Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM079818
035-os BibID:	(cikkazonosító)102642 (Scopus)85068486502 (PMID)31300387
Első szerző:	Boros-Oláh Beáta (molekuláris biológus)
Cím:	Drugging the R-loop interactome : RNA-DNA hybrid binding proteins as targets for cancer therapy / Beáta Boros-Oláh, Nikoletta Dobos, Lilla Hornyák, Zoltán Szabó, Zsolt Karányi, Gábor Halmos, Jason Roszik, Lóránt Székvölgyi
Dátum:	2019
ISSN:	1568-7864
Megjegyzések:	Unravelling the origin of genetic alterations from point mutations to chromosomal rearrangements was greatly enhanced by the discovery of RNA-DNA hybrids (R-loops) that behave as hotspots of genomic instability in a variety of organisms. Current models suggest that uncontrolled R-loops are a hazard to genome integrity, therefore, identifying proteins that are involved in recognising and signalling R-loop structures are of key importance. Herein we analysed key RNA-DNA hybrid binding proteins in humans taking advantage of large-scale gene expression, survival rate, and drug-sensitivity data from cancer genomics databases. We show that ex- pression of RNA-DNA hybrid binding proteins in various cancer types is associated with survival and may have contrasting outcomes in responding to therapeutic treatments. Based on the revealed pharmacogenomic land- scape of human RNA-DNA hybrid binding proteins, we propose that R-loops and R-loop binding proteins are potentially relevant new epigenetic markers and therapeutic targets in multiple cancers
Tárgyszavak:	Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk Cancer diagnostics and therapy Chemotherapy Clinical trial Drug sensitivity R-loop RNA-DNA hybrid Survival association
Megjelenés:	DNA Repair. - 84 (2019), p. 1-10. -
További szerzők:	Dobos Nikoletta (1981-) (biológus) Hornyák Lilla Szabó Zoltán (1973-) (belgyógyász, kardiológus) Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Halmos Gábor (1962-) (gyógyszerész, receptorfarmakológus, experimentális onkológus) Roszik, Jason Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.2-15-2016-00024 GINOP GINOP-2.3.2-15-2016-00043 GINOP GINOP-2.3.2-15-2016-00062 GINOP Lendület program LP2015-9/2015 egyéb 20428-3/2018/FEKUTSTRAT egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM069667
Első szerző:	Hetey Szabolcs
Cím:	Biophysical characterization of histone H3.3 K27M point mutation / Hetey Szabolcs, Boros-Oláh Beáta, Kuik-Rózsa Tímea, Li Qiuzhen, Karányi Zsolt, Szabó Zoltán, Roszik Jason, Szalóki Nikoletta, Vámosi György, Tóth Katalin, Székvölgyi Lóránt
Dátum:	2017
ISSN:	0006-291X
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:	Biochemical And Biophysical Research Communications. - 490 : 3 (2017), p. 868-875. -
További szerzők:	Boros-Oláh Beáta (1989-) (molekuláris biológus) Kuik-Rózsa Tímea Li, Qiuzhen Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Szabó Zoltán (1973-) (belgyógyász, kardiológus) Roszik, Jason Szalóki Nikoletta (1981-) (biológus) Vámosi György (1967-) (biofizikus) Tóth Katalin Ágnes (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:	LP2015-9/2015 Egyéb NKFIH-117670 NKFIH K103965 OTKA GINOP-2.3.2-15-2016-00024 GINOP GINOP-2.3.2-15-2016-00026 GINOP GINOP-2.3.2-15-2016-00030 GINOP
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM095689
035-os BibID:	(WoS)000684852400006 (Scopus)85111011996
Első szerző:	Miskei Márton (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:	Genome-wide mapping of binding sites of the transposase-derived SETMAR protein in the human genome / Márton Miskei, Adrienn Horváth, Lívia Viola, Laura Varga, Éva Nagy, Orsolya Feró, Zsolt Karányi, Jason Roszik, Csaba Miskey, Zoltán Ivics, Lóránt Székvölgyi
Dátum:	2021
ISSN:	2001-0370
Megjegyzések:	Throughout evolution, DNA transposons provide a recurrent supply of genetic information to give rise to novel gene functions by fusion of their transposase domain to various domains of host-encoded proteins. One of these "domesticated", transposase-derived factors is SETMAR/Metnase which is a naturally occurring fusion protein that consists of a histone-lysine methyltransferase domain and an HsMar1 transposase. To elucidate the biological role of SETMAR, it is crucial to identify genomic targets to which SETMAR specifically binds and link these sites to the regulation of gene expression. Herein, we mapped the genomic landscape of SETMAR binding in a near-haploid human leukemia cell line (HAP1) in order to identify on-target and off-target binding sites at high resolution and to elucidate their role in terms of gene expression. Our analysis revealed a perfect correlation between SETMAR and inverted terminal repeats (ITRs) of HsMar1 transposon remnants, which are considered as natural target sites for SETMAR binding. However, we did not detect any untargeted events at non-ITR sequences, calling into question previously proposed off-target binding sites. We identified sequence fidelity of the ITR motif as a key factor for determining the binding affinity of SETMAR for chromosomes, as higher conservation of ITR sequences resulted in increased affinity for chromatin and stronger repression of SETMAR-bound gene loci. These associations highlight how SETMAR's chromatin binding fine-tune gene regulatory networks in human tumour cells.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk SETMAR/Metnase transposase histone methyltransferase ChIP-seq
Megjelenés:	Computational and Structural Biotechnology Journal. - 19 (2021), p. 4032-4041. -
További szerzők:	Horváth Adrienn Viola Lívia Varga Laura Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Feró Orsolya Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Roszik, Jason Miskey Csaba Ivics Zoltán (1964-) (biológus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.2-15-2016-00024 GINOP NKFIH-NNE-130913 OTKA
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM069618
Első szerző:	Roszik, Jason
Cím:	In Silico Restriction Enzyme Digests To Minimize Mapping Bias In Genomic Sequencing / Jason Roszik, György Fenyőfalvi, László Halász, Zsolt Karányi, Lóránt Székvölgyi
Dátum:	2017
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:	Molecular Therapy Methods and Development. - 6 (2017), p. 66-67. -
További szerzők:	Fenyőfalvi György Halász László (1989-) (molekuláris biológus) Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:	NKFIH-ERC-HU-117670 NKFIH GINOP-2.3.2-15-2016-00024 GINOP
Internet cím:	DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: