CCL

Összesen 5 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM118188
035-os BibID:(cikkazonosító)123 (Scopus)85183013078
Első szerző:Feró Orsolya
Cím:DNA methylome, R-loop and clinical exome profiling of patients with sporadic amyotrophic lateral sclerosis / Orsolya Feró, Dóra Varga, Éva Nagy, Zsolt Karányi, Éva Sipos, József Engelhardt, Nóra Török, István Balogh, Borbála Vető, István Likó, Ábel Fóthi, Zoltán Szabó, Gábor Halmos, László Vécsei, Tamás Arányi, Lóránt Székvölgyi
Dátum:2024
ISSN:2052-4463
Megjegyzések:Amyotrophic lateral sclerosis (ALS) is a fatal neurodegenerative disorder characterized by the death of motor neurons, the aetiology of which is essentially unknown. Here, we present an integrative epigenomic study in blood samples from seven clinically characterised sporadic ALS patients to elucidate molecular factors associated with the disease. We used clinical exome sequencing (CES) to study DNA variants, DNA-RNA hybrid immunoprecipitation sequencing (DRIP-seq) to assess R-loop distribution, and reduced representation bisulfite sequencing (RRBS) to examine DNA methylation changes. The above datasets were combined to create a comprehensive repository of genetic and epigenetic changes associated with the ALS cases studied. This repository is well-suited to unveil new correlations within individual patients and across the entire patient cohort. The molecular attributes described here are expected to guide further mechanistic studies on ALS, shedding light on the underlying genetic causes and facilitating the development of new epigenetic therapies to combat this life-threatening disease.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
R-loop
ALS
DNA methylation
mutation
Megjelenés:Scientific Data. - 11 : 1 (2024), p. 1-12. -
További szerzők:Varga Dóra (gyógyszerész) Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Sipos Éva (1989-) (gyógyszerész) Engelhardt József Török Nóra (Szeged) Balogh István (1972-) (molekuláris biológus, genetikus) Vető Borbála Liko István Fóthi Ábel Szabó Zoltán (1973-) (belgyógyász, kardiológus) Halmos Gábor (1962-) (gyógyszerész, receptorfarmakológus, experimentális onkológus) Vécsei László (1954-) (neurológus) Arányi Tamás Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM112379
035-os BibID:(cikkazonosító)364 (WoS)001003037300001 (Scopus)85161068901
Első szerző:Feró Orsolya
Cím:Coding and noncoding transcriptomes of NODULIN HOMEOBOX (NDX)-deficient Arabidopsis inflorescence / Feró Orsolya, Karányi Zsolt, Nagy Éva, Mosolygó-L. Ágnes, Szaker Henrik Mihály, Csorba Tibor, Székvölgyi Lóránt
Dátum:2023
ISSN:2052-4463
Megjegyzések:Arabidopsis NODULIN HOMEOBOX (NDX) is a plant-specific transcriptional regulator whose role in small RNA biogenesis and heterochromatin homeostasis has recently been described. Here we extend our previous transcriptomic analysis to the flowering stage of development. We performed mRNA-seq and small RNA-seq measurements on inflorescence samples of wild-type and ndx1-4 mutant (WiscDsLox344A04) Arabidopsis plants. We identified specific groups of differentially expressed genes and noncoding heterochromatic siRNA (hetsiRNA) loci/regions whose transcriptional activity was significantly changed in the absence of NDX. In addition, data obtained from inflorescence were compared with seedling transcriptomics data, which revealed development-specific changes in gene expression profiles. Overall, we provide a comprehensive data source on the coding and noncoding transcriptomes of NDX-deficient Arabidopsis flowers to serve as a basis for further research on NDX function.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
kromatinszerkezet
big data
bioinformatika
genomika
Megjelenés:Scientific Data. - 10 : 1 (2023), p. 1-12. -
További szerzők:Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Mosolygó Ágnes (1986-) (biológus) Szaker Henrik Csorba Tibor Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:NKFIH-K-142137
Egyéb
NKFIH-NNE-130913
Egyéb
TKP2021-EGA-18
Egyéb
UNKP-21-5-DE-11
Egyéb
NKFIH-K129283
Egyéb
K137722
OTKA
K136513
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM068037
Első szerző:Halász László (molekuláris biológus)
Cím:RNA-DNA hybrid (R-loop) immunoprecipitation mapping : an analytical workflow to evaluate inherent biases / Halász László, Karányi Zsolt, Boros-Oláh Beáta, Kuik-Rózsa Tímea, Sipos Éva, Nagy Éva, Mosolygó-Lukács Ágnes, Mázló Anett, Rajnavölgyi Éva, Halmos Gábor, Székvölgyi Lóránt
Dátum:2017
ISSN:1088-9051
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Genome Research. - 27 :6 (2017), p. 1063-1073. -
További szerzők:Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Boros-Oláh Beáta (1989-) (molekuláris biológus) Kuik-Rózsa Tímea Sipos Éva (1989-) (gyógyszerész) Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Mosolygó Ágnes (1986-) (biológus) Türk-Mázló Anett (1989-) (molekuláris biológus) Rajnavölgyi Éva (1950-) (immunológus) Halmos Gábor (1962-) (gyógyszerész, receptorfarmakológus, experimentális onkológus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:H2020/NKFIH
NKFIH
GINOP-2.3.2-15-2016-00024
GINOP
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
DOI
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM103379
035-os BibID:(cikkazonosító)5058 (WoS)000846449200018 (Scopus)85137080090
Első szerző:Karányi Zsolt (biostatisztikus, bioinformatikus)
Cím:NODULIN HOMEOBOX is required for heterochromatin homeostasis in Arabidopsis / Zsolt Karányi, Ágnes Mosolygó-L., Orsolya Feró, Adrienn Horváth, Beáta Boros-Oláh, Éva Nagy, Szabolcs Hetey, Imre Holb, Henrik Szaker, Marton Miskei, Tibor Csorba, Lóránt Székvölgyi
Dátum:2022
ISSN:2041-1723
Megjegyzések:Arabidopsis NODULIN HOMEOBOX (NDX) is a nuclear protein described as a regulator of specific euchromatic genes within transcriptionally active chromosome arms. Here we show that NDX is primarily a heterochromatin regulator that functions in pericentromeric regions to control siRNA production and non-CG methylation. Most NDX binding sites coincide with pericentromeric het-siRNA loci that mediate transposon silencing, and are antagonistic with R-loop structures that are prevalent in euchromatic chromosomal arms. Inactivation of NDX leads to differential siRNA accumulation and DNA methylation, of which CHH/CHG hypomethylation colocalizes with NDX binding sites. Hi-C analysis shows significant chromatin structural changes in the ndx mutant, with decreased intrachromosomal interactions at pericentromeres where NDX is enriched in wild-type plants, and increased interchromosomal contacts between KNOT-forming regions, similar to those observed in DNA methylation mutants. We conclude that NDX is a key regulator of heterochromatin that is functionally coupled to het-siRNA loci and non-CG DNA methylation pathways.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Nature Communications. - 13 (2022), p. 1-20. -
További szerzők:Mosolygó Ágnes (1986-) (biológus) Feró Orsolya Horváth Adrienn Boros-Oláh Beáta (1989-) (molekuláris biológus) Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Hetey Szabolcs Holb Imre (1973-) (agrármérnök) Szaker Henrik Miskei Márton (1978-) (molekuláris biológus, genetikus) Csorba Tibor Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:MTA-DE Lendület
MTA
Élettudományok - Biológiai tudományok
GINOP-2.3.2-15-2016-00024
GINOP
NNE-130913
OTKA
137678
OTKA
TKP2021-EGA-18
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM095689
035-os BibID:(WoS)000684852400006 (Scopus)85111011996
Első szerző:Miskei Márton (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:Genome-wide mapping of binding sites of the transposase-derived SETMAR protein in the human genome / Márton Miskei, Adrienn Horváth, Lívia Viola, Laura Varga, Éva Nagy, Orsolya Feró, Zsolt Karányi, Jason Roszik, Csaba Miskey, Zoltán Ivics, Lóránt Székvölgyi
Dátum:2021
ISSN:2001-0370
Megjegyzések:Throughout evolution, DNA transposons provide a recurrent supply of genetic information to give rise to novel gene functions by fusion of their transposase domain to various domains of host-encoded proteins. One of these "domesticated", transposase-derived factors is SETMAR/Metnase which is a naturally occurring fusion protein that consists of a histone-lysine methyltransferase domain and an HsMar1 transposase. To elucidate the biological role of SETMAR, it is crucial to identify genomic targets to which SETMAR specifically binds and link these sites to the regulation of gene expression. Herein, we mapped the genomic landscape of SETMAR binding in a near-haploid human leukemia cell line (HAP1) in order to identify on-target and off-target binding sites at high resolution and to elucidate their role in terms of gene expression. Our analysis revealed a perfect correlation between SETMAR and inverted terminal repeats (ITRs) of HsMar1 transposon remnants, which are considered as natural target sites for SETMAR binding. However, we did not detect any untargeted events at non-ITR sequences, calling into question previously proposed off-target binding sites. We identified sequence fidelity of the ITR motif as a key factor for determining the binding affinity of SETMAR for chromosomes, as higher conservation of ITR sequences resulted in increased affinity for chromatin and stronger repression of SETMAR-bound gene loci. These associations highlight how SETMAR's chromatin binding fine-tune gene regulatory networks in human tumour cells.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
SETMAR/Metnase
transposase
histone methyltransferase
ChIP-seq
Megjelenés:Computational and Structural Biotechnology Journal. - 19 (2021), p. 4032-4041. -
További szerzők:Horváth Adrienn Viola Lívia Varga Laura Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Feró Orsolya Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Roszik, Jason Miskey Csaba Ivics Zoltán (1964-) (biológus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00024
GINOP
NKFIH-NNE-130913
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1