CCL

Összesen 9 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM075079
Első szerző:Bana Nóra Á.
Cím:The red deer Cervus elaphus genome CerEla1.0 : sequencing, annotating, genes, and chromosomes / Nóra Á. Bana, Anna Nyiri, János Nagy, Krisztián Frank, Tibor Nagy, Viktor Stéger, Mátyás Schiller, Péter Lakatos, László Sugár, Péter Horn, Endre Barta, László Orosz
Dátum:2018
ISSN:1617-4615
Megjegyzések:We present here the de novo genome assembly CerEla1.0 for the red deer, Cervus elaphus, an emblematic member of the natural megafauna of the Northern Hemisphere. Humans spread the species in the South. Today, the red deer is also a farm-bred animal and is becoming a model animal in biomedical and population studies. Stag DNA was sequenced at 74x coverage by Illumina technology. The ALLPATHS-LG assembly of the reads resulted in 34.7?x?103 scaffolds, 26.1?x?103 of which were utilized in Cer.Ela1.0. The assembly spans 3.4 Gbp. For building the red deer pseudochromosomes, a pre-established genetic map was used for main anchor points. A nearly complete co-linearity was found between the mapmarker sequences of the deer genetic map and the order and orientation of the orthologous sequences in the syntenic bovine regions. Syntenies were also conserved at the in-scaffold level. The cM distances corresponded to 1.34 Mbp uniformly along the deer genome. Chromosomal rearrangements between deer and cattle were demonstrated. 2.8?x?106 SNPs, 365?x?103 indels and 19368 protein-coding genes were identified in CerEla1.0, along with positions for centromerons. CerEla1.0 demonstrates the utilization of dual references, i.e., when a target genome (here C. elaphus) already has a pre-established genetic map, and is combined with the well-established whole genome sequence of a closely related species (here Bos taurus). Genome-wide association studies (GWAS) that CerEla1.0 (NCBI, MKHE00000000) could serve for are discussed.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Molecular Genetics And Genomics. - 293 : 3 (2018), p. 665-684. -
További szerzők:Nyíri Anna Nagy János (Kaposvár) Frank Krisztián Nagy Tibor (Gödöllő) Stéger Viktor Schiller Mátyás Lakatos Péter (belgyógyász) Sugár László Horn Péter (agrár) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Orosz László (Budapest)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM106015
035-os BibID:(cikkazonosító)763 (WoS)000897492900003 (Scopus)85143655424
Első szerző:Laczik Miklós (bioinformatikus/molekuláris biológus)
Cím:Extensive proteome and functional genomic profiling of variability between genetically identical human B-lymphoblastoid cells / Laczik Miklós, Erdős Edina, Ozgyin Lilla, Hevessy Zsuzsanna, Csősz Éva, Kalló Gergő, Nagy Tibor, Barta Endre, Póliska Szilárd, Szatmári István, Bálint Bálint László
Dátum:2022
ISSN:2052-4463
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Scientific Data. - 9 : 1 (2022), p. 1-12. -
További szerzők:Erdős Edina (1989-) (klinikai laboratóriumi kutató) Ozgyin Lilla (1989-) (molekuláris biológus) Hevessy Zsuzsanna (1966-) (laboratóriumi szakorvos) Csősz Éva (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Kalló Gergő (1989-) (molekuláris biológus) Nagy Tibor (Gödöllő) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Szatmári István (1971-) (biológus) Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.3-15-2016-00007
GINOP
GINOP-2.3.3-15-2016-00020
GINOP
EFOP-3.6.1-16-2016-00022
EFOP
OTKA K 129166
OTKA
OTKA K 124890
OTKA
TAMOP 4.2.4.A/2-11-1-2012-0001
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM060824
Első szerző:Molnár János (Gödöllő)
Cím:Genome sequencing and analysis of Mangalica, a fatty local pig of Hungary / János Molnár, Tibor Nagy, Viktor Stéger, Gábor Tóth, Ferenc Marincs, Endre Barta
Dátum:2014
ISSN:1471-2164
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Mangalica
Genome sequencing
Fatty pig
Breed-specific SNP
Gene function
Megjelenés:Bmc Genomics. - 15 : 761 (2014), p. 1-12. -
További szerzők:Nagy Tibor (Gödöllő) Stéger Viktor Tóth Gábor (Mg. Biotechn. Központ, Gödöllő) Marincs Ferenc Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Pályázati támogatás:TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0010
TÁMOP
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM065115
Első szerző:Nagy Gergely (molekuláris biológus)
Cím:Motif oriented high-resolution analysis of ChIP-seq data reveals the topological order of CTCF and cohesin proteins on DNA / Gergely Nagy, Erik Czipa, László Steiner, Tibor Nagy, Sándor Pongor, László Nagy, Endre Barta
Dátum:2016
ISSN:1471-2164
Megjegyzések:BACKGROUND:ChIP-seq provides a wealth of information on the approximate location of DNA-binding proteins genome-wide. It is known that the targeted motifs in most cases can be found at the peak centers. A high resolution mapping of ChIP-seq peaks could in principle allow the fine mapping of the protein constituents within protein complexes, but the current ChIP-seq analysis pipelines do not target the basepair resolution strand specific mapping of peak summits.RESULTS:The approach proposed here is based on i) locating regions that are bound by a sufficient number of proteins constituting a complex; ii) determining the position of the underlying motif using either a direct or a de novo motif search approach; and iii) determining the exact location of the peak summits with respect to the binding motif in a strand specific manner. We applied this method for analyzing the CTCF/cohesin complex, which holds together DNA loops. The relative positions of the constituents of the complex were determined with one-basepair estimated accuracy. Mapping the positions on a 3D model of DNA made it possible to deduce the approximate local topology of the complex that allowed us to predict how the CTCF/cohesin complex locks the DNA loops. As the positioning of the proteins was not compatible with previous models of loop closure, we proposed a plausible "double embrace" model in which the DNA loop is held together by two adjacent cohesin rings in such a way that the ring anchored by CTCF to one DNA duplex encircles the other DNA double helix and vice versa.CONCLUSIONS:A motif-centered, strand specific analysis of ChIP-seq data improves the accuracy of determining peak positions. If a genome contains a large number of binding sites for a given protein complex, such as transcription factor heterodimers or transcription factor/cofactor complexes, the relative position of the constituent proteins on the DNA can be established with an accuracy that allow one to deduce the local topology of the protein complex. The proposed high resolution mapping approach of ChIP-seq data is applicable for detecting the contact topology of DNA-binding protein complexes.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
CTCF
DNA loop
cohesin
ChIP-seq
Megjelenés:BMC Genomics. - 17 : 637 (2016), p. 1-9. -
További szerzők:Czipa Erik (1990-) (molekuláris biológus, bioinformatikus) Steiner László Nagy Tibor (Gödöllő) Pongor Sándor Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Pályázati támogatás:TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0010
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM112702
Első szerző:Nagy Tibor (Gödöllő)
Cím:The golden jackal (Canis aureus) reference genome assembly and annotation / Tibor Nagy, Erika Csányi, Maher Alnajjar, Péter Fehér, Nóra Ninausz, Orsolya Feró, Morten Skage, Spyridon Kollias, Zsófia Fekete, Levente Kontra, Gyula Sándor, Miklós Heltai, Lóránt Székvölgyi, Viktor Stéger and Endre Barta
Dátum:2022
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok tanulmány, értekezés
könyvrészlet
Megjelenés:3rd International Jackal Symposium 02-04. November 2022. Gödöllő, Hungary : Abstract Book / ed. Miklós Heltai. - p. 61. -
További szerzők:Csányi Erika Alnajjar, Maher Fehér Péter Ninausz Nóra Feró Orsolya Skage, Morten Kollias, Spyridon Fekete Zsófia Kontra Levente Sándor Gyula Heltai Miklós Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus) Stéger Viktor Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM070760
Első szerző:Nagy Tibor (Gödöllő)
Cím:Comparison of small RNA next-generation sequencing with and without isolation of small RNA fraction / Nagy Tibor, Kis András, Poliska Szilárd, Barta Endre, Havelda Zoltán, Marincs Ferenc
Dátum:2016
ISSN:0736-6205
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Biotechniques 60 : 6 (2016), p. 273-278. -
További szerzők:Kis András Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Havelda Zoltán Marincs Ferenc
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

7.

001-es BibID:BIBFORM060825
Első szerző:Német Zoltán
Cím:Draft Genome Sequence of a Highly Virulent Rabbit Staphylococcus aureus Strain / Zoltán Német, Ervin Albert, Tibor Nagy, Ferenc Olasz, Endre Barta, János Kiss, Ádám Dán, Krisztián Bányai, Katleen Hermans, Imre Biksi
Dátum:2015
ISSN:2169-8287
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Genome Announcements. - 3 : 4 (2015), p. e00461-15. -
További szerzők:Albert Ervin (1988-) (állatorvos) Nagy Tibor (Gödöllő) Olasz Ferenc Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Kiss János Dán Ádám Bányai Krisztián Hermans, Katleen Biksi Imre
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

8.

001-es BibID:BIBFORM060826
Első szerző:Olasz Ferenc
Cím:Genome Sequences of Three Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Infantis Strains from Healthy Broiler Chicks in Hungary and in the United Kingdom / Ferenc Olasz, Tibor Nagy, Móni Szabó, János Kiss, Ama Szmolka, Endre Barta, Andries van Tonder, Nicholas Thomson, Paul Barrow, Béla Nagy
Dátum:2015
ISSN:2169-8287
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Genome Announcements. - 3 : 1 (2015), p. e01468-14. -
További szerzők:Nagy Tibor (Gödöllő) Szabó Móni Kiss János Szmolka Ama Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Tonder, Andries van Thomson, Nicholas Barrow, Paul Nagy Béla (Budapest)
Pályázati támogatás:OTKA-K101546
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

9.

001-es BibID:BIBFORM018163
Első szerző:Sebestyén Endre
Cím:DoOPSearch : a web-based tool for finding and analysing common conserved motifs in the promoter regions of different chordate and plant genes / Sebestyén Endre, Nagy Tibor, Suhai Sándor, Barta Endre
Dátum:2009
ISSN:1471-2105
Megjegyzések:The comparative genomic analysis of a large number of orthologous promoter regions of the chordate and plant genes from the DoOP databases shows thousands of conserved motifs. Most of these motifs differ from any known transcription factor binding site (TFBS). To identify common conserved motifs, we need a specific tool to be able to search amongst them. Since conserved motifs from the DoOP databases are linked to genes, the result of such a search can give a list of genes that are potentially regulated by the same transcription factor(s). Results We have developed a new tool called DoOPSearch http://doopsearch.abc.hu webcite for the analysis of the conserved motifs in the promoter regions of chordate or plant genes. We used the orthologous promoters of the DoOP database to extract thousands of conserved motifs from different taxonomic groups. The advantage of this approach is that different sets of conserved motifs might be found depending on how broad the taxonomic coverage of the underlying orthologous promoter sequence collection is (consider e.g. primates vs. mammals or Brassicaceae vs. Viridiplantae). The DoOPSearch tool allows the users to search these motif collections or the promoter regions of DoOP with user supplied query sequences or any of the conserved motifs from the DoOP database. To find overrepresented gene ontologies, the gene lists obtained can be analysed further using a modified version of the GeneMerge program. Conclusion We present here a comparative genomics based promoter analysis tool. Our system is based on a unique collection of conserved promoter motifs characteristic of different taxonomic groups. We offer both a command line and a web-based tool for searching in these motif collections using user specified queries. These can be either short promoter sequences or consensus sequences of known transcription factor binding sites. The GeneMerge analysis of the search results allows the user to identify statistically overrepresented Gene Ontology terms that might provide a clue on the function of the motifs and genes.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok konferenciacikk
Megjelenés:Bmc Bioinformatics [electronic resource]. - 10 : Suppl.6. (2009), p. S6. -
További szerzők:Nagy Tibor (Gödöllő) Suhai Sándor Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1