CCL

Összesen 9 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM063788
035-os BibID:(Cikkazonosító)24810 (WOS)000374905300001 (Scopus)84964597348
Első szerző:Bársony Orsolya (molekuláris biológus)
Cím:A single active catalytic site is sufficient to promote transport in P-glycoprotein / Orsolya Bársony, Gábor Szalóki, Dóra Türk, Szabolcs Tarapcsák, Zsuzsanna Gutay-Tóth, Zsolt Bacsó, Imre J. Holb, Lóránt Székvölgyi, Gábor Szabó, László Csanády, Gergely Szakács, Katalin Goda
Dátum:2016
ISSN:2045-2322
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Scientific Reports. - 6 : 24810 (2016), p. 1-16. -
További szerzők:Szalóki Gábor (1986-) (molekuláris biológus) Türk Dóra Tarapcsák Szabolcs (1989-) (Molekuláris biológus) Gutay-Tóth Zsuzsanna (gyógyszerész) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Holb Imre (1973-) (agrármérnök) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus) Szabó Gábor (1953-) (biofizikus) Csanády László Szakács Gergely Goda Katalin (1969-) (biofizikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM015719
035-os BibID:(WOS)000265635300115
Első szerző:Hegedűs Éva (biofizikus)
Cím:Mapping the arrangement of nicks marking loop-size domains in yeast chromatin / Eva Hegedus, Endre Kokai, Gyorgy Vereb, Zsolt Bacso, Lorant Szekvolgyi, Viktor Dombradi, Gabor Szabo
Dátum:2009
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idézhető absztrakt
folyóiratcikk
Megjelenés:Cellular Oncology. - 31 : 2 (2009), p. 143-144. -
További szerzők:Kókai Endre (1971-) (biokémikus, biológus) Vereb György (1965-) (absztraktok, könyvfejezetek) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus) Dombrádi Viktor (1953-) (biokémikus) Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM004119
035-os BibID:WOS:000253576200009
Első szerző:Hegedűs Éva (biofizikus)
Cím:Heteroduplex analysis using flow cytometric microbead assays to detect deletions, insertions, and single-strand lesions / Hegedüs E., Imre L., Pataki J., Lizanecz E., Székvölgyi L., Fazakas F., Bacsó Z., Tóth A., Szabó M., Seres Z., Szabó G.
Dátum:2008
Megjegyzések:We explore the possibilities offered by flow cytometric microbead analysis to develop high throughput methods for the detection of deletions/insertions and single-strand DNA lesions. The products of PCR reactions derived from reference and test samples are denatured and reannealed, then exposed to enzymatic or chemical treatments distinguishing homoduplices from heteroduplices. The biotin- and dye labeled reaction products are immobilized on microbeads and the homo- and heteroduplices are assessed in separate fluorescence channels, by flow cytometry. Using a model system based on the mixed lineage leukemia gene breakpoint cluster region, we demonstrate that deletions and insertions in genomic DNA can be detected, using S1 nuclease and chemical cleavage to distinguish hetero- from homoduplices, or a restriction enzyme cleaving only the homoduplices. Single-strand discontinuities can also be detected, by combining nick-translation, using labeled nucleotide, and flow cytometric microbead analysis. The methodical approaches demonstrated are applicable in a versatile manner in basic cell and molecular biological research and also promise direct application for high throughput screening of genetic diseases and lesions, including insertions or deletions of short sequence elements and single-strand lesions formed at hypersensitive sites in response to apoptotic stimuli.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
microbead
heteroduplex
cytometry
egyetemen (Magyarországon) készült közlemény
Megjelenés:Cytometry. Part A. - 73 : 3 (2008), p. 238-245. -
További szerzők:Imre László (1979-) (biológus) Pataki Judit (1980-) (biofizikus) Lizanecz Erzsébet (1978-) (orvos) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus) Fazakas Ferenc (1969-) (molekuláris biológus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Tóth Attila (1971-) (biológus) Szabó Miklós Seres Zoltán Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Internet cím:elektronikus változat
DOI
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM004883
035-os BibID:(WOS)000233027300007 (scopus)27644433274
Első szerző:Pataki Judit (biofizikus)
Cím:Biological microbeads for flow-cytometric immunoassays, enzyme titrations, and quantitative PCR / Pataki, J., Szabo, M., Lantos, E., Szekvolgyi, L., Molnar, M., Hegedus, E., Bacso, Z., Kappelmayer, J., Lustyik, G., Szabo, G.
Dátum:2005
ISSN:1552-4922
Megjegyzések:Introduction of microbeads into flow-cytometry has created a new scenario, making quantitative measurement of molecules dispersed in a homogeneous phase, with an extremely wide realm of already realized and potential applications possible. Development of this field has lead to specialized instrumentation and microbead arrays, dedicated to certain applications. METHODS: Formaldehyde-fixed yeast and bacterial cells were conjugated with avidin and applied as microbeads, to establish a simple, convenient, flexible, and inexpensive flow-cytometric platform for various immunological and biochemical assays. RESULTS: We have tested these "biological microbeads" for the simultaneous titration of human alpha-fetoprotein (AFP) and human Chorionic Gonadotropin (betahCG) hormone levels, for the titration of proteolytic and nucleolytic (restriction) enzymes, and for quantitative PCR, using biotinylated and fluorescent primers. CONCLUSIONS: The use of biological microbeads for various immunological and biochemical assays has been demonstrated. The flow-cytometric methods proved to be at least as sensitive as the standard biochemical or immunological tests. For proteinase K activity measurements, a single enzyme molecule in the sample could be detected. The sensitivity, versatility, and low cost of the assays may advance flow-cytometry to become a central methodological platform in most laboratories. The biological microbeads offer virtually unlimited possibilities for fluorescent labeling (addressing), conjugation of ligand binding molecules, and they are easy to handle and perform well in a multiplex format
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
alpha-Fetoproteins
analysis
Avidin
Biophysics
Biotinylation
Caseins
Cells
chemistry
Chorionic Gonadotropin,beta Subunit,Human
Dna
DNA Restriction Enzymes
Dyes
Endopeptidase K
Enzymes
Flow Cytometry
Fluorescent Dyes
Formaldehyde
Human
Humans
Hungary
Immunoassay
instrumentation
methods
Microspheres
Polymerase Chain Reaction
Research
Saccharomyces cerevisiae
Staphylococcus aureus
Streptavidin
Support
Titrimetry
egyetemen (Magyarországon) készült közlemény
Megjelenés:Cytometry. Part A. - 68 : 1 (2005), p. 45-52. -
További szerzők:Szabó Miklós (vegyészmérnök) Lantos Erika Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus) Molnár Mónika (biofizikus) Hegedűs Éva (1978-) (biofizikus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Kappelmayer János (1960-) (laboratóriumi szakorvos) Lustyik György Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Internet cím:elektronikus változat
DOI
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM015718
Első szerző:Székvölgyi Lóránt (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Cím:Chromatin loops stemming from R-loops / Székvölgyi Lóránt, Fenyőfalvi György, Zsolt Bacsó, Gábor Szabó
Dátum:2009
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idézhető absztrakt
folyóiratcikk
Megjelenés:Cellular Oncology. - 2 (2009), p. 142-143. -
További szerzők:Fenyőfalvi György Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM010362
Első szerző:Székvölgyi Lóránt (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Cím:Flow Cytometric and Laser Scanning Microscopic Approaches in Epigenetics Research / Lorant Szekvolgyi, Laszlo Imre, Doan Xuan Quang Minh, Eva Hegedus, Zsolt Bacso, Gabor Szabo
Dátum:2009
ISSN:9781603274135
Megjegyzések:Our understanding of epigenetics has been transformed in recent years by the advance of technological possibilities based primarily on a powerful tool, chromatin immunoprecipitation (ChIP). However, in many cases, the detection of epigenetic changes requires methods providing a high-throughput (HTP) platform. Cytometry has opened a novel approach for the quantitative measurement of molecules, including PCR products, anchored to appropriately addressed microbeads (Pataki et al. 2005. Cytometry 68, 45-52). Here we show selected examples for the utility of two different cytometry-based platforms of epigenetic analysis: ChIP-on-beads, a flow-cytometric test of local histone modifications (Balint et al. 2005. Mol. Cell Biol. 25, 5648-5663), and the laser scanning cytometry-based measurement of global epigenetic modifications that might help predict clinical behavior in different pathological conditions. We anticipate that such alternative tools may shortly become indispensable in clinical practice, translating the systematic screening of epigenetic tags from basic research into routine diagnostics of HTP demand.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Chromatin
Chromatin Immunoprecipitation
Immunoprecipitation
methods
Megjelenés:Methods in Molecular Biology. - 567 (2009), p. 99-111. -
További szerzők:Imre László (1979-) (biológus) Doan-Xuan, Quang-Minh (1986-) (biofizikus) Hegedűs Éva (1978-) (biofizikus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
DOI
Borító:

7.

001-es BibID:BIBFORM003563
035-os BibID:(WOS)000234456300007 (scopus)30044440407
Első szerző:Székvölgyi Lóránt (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Cím:Nick-forming sequences may be involved in the organization of eukaryotic chromatin into ~50 kbp loops / Székvölgyi L., Hegedűs É., Molnár M., Bacsó Zs., Szarka K., Beck Z., Dombrádi V., Austin C., Szabó G.
Dátum:2006
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
chromatin
loops
fragmentation
MLL
yeast
egyetemen (Magyarországon) készült közlemény
Megjelenés:Histochemistry Cell Biology. - 125 : 1-2 (2006), p. 63-73. -
További szerzők:Hegedűs Éva (1978-) (biofizikus) Molnár Mónika Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Szarka Krisztina (1971-) (molekuláris biológus, mikrobiológus) Beck Zoltán (1970-) (molekuláris biológus, mikrobiológus) Dombrádi Viktor (1953-) (biokémikus) Austin Caroline Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Internet cím:elektronikus változat
DOI
Borító:

8.

001-es BibID:BIBFORM001049
035-os BibID:(scopus)35448970162 (wos)000249715100018
Első szerző:Székvölgyi Lóránt (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Cím:Ribonucleoprotein-masked nicks at 50-kbp intervals in the eukaryotic genomic DNA / Lóránt Székvölgyi, Zsuzsa Rákosy, Bálint L. Bálint, Endre Kókai, László Imre, György Vereb, Zsolt Bacsó, Katalin Goda, Sándor Varga, Margit Balázs, Viktor Dombrádi, László Nagy, Gábor Szabó
Dátum:2007
Megjegyzések:By using a microscopic approach, field inversion single-cell gel electrophoresis, we show that preformed single-strand discontinuities are present in the chromatin of resting and proliferating mammalian and yeast cells. These single-strand breaks are primarily nicks positioned at approximately 50-kbp intervals throughout the entire genome that could be efficiently labeled in situ by DNA polymerase I holoenzyme but not by Klenow fragment and terminal transferase unless after ribonucleolytic treatments. The RNA molecules involved appear to comprise R-loops, recognized by the S9.6 RNA/DNA hybrid-specific antibody. By using the breakpoint cluster region of the Mixed Lineage Leukemia (MLL) gene as a model, we have found that the number of manifest nicks detected by FISH performed after field inversion single-cell gel electrophoresis depends on epigenetic context, but the difference between germ-line and translocated MLL alleles is abolished by protease treatment. Our data imply that the double-stranded genomic DNA is composed of contiguous rather than continuous single strands and reveal an aspect of higher-order chromatin organization with ribonucleoprotein-associated persistent nicks defining approximately 50-kbp domains.
Tárgyszavak:Orvostudományok Természettudományok Elméleti orvostudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
chromatin loop
RNA/DNA hybrid
translocation
Megjelenés:Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. - 104 : 38 (2007), p. 14964-14969. -
További szerzők:Rákosy Zsuzsa (1978-) (sejtbiológus, molekuláris biológus, genetikus) Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos) Kókai Endre (1971-) (biokémikus, biológus) Imre László (1979-) (biológus) Vereb György (1965-) (biofizikus, orvos) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Goda Katalin (1969-) (biofizikus) Varga Sándor (1943-) (biofizikus) Balázs Margit (1952-) (sejtbiológus, molekuláris genetikus) Dombrádi Viktor (1953-) (biokémikus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Internet cím:elektronikus változat
DOI
Borító:

9.

001-es BibID:BIBFORM004740
035-os BibID:(WOS)000184609400011 (scopus)12444317206
Első szerző:Szilágyi Ildikó (orvos)
Cím:Non-random features of loop-size chromatin fragmentation / Szilagyi, I., Varga, T., Szekvolgyi, L., Hegedus, E., Goda, K., Kaczur, V., Bacso, Z., Nakayama, Y., Posafi, J., Pongor, S., Szabo, G.
Dátum:2003
ISSN:730-2312 (Print)
Megjegyzések:Upon isolation of DNA from normal eukaryotic cells by standard methods involving extensive proteolytic treatment, a rather homogeneous population of loop-size, double-stranded DNA fragments is regularly obtained. These DNA molecules can be efficiently end-labeled by the DNA polymerase I Klenow fragment, as well as by a 3'- to -5'-exonuclease-free Klenow enzyme, but not by terminal transferase (TdT) unless the ends have been filled up by Klenow, suggesting that dominantly 5' protruding termini are generated upon fragmentation. The filled-up termini were used for cloning the distal parts of the approximately 50 kb fragments. BLAST analysis of the sequence of several clones allowed us to determine the sequence of the non-cloned side of the breakpoints. Comparison of 25, 600 bp-long breakpoint sequences demonstrated prevalence of repetitive elements. Consensus motives characteristic of the breakpoint sequences have been identified. Several sequences exhibit peculiar computed conformational characteristics, with sharp transition or center of symmetry located exactly at the breakpoint. Our data collectively suggest that chromatin fragmentation involves nucleolytic cleavages at fragile/hypersensitive sites delimiting loop-size fragments in a non-random manner. Interestingly, the sequence characteristics of the breakpoints are reminiscent of certain breakpoint cluster regions frequently subject to gene rearrangements.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
analysis
Animals
Base Sequence
Biophysics
Cells
chemistry
Chromatin
Dna
DNA Fragmentation
DNA Nucleotidylexotransferase
DNA Polymerase I
Electrophoresis,Gel,Two-Dimensional
Eukaryotic Cells
HL-60 Cells
Humans
Hungary
isolation and purification
Jurkat Cells
methods
Mice
Nih 3T3 Cells
Prevalence
Research
Sequence Analysis,DNA
Support
egyetemen (Magyarországon) készült közlemény
Megjelenés:Journal of Cellular Biochemistry. - 89 : 6 (2003), p. 1193-1205. -
További szerzők:Varga Tamás (1971-) (biológus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus) Hegedűs Éva (1978-) (biofizikus) Goda Katalin (1969-) (biofizikus) Kaczur Viktória Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Nakayama, Yuji Pósafi János Pongor Sándor Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Internet cím:elektronikus változat
DOI
Borító:
Rekordok letöltése1