Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM054512
Első szerző:	Brignull, Louise M.
Cím:	Reprogramming of lysosomal gene expression by interleukin-4 and Stat6 / Louise M. Brignull, Zsolt Czimmerer, Hafida Saidi, Bence Daniel, Izabel Villela, Nathan W. Bartlett, Sebastian L. Johnston, Lisiane B. Meira, Laszlo Nagy, Axel Nohturfft
Dátum:	2013
ISSN:	1471-2164
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:	BMC Genomics [electronic resource]. - 14 : 1 (2013), p. 1-20. -
További szerzők:	Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Saidi, Hafida Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Villela, Izabel Bartlett, Nathan W. Johnston, Sebastian L. Meira, Lisiane B. Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Nohturfft, Axel
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM037889
Első szerző:	Meskó Bertalan (kutatóorvos)
Cím:	Peripheral blood gene expression patterns discriminate among chronic inflammatory diseases and healthy controls and identify novel targets / Bertalan Mesko, Szilard Poliska, Andrea Szegedi, Zoltan Szekanecz, Karoly Palatka, Maria Papp, Laszlo Nagy
Dátum:	2010
ISSN:	1755-8794
Tárgyszavak:	Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban egyetemen (Magyarországon) készült közlemény
Megjelenés:	BMC Medical Genomics [electronic resource]. - 3 : 1 (2010), p. 15. -
További szerzők:	Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Szegedi Andrea (1964-) (bőrgyógyász) Szekanecz Zoltán (1964-) (reumatológus, belgyógyász, immunológus) Palatka Károly (1961-) (belgyógyász, gasztroenterológus) Papp Mária (1975-) (belgyógyász, gasztroenterológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:	Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat DOI elektronikus változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM065115
Első szerző:	Nagy Gergely (molekuláris biológus)
Cím:	Motif oriented high-resolution analysis of ChIP-seq data reveals the topological order of CTCF and cohesin proteins on DNA / Gergely Nagy, Erik Czipa, László Steiner, Tibor Nagy, Sándor Pongor, László Nagy, Endre Barta
Dátum:	2016
ISSN:	1471-2164
Megjegyzések:	BACKGROUND:ChIP-seq provides a wealth of information on the approximate location of DNA-binding proteins genome-wide. It is known that the targeted motifs in most cases can be found at the peak centers. A high resolution mapping of ChIP-seq peaks could in principle allow the fine mapping of the protein constituents within protein complexes, but the current ChIP-seq analysis pipelines do not target the basepair resolution strand specific mapping of peak summits.RESULTS:The approach proposed here is based on i) locating regions that are bound by a sufficient number of proteins constituting a complex; ii) determining the position of the underlying motif using either a direct or a de novo motif search approach; and iii) determining the exact location of the peak summits with respect to the binding motif in a strand specific manner. We applied this method for analyzing the CTCF/cohesin complex, which holds together DNA loops. The relative positions of the constituents of the complex were determined with one-basepair estimated accuracy. Mapping the positions on a 3D model of DNA made it possible to deduce the approximate local topology of the complex that allowed us to predict how the CTCF/cohesin complex locks the DNA loops. As the positioning of the proteins was not compatible with previous models of loop closure, we proposed a plausible "double embrace" model in which the DNA loop is held together by two adjacent cohesin rings in such a way that the ring anchored by CTCF to one DNA duplex encircles the other DNA double helix and vice versa.CONCLUSIONS:A motif-centered, strand specific analysis of ChIP-seq data improves the accuracy of determining peak positions. If a genome contains a large number of binding sites for a given protein complex, such as transcription factor heterodimers or transcription factor/cofactor complexes, the relative position of the constituent proteins on the DNA can be established with an accuracy that allow one to deduce the local topology of the protein complex. The proposed high resolution mapping approach of ChIP-seq data is applicable for detecting the contact topology of DNA-binding protein complexes.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban CTCF DNA loop cohesin ChIP-seq
Megjelenés:	BMC Genomics. - 17 : 637 (2016), p. 1-9. -
További szerzők:	Czipa Erik (1990-) (molekuláris biológus, bioinformatikus) Steiner László Nagy Tibor (Gödöllő) Pongor Sándor Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Pályázati támogatás:	TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0010 TÁMOP
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: