CCL

Összesen 2 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM112379
035-os BibID:(cikkazonosító)364 (WoS)001003037300001 (Scopus)85161068901
Első szerző:Feró Orsolya
Cím:Coding and noncoding transcriptomes of NODULIN HOMEOBOX (NDX)-deficient Arabidopsis inflorescence / Feró Orsolya, Karányi Zsolt, Nagy Éva, Mosolygó-L. Ágnes, Szaker Henrik Mihály, Csorba Tibor, Székvölgyi Lóránt
Dátum:2023
ISSN:2052-4463
Megjegyzések:Arabidopsis NODULIN HOMEOBOX (NDX) is a plant-specific transcriptional regulator whose role in small RNA biogenesis and heterochromatin homeostasis has recently been described. Here we extend our previous transcriptomic analysis to the flowering stage of development. We performed mRNA-seq and small RNA-seq measurements on inflorescence samples of wild-type and ndx1-4 mutant (WiscDsLox344A04) Arabidopsis plants. We identified specific groups of differentially expressed genes and noncoding heterochromatic siRNA (hetsiRNA) loci/regions whose transcriptional activity was significantly changed in the absence of NDX. In addition, data obtained from inflorescence were compared with seedling transcriptomics data, which revealed development-specific changes in gene expression profiles. Overall, we provide a comprehensive data source on the coding and noncoding transcriptomes of NDX-deficient Arabidopsis flowers to serve as a basis for further research on NDX function.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
kromatinszerkezet
big data
bioinformatika
genomika
Megjelenés:Scientific Data. - 10 : 1 (2023), p. 1-12. -
További szerzők:Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Mosolygó Ágnes (1986-) (biológus) Szaker Henrik Csorba Tibor Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:NKFIH-K-142137
Egyéb
NKFIH-NNE-130913
Egyéb
TKP2021-EGA-18
Egyéb
UNKP-21-5-DE-11
Egyéb
NKFIH-K129283
Egyéb
K137722
OTKA
K136513
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM103379
035-os BibID:(cikkazonosító)5058 (WoS)000846449200018 (Scopus)85137080090
Első szerző:Karányi Zsolt (biostatisztikus, bioinformatikus)
Cím:NODULIN HOMEOBOX is required for heterochromatin homeostasis in Arabidopsis / Zsolt Karányi, Ágnes Mosolygó-L., Orsolya Feró, Adrienn Horváth, Beáta Boros-Oláh, Éva Nagy, Szabolcs Hetey, Imre Holb, Henrik Szaker, Marton Miskei, Tibor Csorba, Lóránt Székvölgyi
Dátum:2022
ISSN:2041-1723
Megjegyzések:Arabidopsis NODULIN HOMEOBOX (NDX) is a nuclear protein described as a regulator of specific euchromatic genes within transcriptionally active chromosome arms. Here we show that NDX is primarily a heterochromatin regulator that functions in pericentromeric regions to control siRNA production and non-CG methylation. Most NDX binding sites coincide with pericentromeric het-siRNA loci that mediate transposon silencing, and are antagonistic with R-loop structures that are prevalent in euchromatic chromosomal arms. Inactivation of NDX leads to differential siRNA accumulation and DNA methylation, of which CHH/CHG hypomethylation colocalizes with NDX binding sites. Hi-C analysis shows significant chromatin structural changes in the ndx mutant, with decreased intrachromosomal interactions at pericentromeres where NDX is enriched in wild-type plants, and increased interchromosomal contacts between KNOT-forming regions, similar to those observed in DNA methylation mutants. We conclude that NDX is a key regulator of heterochromatin that is functionally coupled to het-siRNA loci and non-CG DNA methylation pathways.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Nature Communications. - 13 (2022), p. 1-20. -
További szerzők:Mosolygó Ágnes (1986-) (biológus) Feró Orsolya Horváth Adrienn Boros-Oláh Beáta (1989-) (molekuláris biológus) Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Hetey Szabolcs Holb Imre (1973-) (agrármérnök) Szaker Henrik Miskei Márton (1978-) (molekuláris biológus, genetikus) Csorba Tibor Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:MTA-DE Lendület
MTA
Élettudományok - Biológiai tudományok
GINOP-2.3.2-15-2016-00024
GINOP
NNE-130913
OTKA
137678
OTKA
TKP2021-EGA-18
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1