CCL

Összesen 6 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM079818
035-os BibID:(cikkazonosító)102642 (Scopus)85068486502 (PMID)31300387
Első szerző:Boros-Oláh Beáta (molekuláris biológus)
Cím:Drugging the R-loop interactome : RNA-DNA hybrid binding proteins as targets for cancer therapy / Beáta Boros-Oláh, Nikoletta Dobos, Lilla Hornyák, Zoltán Szabó, Zsolt Karányi, Gábor Halmos, Jason Roszik, Lóránt Székvölgyi
Dátum:2019
ISSN:1568-7864
Megjegyzések:Unravelling the origin of genetic alterations from point mutations to chromosomal rearrangements was greatly enhanced by the discovery of RNA-DNA hybrids (R-loops) that behave as hotspots of genomic instability in a variety of organisms. Current models suggest that uncontrolled R-loops are a hazard to genome integrity, therefore, identifying proteins that are involved in recognising and signalling R-loop structures are of key importance. Herein we analysed key RNA-DNA hybrid binding proteins in humans taking advantage of large-scale gene expression, survival rate, and drug-sensitivity data from cancer genomics databases. We show that ex- pression of RNA-DNA hybrid binding proteins in various cancer types is associated with survival and may have contrasting outcomes in responding to therapeutic treatments. Based on the revealed pharmacogenomic land- scape of human RNA-DNA hybrid binding proteins, we propose that R-loops and R-loop binding proteins are potentially relevant new epigenetic markers and therapeutic targets in multiple cancers
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Cancer diagnostics and therapy
Chemotherapy
Clinical trial
Drug sensitivity
R-loop
RNA-DNA hybrid
Survival association
Megjelenés:DNA Repair. - 84 (2019), p. 1-10. -
További szerzők:Dobos Nikoletta (1981-) (biológus) Hornyák Lilla Szabó Zoltán (1973-) (belgyógyász, kardiológus) Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Halmos Gábor (1962-) (gyógyszerész, receptorfarmakológus, experimentális onkológus) Roszik, Jason Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00024
GINOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00043
GINOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00062
GINOP
Lendület program LP2015-9/2015
egyéb
20428-3/2018/FEKUTSTRAT
egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM069667
Első szerző:Hetey Szabolcs
Cím:Biophysical characterization of histone H3.3 K27M point mutation / Hetey Szabolcs, Boros-Oláh Beáta, Kuik-Rózsa Tímea, Li Qiuzhen, Karányi Zsolt, Szabó Zoltán, Roszik Jason, Szalóki Nikoletta, Vámosi György, Tóth Katalin, Székvölgyi Lóránt
Dátum:2017
ISSN:0006-291X
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Biochemical And Biophysical Research Communications. - 490 : 3 (2017), p. 868-875. -
További szerzők:Boros-Oláh Beáta (1989-) (molekuláris biológus) Kuik-Rózsa Tímea Li, Qiuzhen Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Szabó Zoltán (1973-) (belgyógyász, kardiológus) Roszik, Jason Szalóki Nikoletta (1981-) (biológus) Vámosi György (1967-) (biofizikus) Tóth Katalin Ágnes (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:LP2015-9/2015
Egyéb
NKFIH-117670
NKFIH
K103965
OTKA
GINOP-2.3.2-15-2016-00024
GINOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00026
GINOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00030
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM095689
035-os BibID:(WoS)000684852400006 (Scopus)85111011996
Első szerző:Miskei Márton (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:Genome-wide mapping of binding sites of the transposase-derived SETMAR protein in the human genome / Márton Miskei, Adrienn Horváth, Lívia Viola, Laura Varga, Éva Nagy, Orsolya Feró, Zsolt Karányi, Jason Roszik, Csaba Miskey, Zoltán Ivics, Lóránt Székvölgyi
Dátum:2021
ISSN:2001-0370
Megjegyzések:Throughout evolution, DNA transposons provide a recurrent supply of genetic information to give rise to novel gene functions by fusion of their transposase domain to various domains of host-encoded proteins. One of these "domesticated", transposase-derived factors is SETMAR/Metnase which is a naturally occurring fusion protein that consists of a histone-lysine methyltransferase domain and an HsMar1 transposase. To elucidate the biological role of SETMAR, it is crucial to identify genomic targets to which SETMAR specifically binds and link these sites to the regulation of gene expression. Herein, we mapped the genomic landscape of SETMAR binding in a near-haploid human leukemia cell line (HAP1) in order to identify on-target and off-target binding sites at high resolution and to elucidate their role in terms of gene expression. Our analysis revealed a perfect correlation between SETMAR and inverted terminal repeats (ITRs) of HsMar1 transposon remnants, which are considered as natural target sites for SETMAR binding. However, we did not detect any untargeted events at non-ITR sequences, calling into question previously proposed off-target binding sites. We identified sequence fidelity of the ITR motif as a key factor for determining the binding affinity of SETMAR for chromosomes, as higher conservation of ITR sequences resulted in increased affinity for chromatin and stronger repression of SETMAR-bound gene loci. These associations highlight how SETMAR's chromatin binding fine-tune gene regulatory networks in human tumour cells.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
SETMAR/Metnase
transposase
histone methyltransferase
ChIP-seq
Megjelenés:Computational and Structural Biotechnology Journal. - 19 (2021), p. 4032-4041. -
További szerzők:Horváth Adrienn Viola Lívia Varga Laura Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Feró Orsolya Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Roszik, Jason Miskey Csaba Ivics Zoltán (1964-) (biológus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00024
GINOP
NKFIH-NNE-130913
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM092298
035-os BibID:(cikkazonosító)1204 (WoS)000634367400001 (Scopus)85102264038
Első szerző:Mustachio, Lisa Maria
Cím:Targeting KRAS in Cancer : promising Therapeutic Strategies / Mustachio Lisa Maria, Chelariu-Raicu Anca, Szekvolgyi Lorant, Roszik Jason
Dátum:2021
ISSN:2072-6694
Megjegyzések:The Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog (KRAS) is mutated in approximately 25% of all human cancers and is known to be a major player promoting and maintaining tumorigenesis through the RAS/MAPK pathway. Over the years, a large number of studies have identified strategies at different regulatory levels to tackle this ♭difficult-to-target' oncoprotein. Yet, the most ideal strategy to overcome KRAS and its downstream effects has yet to be uncovered. This review summarizes the role of KRAS activating mutations in multiple cancer types as well as the key findings for potential strategies inhibiting its oncogenic behavior. A comprehensive analysis of the different pathways and mechanisms associated with KRAS activity in tumors will ultimately pave the way for promising future work that will identify optimum therapeutic strategies.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
cancer
EGFR
KRAS
MAPK
mutations
targeted-therapy
Megjelenés:Cancers. - 13 : 6 (2021), p. 1-14. -
További szerzők:Chelariu-Raicu, Anca Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus) Roszik, Jason
Pályázati támogatás:NKFIH-NNE-130913
Egyéb
Bolyai János Kutatási Ösztöndíj
MTA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM069444
035-os BibID:(cikkazonosító)689 (WoS)000403397100001 (Scopus)85021185202
Első szerző:Qin, Yong
Cím:Cervical cancer neoantigen landscape and immune activity is associated with HPV master regulators / Yong Qin, Suhendan Ekmekcioglu, Marie-Andrée Forget, Lorant Szekvolgyi, Patrick Hwu, Elizabeth A. Grimm, Amir A. Jazaeri, Jason Roszik
Dátum:2017
ISSN:1664-3224
Megjegyzések:Human papillomaviruses (HPVs) play a major role in development of cervical cancer, and HPV oncoproteins are being targeted by immunotherapies. Although these treatments show promising results in the clinic, many patients do not benefit or the durability is limited. In addition to HPV antigens, neoantigens derived from somatic mutations may also generate an effective immune response, and represent an additional and distinct immunotherapy strategy against this and other HPV-associated cancers. To explore the landscape of neoantigens in cervix cancer, we predicted all possible mutated neopeptides in two large sequencing data sets, and analyzed whether mutation and neoantigen load correlate with antigen presentation, infiltrating immune cell types, and a HPV-induced master regulator gene expression signature. We found that targetable neoantigens are detected in most tumors, and there are recurrent mutated peptides from known oncogenic driver genes (KRAS, MAPK1, PIK3CA, ERBB2, and ERBB3) that are predicted to be potentially immunogenic. Our studies show that HPV-induced master regulators are not only associated with HPV load, but may also play crucial roles in relation to mutation and neoantigen load, and also the immune microenvironment of the tumor. A subset of these HPV-induced master regulators positively correlated with expression of immune-suppressor molecules such as PD-L1, TGFB1, and IL-10 suggesting they may be involved in abrogating anti-tumor response induced by the presence of mutations and neoantigens. Based on these results, we predict that HPV master regulators identified in our study might be potentially effective targets in cervical cancer.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Frontiers in Immunology. - 8 (2017), p. 1-8. -
További szerzők:Ekmekcioglu, Suhendan Forget, Marie-Andrée Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus) Hwu, Patrick Grimm, Elizabeth A. Jazaeri, Amir A. Roszik, Jason
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM069618
Első szerző:Roszik, Jason
Cím:In Silico Restriction Enzyme Digests To Minimize Mapping Bias In Genomic Sequencing / Jason Roszik, György Fenyőfalvi, László Halász, Zsolt Karányi, Lóránt Székvölgyi
Dátum:2017
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Molecular Therapy Methods and Development. - 6 (2017), p. 66-67. -
További szerzők:Fenyőfalvi György Halász László (1989-) (molekuláris biológus) Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:NKFIH-ERC-HU-117670
NKFIH
GINOP-2.3.2-15-2016-00024
GINOP
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1 
Corvina könyvtári katalógus v8.2.27 © 2023 Monguz kft. Minden jog fenntartva.