIBFORM117877
035-os BibID:(cikkazonosító)45 (Scopus)85181689003 (WOS)001138932000001
Első szerző:Rádai Zoltán (biológus)
Cím:An overlooked phenomenon : complex interactions of potential error sources on the quality of bacterial de novo genome assemblies / Zoltán Rádai, Alex Váradi, Péter Takács, Nikoletta Andrea Nagy, Nicholas Schmitt, Eszter Prépost, Gábor Kardos, Levente Laczkó
Dátum:2024
ISSN:1471-2164
Megjegyzések:Background: Parameters adversely affecting the contiguity and accuracy of the assemblies from Illumina next-generation sequencing (NGS) are well described. However, past studies generally focused on their additive effects, overlooking their potential interactions possibly exacerbating one another's effects in a multiplicative manner. To investigate whether or not they act interactively on de novo genome assembly quality, we simulated sequencing data for 13 bacterial reference genomes, with varying levels of error rate, sequencing depth, PCR and optical duplicate ratios. Results: We assessed the quality of assemblies from the simulated sequencing data with a number of contiguity and accuracy metrics, which we used to quantify both additive and multiplicative effects of the four parameters. We found that the tested parameters are engaged in complex interactions, exerting multiplicative, rather than additive, effects on assembly quality. Also, the ratio of non-repeated regions and GC% of the original genomes can shape how the four parameters affect assembly quality. Conclusions: We provide a framework for consideration in future studies using de novo genome assembly of bacterial genomes, e.g. in choosing the optimal sequencing depth, balancing between its positive effect on contiguity and negative effect on accuracy due to its interaction with error rate. Furthermore, the properties of the genomes to be sequenced also should be taken into account, as they might influence the effects of error sources themselves.
Tárgyszavak:Orvostudományok Egészségtudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Bacterial genomes
Optical duplicates
PCR duplicates
Sequencing depth
Sequencing error
Megjelenés:BMC Genomics. - 25 : 1 (2024), p. 1-8. -
További szerzők:Váradi Alex (1991-) (biológus) Takács Péter (1966-) (informatikus) Nagy Nikoletta Andrea (1990-) (biológus) Schmitt, Nicholas Prépost Eszter Kardos Gábor (1974-) (szakorvos, klinikai mikrobiológus) Laczkó Levente (1992-) (biológus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

8.

001-es BibID:BIBFORM081935
035-os BibID:(WOS)000499182500001 (Scopus)85075277364
Első szerző:Szabó Krisztina (molekuláris biológus)
Cím:Deletion of the fungus specific protein phosphatase Z1 exaggerates the oxidative stress response in Candida albicans / Krisztina Szabó, Ágnes Jakab, Szilárd Póliska, Katalin Petrényi, Katalin Kovács, Lama Hasan Bou Issa, Tamás Emri, István Pócsi, Viktor Dombrádi
Dátum:2019
ISSN:1471-2164
Megjegyzések:Background:Candida albicansis an opportunistic pathogen which is responsible for widespread nosocomialinfections. It encompasses a fungus specific serine/threonine protein phosphatase gene, CaPPZ1 that is involvedin cation transport, cell wall integrity, oxidative stress response, morphological transition, and virulence accordingto the phenotypes of thecappz1deletion mutant.Results:We demonstrated that a short-term treatment with a sublethal concentration oftert-butyl hydroperoxidesuppressed the growth of the fungal cells without affecting their viability, both in thecappz1mutant and in thegenetically matching QMY23 control strains. To reveal the gene expression changes behind the above observationswe carried out a global transcriptome analysis. We used a pilot DNA microarray hybridization together withextensive RNA sequencing, and confirmed our results by quantitative RT-PCR. Novel functions of the CaPpz1enzyme and oxidative stress mechanisms have been unraveled. The numbers of genes affected as well as theamplitudes of the transcript level changes indicated that the deletion of the phosphatase sensitized the responseofC. albicansto oxidative stress conditions in important physiological functions like membrane transport, cellsurface interactions, oxidation-reduction processes, translation and RNA metabolism.Conclusions:We conclude that in the wild typeC. albicansCaPPZ1 has a protective role against oxidative damage.We suggest that the specific inhibition of this phosphatase combined with mild oxidative treatment could be afeasible approach to topical antifungal therapy.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Candida albicans
Protein phosphatase Z1
Deletion mutant
Oxidative stress
tert-butyl hydoperoxide
Transcriptome
DNA microarray
RNA-Seq
Quantitative RT-PCR
Megjelenés:Bmc Genomics. - 20 (2019), p. 1-17. -
További szerzők:Jakab Ágnes (1987-) (biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Petrényi Katalin (1988-) (Ph.D hallgató) Kovács Katalin (1978-) (biokémikus) Issa, Lama Hasan Bou Emri Tamás (1969-) (biológus) Pócsi István (1961-) (vegyész) Dombrádi Viktor (1953-) (biokémikus)
Pályázati támogatás:NKFIH-K108989
NKFIH
EFOP-3.6.1-16-2016-00022
EFOP
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1 
Corvina könyvtári katalógus v8.2.27 © 2023 Monguz kft. Minden jog fenntartva.