CCL

Összesen 7 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM054433
Első szerző:Dániel Bence (molekuláris biológus)
Cím:The active enhancer network operated by liganded RXR supports angiogenic activity in macrophages / Bence Daniel, Gergely Nagy, Nasun Hah, Attila Horvath, Zsolt Czimmerer, Szilard Poliska, Tibor Gyuris, Jiri Keirsse, Conny Gysemans, Jo A. Van Ginderachter, Balint L. Balint, Ronald M. Evans, Endre Barta, Laszlo Nagy
Dátum:2014
ISSN:0890-9369
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Genes & Development. - 28 : 14 (2014), p. 1562-1577. -
További szerzők:Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Hah, Nasun Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Gyuris Tibor Keirsse, Jiri Gysemans, Conny Van Ginderachter, Jo A. Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos) Evans, Ronald M. Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM065115
Első szerző:Nagy Gergely (molekuláris biológus)
Cím:Motif oriented high-resolution analysis of ChIP-seq data reveals the topological order of CTCF and cohesin proteins on DNA / Gergely Nagy, Erik Czipa, László Steiner, Tibor Nagy, Sándor Pongor, László Nagy, Endre Barta
Dátum:2016
ISSN:1471-2164
Megjegyzések:BACKGROUND:ChIP-seq provides a wealth of information on the approximate location of DNA-binding proteins genome-wide. It is known that the targeted motifs in most cases can be found at the peak centers. A high resolution mapping of ChIP-seq peaks could in principle allow the fine mapping of the protein constituents within protein complexes, but the current ChIP-seq analysis pipelines do not target the basepair resolution strand specific mapping of peak summits.RESULTS:The approach proposed here is based on i) locating regions that are bound by a sufficient number of proteins constituting a complex; ii) determining the position of the underlying motif using either a direct or a de novo motif search approach; and iii) determining the exact location of the peak summits with respect to the binding motif in a strand specific manner. We applied this method for analyzing the CTCF/cohesin complex, which holds together DNA loops. The relative positions of the constituents of the complex were determined with one-basepair estimated accuracy. Mapping the positions on a 3D model of DNA made it possible to deduce the approximate local topology of the complex that allowed us to predict how the CTCF/cohesin complex locks the DNA loops. As the positioning of the proteins was not compatible with previous models of loop closure, we proposed a plausible "double embrace" model in which the DNA loop is held together by two adjacent cohesin rings in such a way that the ring anchored by CTCF to one DNA duplex encircles the other DNA double helix and vice versa.CONCLUSIONS:A motif-centered, strand specific analysis of ChIP-seq data improves the accuracy of determining peak positions. If a genome contains a large number of binding sites for a given protein complex, such as transcription factor heterodimers or transcription factor/cofactor complexes, the relative position of the constituent proteins on the DNA can be established with an accuracy that allow one to deduce the local topology of the protein complex. The proposed high resolution mapping approach of ChIP-seq data is applicable for detecting the contact topology of DNA-binding protein complexes.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
CTCF
DNA loop
cohesin
ChIP-seq
Megjelenés:BMC Genomics. - 17 : 637 (2016), p. 1-9. -
További szerzők:Czipa Erik (1990-) (molekuláris biológus, bioinformatikus) Steiner László Nagy Tibor (Gödöllő) Pongor Sándor Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Pályázati támogatás:TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0010
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM049597
035-os BibID:PMID:23973299 WOS:000325840200014
Első szerző:Nagy Gergely (molekuláris biológus)
Cím:A novel method to predict regulatory regions based on histone mark landscapes in macrophages / Gergely Nagy, Bence Dániel, Dávid Jónás, László Nagy, Endre Barta
Dátum:2013
ISSN:0171-2985
Megjegyzések:Macrophages as phagocytes and professional antigen presenting cells play critical roles in both innate and adaptive immunity. Main transcription factors acting during their differentiation and function are known, but the behavior and co-operation of these factors still remained unexplored. We introduce a new approach to map nucleosome-free regions using exclusively active enhancer and core promoter marking histone modification ChIP-seq data. We could detect approximately 56,000 potential active enhancers/promoters showing different lengths and histone modification shapes. Beside the highly enriched PU.1 and C/EBP sites, we could also detect binding sites for RUNX and AP-1, as well as for the MiT (MITF-TFE) family and MEF2 proteins. The PU.1 and C/EBP transcription factors are known for transforming cells into macrophages. The other transcription factors found in this study can play a role in macrophages as well, since it is known that the MiT family proteins are responsible for phagocytic activity and the MEF2 proteins specify monocytic differentiation over the granulocyte direction. Our results imply that this method can provide novel information about transcription factor organization at enhancers and core promoters as well as about the histone modifications surrounding regulatory regions in any immune or other cell types.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
BWA
Burrows-Wheeler Alignment Tool
CRE
ChIP
DMEM
Dulbecco's modified Eagle's medium
ENCODE
Enhancer
FAIRE
HLH
HOMER
HTH
Histone modification
IGV
Macrophage
NFR
NOR
Nucleosome-free region
PU.1
Promoter
SRA
TSS
bZIP
basic leucine zipper
cAMP response element
chromatin immunoprecipitation
encyclopedia of DNA elements
formaldehyde-assisted isolation of regulatory elements
helix-loop-helix
helix-turn-helix
hypergeometric optimization of motif EnRichment
integrative genomics viewer
nucleosome occupied region
nucleosome-free region
sequence read archive
transcription start site
Megjelenés:Immunobiology. - 218 : 11 (2013), p. 1416-1427. -
További szerzők:Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Jonás Dávid Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Pályázati támogatás:K100196
OTKA
TÁMOP422_2012_002
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM055639
035-os BibID:(scopus)84923228096 (wos)000349849000009
Első szerző:Simándi Zoltán (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus)
Cím:PRMT1 and PRMT8 regulate retinoic acid-dependent neuronal differentiation with implications to neuropathology / Zoltan Simandi, Erik Czipa, Attila Horvath, Aron Koszeghy, Csilla Bordas, Szilárd Póliska, István Juhász, László Imre, Gábor Szabó, Balazs Dezso, Endre Barta, Sascha Sauer, Katalin Karolyi, Ilona Kovacs, Gábor Hutóczky, László Bognár, Álmos Klekner, Peter Szucs, Bálint L. Bálint, Laszlo Nagy
Dátum:2015
ISSN:1066-5099
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
stem cells
neuronal differentiation
retinoic acid
PRMT1
PRMT8
Megjelenés:Stem Cells. - 33 : 3 (2015), p. 726-741. -
További szerzők:Czipa Erik (1990-) (molekuláris biológus, bioinformatikus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Kőszeghy Áron (1983-) (Ph.D hallgató, élettanász) Bordás Csilla Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Juhász István (1956-) (bőrgyógyász, bőrsebész, kozmetológus, klinikai onkológus) Imre László (1979-) (biológus) Szabó Gábor (1953-) (biofizikus) Dezső Balázs (1951-) (pathológus) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Sauer, Sascha Károlyi Katalin Kovács Ilona (1965-) (patológus) Hutóczki Gábor (1983-) (Ph.D. hallgató) Bognár László (1958-) (idegsebész, gyermekidegsebész) Klekner Álmos (1970-) (idegsebész) Szűcs Péter (1974-) (kutatóorvos) Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:K100196
OTKA
TÁMOP-4.2.2/B-10/1-2010-0024
TÁMOP
Molekuláris Sejt- és Immunbiológiai Doktori Iskola
TÁMOP-4.2.4.A/2-11-1-2012-0001/A2-JADJ-13
TÁMOP
F68254
OTKA
TÁMOP-4.2.4.A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
DOI
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM012854
Első szerző:Szántó Attila (orvos, biokémikus)
Cím:STAT6 Transcription Factor Is a Facilitator of the Nuclear Receptor PPAR[gamma]-Regulated Gene Expression in Macrophages and Dendritic Cells / Szántó, A., Bálint, B. L., Nagy, Zs., Barta, E., Dezső, B., Pap, A., Széles, L., Póliska, S., Oros, M., Evans, R. M., Barak, Y., Schwabe, J., Nagy L.
Dátum:2010
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Immunity. - 3 : 5 (2010), p. 699-712. -
További szerzők:Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos) Nagy Zsuzsanna (1973-) (okleveles középiskolai kémia-fizika szakos tanár) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Dezső Balázs (1951-) (pathológus) Pap Attila (1980-) (biológus) Széles Lajos (1971-) (molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Oros Melinda (1975-) (molekuláris biológus) Evans, Ronald M. Barak, Yaacov Schwabe, John Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
DOI
elektronikus változat
elektronikus változat
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM005097
Első szerző:Szatmári István (biológus)
Cím:Peroxisome proliferator-activated receptor gamma-regulated ABCG2 expression confers cytoprotection to human dendritic cells / Szatmari, I., Vamosi, G., Brazda, P., Balint, B. L., Benko, S., Szeles, L., Jeney, V., Ozvegy-Laczka, C., Szanto, A., Barta, E., Balla, J., Sarkadi, B., Nagy, L.
Dátum:2006
ISSN:021-9258 (Print)
Megjegyzések:ABCG2, a member of the ATP-binding cassette transporters has been identified as a protective pump against endogenous and exogenous toxic agents. ABCG2 was shown to be expressed at high levels in stem cells and variably regulated during cell differentiation. Here we demonstrate that functional ABCG2 is expressed in human monocyte-derived dendritic cells by the activation of a nuclear hormone receptor, PPARgamma. We identified and characterized a 150-base pair long conserved enhancer region, containing three functional PPAR response elements (PPARE), upstream of the human ABCG2 gene. We confirmed the binding of the PPARgamma x RXR heterodimer to this enhancer region, suggesting that PPARgamma directly regulates the transcription of ABCG2. Consistent with these results, elevated expression of ABCG2 mRNA was coupled to enhanced protein production, resulting in increased xenobiotic extrusion capacity via ABCG2 in PPARgamma-activated cells. Furthermore PPARgamma instructed dendritic cells showed increased Hoechst dye extrusion and resistance to mitoxantrone. Collectively, these results uncovered a mechanism by which up-regulation of functional ABCG2 expression can be achieved via exogenous or endogenous activation of the lipid-activated transcription factor, PPARgamma. The increased expression of the promiscuous ABCG2 transporter can significantly modify the xenobiotic and drug resistance of human myeloid dendritic cells.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
agonists
Animals
antagonists & inhibitors
ATP-Binding Cassette Transporters
Base Sequence
biosynthesis
Cattle
Cell Differentiation
Cells
cytology
Cytoprotection
Dendritic Cells
Dogs
Drug Resistance
Drug Resistance,Neoplasm
genetics
Human
Humans
Hungary
metabolism
Mice
Molecular Sequence Data
Neoplasm Proteins
Phenotype
physiology
PPAR gamma
Proteins
Research
Support
Up-Regulation
Xenobiotics
Megjelenés:The Journal of Biological Chemistry. - 281 : 33 (2006), p. 23812-23823. -
További szerzők:Vámosi György (1967-) (biofizikus) Brázda Péter (1980-) (biológus, angol-magyar szakfordító) Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos) Benkő Szilvia (1973-) (molekuláris biológus) Széles Lajos (1971-) (molekuláris biológus) Jeney Viktória (1971-) (vegyész, kémia tanár) Özvegy-Laczka Csilla Szántó Attila (1976-) (orvos, biokémikus) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Balla József (1959-) (belgyógyász, nephrológus) Sarkadi Balázs Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:elektronikus változat
DOI
Borító:

7.

001-es BibID:BIBFORM001503
Első szerző:Szatmári István (biológus)
Cím:PPARgamma regulates the function of human dendritic cells primarily by altering lipid metabolism / Szatmári I., Törőcsik D., Agostini M., Nagy T., Gurnell M., Barta E., Chatterjee K., Nagy L.
Dátum:2007
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Blood 110 : 9 (2007), p. 3271-3279. -
További szerzők:Töröcsik Dániel (1979-) (bőrgyógyász) Agostini, Maura Nagy Tibor (orvos) Gurnell, Mark Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Chatterjee, Krishna Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:elektronikus változat
DOI
Borító:
Rekordok letöltése1 
Corvina könyvtári katalógus v8.2.27 © 2023 Monguz kft. Minden jog fenntartva.