CCL

Összesen 7 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM113505
035-os BibID:(cikkazonosító)795 (wos)000995540500001 (scopus)85160380650
Első szerző:Balogh Gábor (gyógyszerész)
Cím:The Interaction of Factor Xa and IXa with Non-Activated Antithrombin in Michaelis Complex : Insights from Enhanced-Sampling Molecular Dynamics Simulations / Balogh Gábor, Bereczky Zsuzsanna
Dátum:2023
ISSN:2218-273X
Megjegyzések:The interaction between coagulation factors Xa and IXa and the activated state of their inhibitor, antithrombin (AT),have been investigated using X-ray diffraction studies. However, only mutagenesis data are available for non-activated AT. Our aim was to propose a model based on docking and advanced-sampling molecular dynamics simulations that can reveal the conformational behavior of the systems when AT is not binding a pentasaccharide. We built the initial structure for non-activated AT-FXa and AT-FIXa complexes using HADDOCK 2.4. The conformational behavior was studied using Gaussian accelerated molecular dynamics simulations. In addition to the docked complexes, two systems based on the X-ray structures were also simulated, with and without the ligand. The simulations revealed large variability in conformation for both factors. In the docking-based complex of AT-FIXa, conformations with stable Arg150?AT interactions can exist for longer time periods but the system also has a higher tendency for reaching states with very limited interaction with the "exosite" of AT. By comparing simulations with or without the pentasaccharide, we were able to gain insights into the effects of conformational activation on the Michaelis complexes. RMSF analysis and correlation calculations for the alpha-carbon atoms revealed important details of the allosteric mechanisms. Our simulations provide atomistic models for better understanding the conformational activation mechanism of AT against its target factors.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Biomolecules. - 13 : 5 (2023), p. 1-21. -
További szerzők:Bereczky Zsuzsanna (1974-) (orvosi laboratóriumi diagnosztika szakorvos)
Pályázati támogatás:OTKA-139293
OTKA
OTKA-106294
OTKA
OTKA-116228
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM082793
Első szerző:Balogh Gábor (gyógyszerész)
Cím:The mechanism of high affinity pentasaccharide binding to antithrombin, insights from Gaussian accelerated molecular dynamics simulations / Balogh Gábor, Komáromi István, Bereczky Zsuzsanna
Dátum:2020
ISSN:0739-1102
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics. - 38 : 16 (2020), p. 4718-4732. -
További szerzők:Komáromi István (1957-) (vegyész, molekuláris biológus, biokémikus) Bereczky Zsuzsanna (1974-) (orvosi laboratóriumi diagnosztika szakorvos)
Pályázati támogatás:OTKA-106294
OTKA
OTKA-116228
OTKA
OTKA-120633
OTKA
GINOP-2.3.2-15-2016-00039
GINOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00050
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM093898
035-os BibID:(cikkazonosító)544 (WoS)000642809000001 (Scopus)85103814901
Első szerző:Gindele Réka (molekuláris biológus)
Cím:Investigation of the Differences in Antithrombin to Heparin Binding among Antithrombin Budapest 3, Basel, and Padua Mutations by Biochemical and In Silico Methods / Gindele Réka, Pénzes-Daku Krisztina, Balogh Gábor, Kállai Judit, Bogáti Réka, Bécsi Bálint, Erdődi Ferenc, Katona Éva, Bereczky Zsuzsanna
Dátum:2021
ISSN:2218-273X
Megjegyzések:Antithrombin (AT) is a serine protease inhibitor, its activity is highly accelerated by heparin. Mutations at the heparin-binding region lead to functional defect, type II heparin-binding site (IIHBS) AT deficiency. The aim of this study was to investigate and compare the molecular background of AT Budapest 3 (p.Leu131Phe, ATBp3), AT Basel (p.Pro73Leu), and AT Padua (p.Arg79His) mutations. Advanced in silico methods and heparin-binding studies of recombinant AT proteins using surface plasmon resonance method were used. Crossed immunoelectrophoresis and Differential Scanning Fluorimetry (NanoDSF) were performed in plasma samples. Heparin affinity of AT Padua was the lowest (KD = 1.08 x 10(-6) M) and had the most severe consequences affecting the allosteric pathways of activation, moreover significant destabilizing effects on AT were also observed. KD values for AT Basel, ATBp3 and wild-type AT were 7.64 x 10(-7) M, 2.15 x 10(-8) M and 6.4 x 10(-10) M, respectively. Heparin-binding of AT Basel was slower, however once the complex was formed the mutation had only minor effect on the secondary and tertiary structures. Allosteric activation of ATBp3 was altered, moreover decreased thermostability in ATBp3 homozygous plasma and increased fluctuations in multiple regions of ATBp3 were observed by in silico methods suggesting the presence of a quantitative component in the pathogenicity of this mutation due to molecular instability.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Biomolecules. - 11 : 4 (2021), p. 1-18. -
További szerzők:Pénzes-Daku Krisztina (1978-) (biológus) Balogh Gábor (1991-) (gyógyszerész) Kállai Judit (1983-) (molekuláris biológus) Kissné Bogáti Réka (1988-) (tudományos segédmunkatárs) Bécsi Bálint (1981-) (vegyészmérnök) Erdődi Ferenc (1953-) (biokémikus) Katona Éva (1961-) (klinikai biokémikus) Bereczky Zsuzsanna (1974-) (orvosi laboratóriumi diagnosztika szakorvos)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00039
GINOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00044
GINOP
GINOP-2.3.3-15-2016-00020
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM071082
035-os BibID:(WoS)000418021500020 (Scopus)85034071656
Első szerző:Gindele Réka (molekuláris biológus)
Cím:Clinical and laboratory characteristics of antithrombin deficiencies : a large cohort study from a single diagnostic center / Gindele Réka, Selmeczi Anna, Oláh Zsolt, Ilonczai Péter, Pfliegler György, Marján Erzsébet, Nemes László, Nagy Ágnes, Losonczy Hajna, Mitic Gorana, Kovac Mirjana, Balogh Gábor, Komáromi István, Schlammadinger Ágota, Rázsó Katalin, Boda Zoltán, Muszbek László, Bereczky Zsuzsanna
Dátum:2017
ISSN:0049-3848
Megjegyzések:Abstract: Introduction: Inherited antithrombin (AT) deficiency is a heterogeneous disease. Due to low prevalence, only a few studies are available concerning genotype-phenotype associations. The aim was to describe the clinical, laboratory and genetic characteristics of AT deficiency in a large cohort including children and to add further laboratory data on the different sensitivity of functional AT assays. Patients and methods: Non-related AT deficient patients (n=156) and their family members (total n=246) were recruited. Clinical and laboratory data were collected, the mutation spectrum of SERPINC1 was described. Three different AT functional assays were explored. Results: Thirty-one SERPINC1 mutations including 11 novel ones and high mutation detection rate (98%) were detected. Heparin binding site deficiency (type IIHBS) was the most frequent (75.6%) including AT Budapest3 (ATBp3), AT Padua I and AT Basel (86%, 9% and 4% of type IIHBS, respectively). Clinical and laboratory phenotypes of IIHBS were heterogeneous and dependent on the specific mutation. Arterial thrombosis and pregnancy complications were the most frequent in AT Basel and AT Padua I, respectively. Median age at the time of thrombosis was the lowest in ATBp3 homozygotes. The functional assay with high heparin concentration and pH 7.4 as assay conditions had low (44%) sensitivity for ATBp3 and it was insensitive for AT Basel and Padua I. Conclusion: Type IIHBS deficiencies behave differently in clinical and laboratory phenotypes from each other and from other AT deficiencies. Heparin concentration and pH seem to be the key factors influencing the sensitivity of AT functional assays to IIHBS.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
antithrombin deficiency
mutation spectrum
genotype-phenotype association
antithrombin activity
assay sensitivity
Megjelenés:Thrombosis Research. - 160 (2017), p. 119-128. -
További szerzők:Selmeczi Anna (1982-) (orvos) Oláh Zsolt (1974-) (belgyógyász) Ilonczai Péter (1977-) (orvos, belgyógyász, haematológus szakorvos) Pfliegler György (1949-) (belgyógyász, hematológus, labor szakorvos) Marján Erzsébet Nemes László Nagy Ágnes (belgyógyász) Losonczy Hajna Mitic, Gorana Kovac, Mirjana Balogh Gábor (1991-) (gyógyszerész) Komáromi István (1957-) (vegyész, molekuláris biológus, biokémikus) Schlammadinger Ágota (1971-) (belgyógyász, haematológus) Molnárné Rázsó Katalin (1966-) (belgyógyász, haematológus, klinikai onkológus) Boda Zoltán (1947-) (belgyógyász, haematologus, klinikai onkológus) Muszbek László (1942-) (haematológus, kutató orvos) Bereczky Zsuzsanna (1974-) (orvosi laboratóriumi diagnosztika szakorvos)
Pályázati támogatás:OTKA-116228
OTKA
K106294
OTKA
GINOP-2.3.2-15-2016-00039
Egyéb
ÚNKP-16-3-III-Gindele Réka
Egyéb
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
DOI
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM096440
035-os BibID:(cikkazonosító)3774 (WoS)000694421700001 (Scopus)85113805806
Első szerző:Major Tamás (fül-orr-gégész)
Cím:Current Status of Clinical and Genetic Screening of Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia Families in Hungary / Major Tamás, Bereczky Zsuzsanna, Gindele Réka, Balogh Gábor, Rácz Benedek, Bora László, Kézsmárki Zsolt, Brúgós Boglárka, Pfliegler György
Dátum:2021
ISSN:2077-0383
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Journal of Clinical Medicine. - 10 : 17 (2021), p. 1-17. -
További szerzők:Bereczky Zsuzsanna (1974-) (orvosi laboratóriumi diagnosztika szakorvos) Gindele Réka (1987-) (molekuláris biológus) Balogh Gábor (1991-) (gyógyszerész) Rácz Benedek Bora László Kézsmárki Zsolt Brúgós Boglárka (1975-) (belgyógyász) Pfliegler György (1949-) (belgyógyász, hematológus, labor szakorvos)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00039
GINOP
K116228
OTKA
K139293
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM094101
035-os BibID:(cikkazonosító)1682 (WoS)000644457100001 (Scopus)85113747072
Első szerző:Major Tamás (fül-orr-gégész)
Cím:Founder Effects in Hereditary Hemorrhagic Telangiectasia / Tamás Major, Réka Gindele, Gábor Balogh, Péter Bárdossy, Zsuzsanna Bereczky
Dátum:2021
ISSN:2077-0383
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Journal of Clinical Medicine. - 10 : 8 (2021), p. 1-20. -
További szerzők:Gindele Réka (1987-) (molekuláris biológus) Balogh Gábor (1991-) (gyógyszerész) Bárdossy Péter Bereczky Zsuzsanna (1974-) (orvosi laboratóriumi diagnosztika szakorvos)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00039
GINOP
OTKA K116228
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

7.

001-es BibID:BIBFORM056930
Első szerző:Tóth László (vegyész)
Cím:Dynamic properties of the native free antithrombin from molecular dynamics simulations : computational evidence for solvent- exposed Arg393 side chain / László Tóth, Attila Fekete, Gábor Balogh, Zsuzsanna Bereczky, István Komáromi
Dátum:2015
ISSN:0739-1102
Megjegyzések:While antithrombin (AT) has small basal inhibitory activity, it reaches its full inhibitory potential against activated blood coagulation factors, FXa, FIXa, and FIIa (thrombin), via an allosteric and/or template (bridging) mechanism by the action of heparin, heparan sulfate, or heparin-mimetic pentasaccharides (PS). From the numerous X-ray structures available for different conformational states of AT, only indirect and incomplete conclusions can be drawn on the inherently dynamic properties of AT. As a typical example, the basal inhibitory activity of AT cannot be interpreted on the basis of "non-activated" free antithrombin X-ray structures since the Arg393 side chain, playing crucial role in antithrombin-proteinase interaction, is not exposed. In order to reveal the intrinsic dynamic properties and the reason of basal inhibitory activity of antithrombin, 2 ?s molecular dynamics simulations were carried out on its native free-forms. It was shown from the simulation trajectories that the reactive center loop which is functioning as "bait" for proteases, even without any biasing potential can populate conformational state in which the Arg393 side chain is solvent exposed. It is revealed from the trajectory analysis that the peptide sequences correspond to the helix D extension, and new helix P formation can be featured with especially large root-mean-square fluctuations. Mutual information analyses of the trajectory showed remarkable (generalized) correlation between those regions of antithrombin which changed their conformations as the consequence of AT-PS complex formation. This suggests that allosteric information propagation pathways are present even in the non-activated native form of AT.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
allostery
antithrombin
fluctuation
generalized correlation
molecular dynamics simulation
principal component analysis
reactive center loop
serpin structure
Megjelenés:Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. - 33 : 9 (2015), p. 2023-2036. -
További szerzők:Fekete Attila (1983-) (vegyész) Balogh Gábor (1991-) (gyógyszerész) Bereczky Zsuzsanna (1974-) (orvosi laboratóriumi diagnosztika szakorvos) Komáromi István (1957-) (vegyész, molekuláris biológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:K-106294
OTKA
K-105459
OTKA
PD-101120
OTKA
TÁMOP-4.2.2.A-11/1/KONV-2012-0045
TÁMOP
Trombózis Kutató Központ Kutatócsoport
TÁMOP 4.2.4.A/2- 11-1-2012-0001
TÁMOP
TAMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012- 0010.1.
TÁMOP
NIIF-1057
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1 
Corvina könyvtári katalógus v8.2.27 © 2023 Monguz kft. Minden jog fenntartva.