Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM078612
035-os BibID:	(PMID)31039369 (WoS)000468162100003 (Scopus)85064939471
Első szerző:	Bojcsuk Dóra (klinikai laboratóriumi kutató)
Cím:	Classification of different types of estrogen receptor alpha binding sites in MCF-7 cells / Dóra Bojcsuk, Bálint László Bálint
Dátum:	2019
ISSN:	0168-1656
Megjegyzések:	Estrogen Receptor alpha (ERα) is a ligand-activated transcription factor and it has a prominent role in both physiological and pathological processes of the reproductive system. ERα has been investigated extensively in breast cancer and the MCF-7 breast-cancer-derived cell line is a widely used model for the study of its behavior. In this paper we provide a systematic catalog of the possible scenarios of binding to more than 80,000 ERα transcription factor binding sites based on the mechanism of ERα binding to DNA (upon both vehicle and estradiol (E2) treatment). A key feature of the estrogen-driven genetic programs is the presence or absence of the specific response element referred to as the estrogen response element (ERE). While ERα-driven super-enhancers are key components of estrogen-dependent genetic programs, three additional classes of enhancers could be identified: one with the presence of ERE where the ERα bound to the DNA prior of E2-treatment, one where the E2 was required for ERα binding even in the presence of ERE, and one where the ERα binding is established through the response elements of the collaborating factors. Our results suggest that different scenarios of ERα binding result in different genetic programs.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk ChIP-seq Estrogen receptor Estrogen response element MCF-7 cell line Transcription factor
Megjelenés:	Journal of Biotechnology. - 299 (2019), p. 13-20. -
További szerzők:	Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos)
Pályázati támogatás:	EFOP-3.6.1-16-2016-00022 EFOP GINOP-2.3.3-15-2016-00007 GINOP K129166 OTKA ÚNKP-18-3-III-DE-253 Egyéb EFOP-3.6.3-VEKOP-16-2017-00009 EFOP
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM079298
035-os BibID:	(PMID)31158411 (WoS)000473008800003 (Scopus)85067187461
Első szerző:	Erdős Edina (klinikai laboratóriumi kutató)
Cím:	COUP-TFII is a modulator of cell-type-specific genetic programs based on genomic localization maps / Edina Erdős, Bálint László Bálint
Dátum:	2019
ISSN:	0168-1656
Megjegyzések:	Chicken ovalbumin upstream promoter transcription factor II (COUP-TFII) is a member of the steroid/thyroid hormone receptor superfamily, but its ligand has not yet been identified. Little is known about the role of the COUP-TFII nuclear receptor in cancer cells. In this study, we mapped the cistrome of COUP-TFII in three different cancer cells, namely breast cancer cells (MCF-7), myelogenous leukaemia cells (K562) and liver cancer cells (HepG2) using publicly available ChIP-seq data. Our results show that COUP-TFII co-localises with master transcription factors (TFs) in a cell-specific manner such as estrogen receptor alpha in MCF-7, hepatocyte nuclear factor alpha in HepG2, and GATA-binding factor in K562, while the shared, non-specific COUP-TFII binding sites are co-occupied by CTCF. We identified chromatin environments for these COUP-TFII and master TF co-bound sites together with COUP-TFII and CTCF co-bound sites. Our results show that COUP-TFII and master TF co-bound sites are marked with active enhancer specific histone modifications (H3K27ac and H3K4me1), while COUP-TFII and CTCF co-bound sites reveal active promoter specific histone marks (H3K27ac and H3K4me3). These results describe the genomic context and role of COUP-TFII in the cell-type specific transcriptional programs. Furthermore, we report that the VEGFA gene regulated by shared COUP-TFII and CTCF co-bound regulatory elements is involved in long-range looping in a cell-type-independent manner. These findings provide a genomic insight into the regulation and angiogenic role of COUP-TFII.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk COUP-TFII/NR2F2 Cell-type-specific regulation Estrogen receptor alpha (ERα) Hepatocyte nuclear factor 4 alpha (HNF4α) Master transcription factor VEGFA
Megjelenés:	Journal Of Biotechnology. - 301 (2019), p. 11-17. -
További szerzők:	Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos)
Pályázati támogatás:	EFOP-3.6.1-16-2016-00022 EFOP GINOP-2.3.3-15-2016-00007 GINOP NKFIH K-129166 OTKA TÁMOP 4.2.4.A/2-11-1-2012-0001 TÁMOP
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM079299
035-os BibID:	(WoS)000471093600008 (Scopus)85066256023
Első szerző:	Keresztessy Zsolt
Cím:	Development of an antibody control system using phage display / Zsolt Keresztessy, Edina Erdos, Lilla Ozgyin, János Kádas, József Horváth, Gábor Zahuczky, Balint L. Balint
Dátum:	2019
ISSN:	0168-1656
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Journal Of Biotechnology. - 300 (2019), p. 63-69. -
További szerzők:	Erdős Edina (1989-) (klinikai laboratóriumi kutató) Ozgyin Lilla (1989-) (molekuláris biológus) Kádas János (1976-) (molekuláris biológus, biokémikus, kertészmérnök) Horváth József (1987-) (molekuláris genetikus) Zahuczky Gábor (1975-) (molekuláris biológus, biokémikus, vegyész) Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.3-15-2016-00007 GINOP EFOP-3.6.1-16-2016-00022 EFOP NKFIH K-129166 OTKA EA_KFI_EPIGEN08 Egyéb REG_EA_KFI_INNANTet Egyéb TÁMOP 4.2.4.A/2-11-1-2012-0001 TÁMOP
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: