CCL

Összesen 15 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM104605
035-os BibID:(WoS)000924581500008 (Scopus)85141332501
Első szerző:Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:The epigenetic state of IL-4-polarized macrophages enables inflammatory cistromic expansion and extended synergistic response to TLR ligands / Czimmerer Zsolt, Halasz Laszlo, Daniel Bence, Varga Zsofia, Bene Krisztian, Domokos Apolka, Hoeksema Marten, Shen Zeyang, Berger Wilhelm K., Cseh Timea, Jambrovics Karoly, Kolostyak Zsuzsanna, Fenyvesi Ferenc, Varadi Judit, Poliska Szilard, Hajas Gyorgy, Szatmari Istvan, Glass Christopher K., Bacsi Attila, Nagy Laszlo
Dátum:2022
ISSN:1074-7613
Megjegyzések:Prior exposure to microenvironmental signals could fundamentally change the response of macrophages to subsequent stimuli. It is believed that T helper-2 (Th2)-cell-type cytokine interleukin-4 (IL-4) and Toll-like receptor (TLR) ligand-activated transcriptional programs mutually antagonize each other, and no remarkable convergence has been identified between them. In contrast, here, we show that IL-4-polarized macrophages established a hyperinflammatory gene expression program upon lipopolysaccharide (LPS) exposure. This phenomenon, which we termed extended synergy, was supported by IL-4-directed epigenomic remodeling, LPS-activated NF-?B-p65 cistrome expansion, and increased enhancer activity. The EGR2 transcription factor contributed to the extended synergy in a macrophage-subtype-specific manner. Consequently, the previously alternatively polarized macrophages produced increased amounts of immune-modulatory factors both in vitro and in vivo in a murine Th2 cell-type airway inflammation model upon LPS exposure. Our findings establish that IL-4-induced epigenetic reprogramming is responsible for the development of inflammatory hyperresponsiveness to TLR activation and contributes to lung pathologies.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
EGR2
IL-4
LPS
STAT6
Th2-type airway inflammation
epigenetic reprogramming
inflammation
macrophage
synergistic gene activation
Megjelenés:Immunity. - 55 : 11 (2022), p. 2006-2026.e6. -
További szerzők:Halász László (1989-) (molekuláris biológus) Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Varga Zsófia (1992-) (molekuláris biológus) Bene Krisztián (1986-) (Biológus) Domokos Apolka Hoeksema, Marten Shen, Zeyang Berger, Wilhelm K. Silye-Cseh Timea Jambrovics Károly (1988-) (biológus, gyógyszer-biotechnológus) Kolostyák Zsuzsanna Fenyvesi Ferenc (1977-) (gyógyszerész, gyógyszertechnológus) Váradi Judit (1973-) (gyógyszerész, gyógyszertechnológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Hajas György (1970-) (biológus) Szatmári István (1971-) (biológus) Glass, Christopher K. Bácsi Attila (1967-) (immunológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:R01DK115924
Egyéb
DK124782
Egyéb
KKP129909
Egyéb
FK132185
Egyéb
GINOP-2.3 2-15- 2016-0006
GINOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00050
GINOP
K125337
NKFIH
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM072110
035-os BibID:(WoS)000422751600012 (Scopus)85044680054 (PubMed)29343442
Első szerző:Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:The Transcription Factor STAT6 Mediates Direct Repression of Inflammatory Enhancers and Limits Activation of Alternatively Polarized Macrophages / Czimmerer Zsolt, Daniel Bence, Horvath Attila, Rückerl Dominik, Nagy Gergely, Kiss Mate, Peloquin Matthew, Budai Marietta M., Cuaranta-Monroy Ixchelt, Simandi Zoltan, Steiner Laszlo, Nagy Bela, Poliska Szilard, Banko Csaba, Bacso Zsolt, Schulman Ira G., Sauer Sascha, Deleuze Jean-Francois, Allen Judith E., Benko Szilvia, Nagy Laszlo
Dátum:2018
ISSN:1074-7613
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Immunity. - 48 : 1 (2018), p. 75-90. -
További szerzők:Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Rückerl, Dominik Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Kiss Máté Peloquin, Matthew Budai Marietta Margit (1985-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Steiner László Nagy Béla Jr. (1980-) (labordiagnosztikai szakorvos) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Bankó Csaba (1989-) (molekuláris biológus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Schulman, Ira G. Sauer, Sascha Deleuze, Jean-Francois Allen, Judith E. Benkő Szilvia (1973-) (molekuláris biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:K100196
OTKA
K111941
OTKA
K116855
OTKA
K109429
OTKA
TÁMOP 4.2.4. A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM072111
035-os BibID:(WoS)000423645700002 (Scopus)85034832211
Első szerző:Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:Dynamic transcriptional control of macrophage miRNA signature via inflammation responsive enhancers revealed using a combination of next generation sequencing-based approaches / Czimmerer Zsolt, Horvath Attila, Daniel Bence, Nagy Gergely, Cuaranta-Monroy Ixchelt, Kiss Mate, Kolostyak Zsuzsanna, Poliska Szilard, Steiner Laszlo, Giannakis Nikolas, Varga Tamas, Nagy Laszlo
Dátum:2018
ISSN:1874-9399
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Biochimica et Biophysica Acta (BBA). Gene Regulatory Mechanisms. - 1861 : 1 (2018), p. 14-28. -
További szerzők:Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Kiss Máté Kolostyák Zsuzsanna Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Steiner László Giannakis, Nikolas Varga Tamás (1971-) (biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM065040
Első szerző:Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:The IL-4/STAT6 signaling axis establishes a conserved microRNA signature in human and mouse macrophages regulating cell survival via miR-342-3p / Zsolt Czimmerer, Tamas Varga, Mate Kiss, Cesaré Ovando Vázquez, Quang Minh Doan-Xuan, Dominik Rückerl, Sudhir Gopal Tattikota, Xin Yan, Zsuzsanna S. Nagy, Bence Daniel, Szilard Poliska, Attila Horvath, Gergely Nagy, Eva Varallyay, Matthew N. Poy, Judith E. Allen, Zsolt Bacso, Cei Abreu-Goodger, Laszlo Nagy
Dátum:2016
ISSN:1756-994X
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Genome Medicine. - 8 : 1 (2016), p. 1-22. -
További szerzők:Varga Tamás (1971-) (biológus) Kiss Máté Vázquez, Cesaré Ovando Doan-Xuan, Quang-Minh (1986-) (biofizikus) Rückerl, Dominik Tattikota, Sudhir Gopal Yan, Xin Nagy Zsuzsanna S. Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Varallyay Éva Poy, Matthew N. Allen, Judith E. Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Abreu-Goodger, Cei Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:K100196
OTKA
116855
OTKA
4.2.2.A-11/1/KONV-2012-0023
TÁMOP
4.2.4. A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM042249
Első szerző:Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:Identification of novel markers of alternative activation and potential endogenous PPARgamma ligand production mechanisms in human IL-4 stimulated differentiating macrophages / Czimmerer Zsolt, Varga Tamas, Poliska Szilard, Nemet Istvan, Szanto Attila, Nagy Laszlo
Dátum:2012
ISSN:0171-2985
Megjegyzések:We analyzed global gene expression profiles of IL-4 induced alternatively activated as well as IFNγ+TNFα stimulated classically activated human monocyte derived macrophages and identified novel IL-4 regulated alternative activation marker genes including MS4A4A, SLA, CD180, and ENPP2. Transcription factor prediction analysis of IL-4 regulated genes suggested that the regulated genes are involved in a complex regulation of lipid metabolism, defense against cell metabolism derived reactive oxygen species, and basal expression of inflammation linked genes. Both an in silico transcription activation prediction as well as experimental data suggested the presence of alternative macrophage activation specific endogenous PPARγ ligand producing mechanisms. We found the induction of three enzymes whose activity can potentially generate endogenous PPARγ ligands in an IL-4 dependent manner. These are MAOA, ENPP2, and ALOX15 producing 5-methoxy-indole acetate, lysophosphatidic acid (LPA) and 13-hydroxyoctadienoic acid (13-HODE), and/or 15-hydroxyeicosatetraenoic acid (15-HETE), respectively. Our data suggest that global gene expression profiling, combined with computational transcription activity prediction, can lead to identification of transcriptional networks that underpin cellular subtype specification.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Molekuláris Medicina
Megjelenés:Immunobiology. - 217 : 12 (2012), p. 1301-1314. -
További szerzők:Varga Tamás (1971-) (biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Német István (1982-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Szántó Attila (1976-) (orvos, biokémikus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:NK72730
OTKA
K100196
OTKA
REGPOT-2008-1-01/MOLMEDREX/229920
FP7
TÁMOP-4.2.1/B-09/1/KONV-2010-0007
TÁMOP
Magreceptor természetes ligandok azonosítása
TÁMOP-4.2.2/B-10/1-2010-0024
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM090154
035-os BibID:(WoS)000585924300006 (Scopus)85095444133
Első szerző:Dániel Bence (molekuláris biológus)
Cím:The transcription factor EGR2 is the molecular linchpin connecting STAT6 activation to the late, stable epigenomic program of alternative macrophage polarization / Daniel Bence, Czimmerer Zsolt, Halasz Laszlo, Boto Pal, Kolostyak Zsuzsanna, Poliska Szilard, Berger Wilhelm K., Tzerpos Petros, Nagy Gergely, Horvath Attila, Hajas György, Cseh Timea, Nagy Aniko, Sauer Sascha, Francois-Deleuze Jean, Szatmari Istvan, Bacsi Attila, Nagy Laszlo
Dátum:2020
ISSN:0890-9369 1549-5477
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Genes & Development. - 34 : 21-22 (2020), p. 1474-1492. -
További szerzők:Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Halász László (1989-) (molekuláris biológus) Botó Pál (1986-) (molekuláris biológus) Kolostyák Zsuzsanna Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Berger, Wilhelm K. Tzerpos, Petros (1982-) (molekuláris biológus) Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Horváth Attila (orvos) Hajas György (1970-) (biológus) Silye-Cseh Timea Nagy Anikó (orvos) Sauer, Sascha Francois-Deleuze, Jean Szatmári István (1971-) (biológus) Bácsi Attila (1967-) (immunológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:ÚNKP-19-4-DE-173
Egyéb
GINOP-2.3 2-15- 2016-0006
GINOP
KKP129909
OTKA
K124298
OTKA
PD124843
OTKA
FK132185
OTKA
K124890
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

7.

001-es BibID:BIBFORM076312
035-os BibID:(WoS)000433056900015 (Scopus)85054167767
Első szerző:Dániel Bence (molekuláris biológus)
Cím:The IL-4/STAT6/PPAR[gamma] signaling axis is driving the expansion of the RXR heterodimer cistrome, providing complex ligand responsiveness in macrophages / Daniel Bence, Nagy Gergely, Horvath Attila, Czimmerer Zsolt, Cuaranta-Monroy Ixchelt, Poliska Szilard, Hays Tristan T., Sauer Sascha, Francois-Deleuze Jean, Nagy Laszlo
Dátum:2018
ISSN:0305-1048 1362-4962
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Nucleic Acids Research. - 46 : 9 (2018), p. 4425-4439. -
További szerzők:Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Hays, Tristan T. Sauer, Sascha Francois-Deleuze, Jean Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:PD124843
OTKA
K124298
OTKA
K126885
OTKA
K116855
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

8.

001-es BibID:BIBFORM075746
035-os BibID:(WoS)000447386700009 (Scopus)85054182103
Első szerző:Dániel Bence (molekuláris biológus)
Cím:The Nuclear Receptor PPAR[gamma] Controls Progressive Macrophage Polarization as a Ligand-Insensitive Epigenomic Ratchet of Transcriptional Memory / Daniel Bence, Nagy Gergely, Czimmerer Zsolt, Horvath Attila, Hammers David W., Cuaranta-Monroy Ixchelt, Poliska Szilard, Tzerpos Petros, Kolostyak Zsuzsanna, Hays Tristan T., Patsalos Andreas, Houtman René, Sauer Sascha, Francois-Deleuze Jean, Rastinejad Fraydoon, Balint Balint L., Sweeney H. Lee, Nagy Laszlo
Dátum:2018
ISSN:1074-7613
Tárgyszavak:idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Immunity. - 49 : 4 (2018), p. 615-626. -
További szerzők:Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Hammers, David W. Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Tzerpos, Petros (1982-) (molekuláris biológus) Kolostyák Zsuzsanna Hays, Tristan T. Patsalos, Andreas Houtman, René Sauer, Sascha Francois-Deleuze, Jean Rastinejad, Fraydoon Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos) Sweeney, H. Lee Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:K124298
OTKA
K126885
OTKA
K116855
OTKA
PD124843
OTKA
GINOP-2.3.2-15-2016-00006
GINOP
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

9.

001-es BibID:BIBFORM054433
Első szerző:Dániel Bence (molekuláris biológus)
Cím:The active enhancer network operated by liganded RXR supports angiogenic activity in macrophages / Bence Daniel, Gergely Nagy, Nasun Hah, Attila Horvath, Zsolt Czimmerer, Szilard Poliska, Tibor Gyuris, Jiri Keirsse, Conny Gysemans, Jo A. Van Ginderachter, Balint L. Balint, Ronald M. Evans, Endre Barta, Laszlo Nagy
Dátum:2014
ISSN:0890-9369
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Genes & Development. - 28 : 14 (2014), p. 1562-1577. -
További szerzők:Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Hah, Nasun Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Gyuris Tibor Keirsse, Jiri Gysemans, Conny Van Ginderachter, Jo A. Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos) Evans, Ronald M. Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

10.

001-es BibID:BIBFORM074180
035-os BibID:(cikkazonosító)e0197890 (WOS)000434786600008 (Scopus)85048322440
Első szerző:Fejes Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:Endothelial cell activation is attenuated by everolimus via transcriptional and post-transcriptional regulatory mechanisms after drug-eluting coronary stenting / Fejes Z., Czimmerer Z., Szük T., Póliska S., Horváth A., Balogh E., Jeney V., Váradi J., Fenyvesi F., Balla G., Édes I., Balla J., Kappelmayer J., Nagy B. Jr.
Dátum:2018
ISSN:1932-6203
Megjegyzések:We previously found higher level of endothelial cell (EC) activation in patients who suffered from in-stent restenosis after bare-metal stenting compared to subjects who underwent drug-eluting stenting (DES) showing no complications. Here we investigated the potential transcriptional and post-transcriptional regulatory mechanisms by which everolimus attenuated EC activation after DES. We studied the effect of everolimus on E-selectin (SELE) and VCAM1 mRNA levels when human coronary artery (HCAECs) and human umbilical vein ECs were challenged with recombinant TNF-? (100 ng/mL) for 1-24 hours in the presence or absence of everolimus using 0.5 ?M concentration locally maintained by DES. EC activation was evaluated via the levels of IL-1? and IL-6 mRNAs with miR-155 expression by RT-qPCR as well as the nuclear translocation of nuclear factor kappa beta (NF-?B) detected by fluorescence microscopy. To investigate the transcriptional regulation of E-selectin and VCAM-1, TNF-?-induced enhancer RNA (eRNA) expression at p65-bound enhancers in the neighboring genomic regions of SELE and VCAM1 genes, including SELE_-11Kb and VCAM1_-10Kb, were measured in HCAECs. Mature and precursor levels of E-selectin and VCAM-1 repressor miR-181b were quantified to analyze the post-transcriptional regulation of these genes in HCAECs. Circulating miR-181b was analyzed in plasma samples of stented subjects by stem-loop RT-qPCR. TNF-? highly elevated E-selectin and VCAM-1 expression at transcriptional level in ECs. Levels of mature, pre- and pri-miR-181b were repressed in ECs by TNF-?, while everolimus acted as a negative regulator of EC activation via inhibited translocation of NF-?B p65 subunit into cell nuclei, lowered eRNA expression at SELE and VCAM1 genes-associated enhancers and modulated expression of their post-transcriptional repressor miR-181b. Significant negative correlation was observed between plasma miR-181b and soluble E-selectin and VCAM-1 in patients. In conclusion, everolimus attenuates EC activation via reduced NF-?B p65 translocation causing decreased E-selectin and VCAM-1 expression at transcriptional and post-transcriptional level after DES.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
coronary stenting
endothelial cell
enhancer RNA
everolimus
inflammation
microRNA
Megjelenés:Plos One. - 13 : 6 (2018), p. 1-20. -
További szerzők:Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Szűk Tibor (1967-) (kardiológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Balogh Enikő (1987-) (molekuláris biológus) Jeney Viktória (1971-) (vegyész, kémia tanár) Váradi Judit (1973-) (gyógyszerész, gyógyszertechnológus) Fenyvesi Ferenc (1977-) (gyógyszerész, gyógyszertechnológus) Balla György (1953-) (csecsemő és gyermekgyógyász, neonatológus) Édes István (1952-) (kardiológus) Balla József (1959-) (belgyógyász, nephrológus) Kappelmayer János (1960-) (laboratóriumi szakorvos) Nagy Béla Jr. (1980-) (labordiagnosztikai szakorvos)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00043
GINOP
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

11.

001-es BibID:BIBFORM066998
Első szerző:Fejes Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:Hyperglycemia suppresses microRNA expression in platelets to increase P2RY12 and SELP levels in type 2 diabetes mellitus / Zsolt Fejes, Szilárd Póliska, Zsolt Czimmerer, Miklós Káplár, András Penyige, Gabriella Gál Szabó, Ildikó Beke Debreceni, Satya P. Kunapuli, János Kappelmayer, Béla Nagy Jr.
Dátum:2017
ISSN:0340-6245
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Thrombosis And Haemostasis. - 117 : 3 (2017), p. 529-542. -
További szerzők:Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Káplár Miklós (1965-) (belgyógyász, diabetológus) Penyige András (1954-) (molekuláris genetikus) Gál Szabó Gabriella Bekéné Debreceni Ildikó (1970-) (biológus) Kunapuli, Satya P. Kappelmayer János (1960-) (laboratóriumi szakorvos) Nagy Béla Jr. (1980-) (labordiagnosztikai szakorvos)
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

12.

001-es BibID:BIBFORM077627
035-os BibID:(WoS)000467964800013 (Scopus)85064477457
Első szerző:Horváth Attila (programtervező informatikus)
Cím:Labelled regulatory elements are pervasive features of the macrophage genome and are dynamically utilized by classical and alternative polarization signals / Attila Horvath, Bence Daniel, Lajos Szeles, Ixchelt Cuaranta-Monroy, Zsolt Czimmerer, Lilla Ozgyin, Laszlo Steiner, Mate Kiss, Zoltan Simandi, Szilard Poliska, Nikolas Giannakis, Emanuele Raineri, Ivo G. Gut, Benedek Nagy, Laszlo Nagy
Dátum:2019
ISSN:0305-1048 1362-4962
Megjegyzések:The concept of tissue-specific gene expression posits that lineage-determining transcription factors (LDTFs) determine the open chromatin profile of a cell via collaborative binding, providing molecular beacons to signal-dependent transcription factors (SDTFs). However, the guiding principles of LDTF binding, chromatin accessibility and enhancer activity have not yet been systematically evaluated. We sought to study these features of the macrophage genome by the combination of experimental (ChIP-seq, ATAC-seq and GRO-seq) and computational approaches. We show that Random Forest and Support Vector Regression machine learning methods can accurately predict chromatin accessibility using the binding patterns of the LDTF PU.1 and four other key TFs of macrophages (IRF8, JUNB, CEBPA and RUNX1). Any of these TFs alone were not sufficient to predict open chromatin, indicating that TF binding is widespread at closed or weakly opened chromatin regions. Analysis of the PU.1 cistrome revealed that two-thirds of PU.1 binding occurs at low accessible chromatin. We termed these sites labelled regulatory elements (LREs), which may represent a dormant state of a future enhancer and contribute to macrophage cellular plasticity. Collectively, our work demonstrates the existence of LREs occupied by various key TFs, regulating specific gene expression programs triggered by divergent macrophage polarizing stimuli.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Nucleic Acids Research. - 47 : 6 (2019), p. 2778-2792. -
További szerzők:Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Széles Lajos (1971-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Ozgyin Lilla (1989-) (molekuláris biológus) Steiner László Kiss Máté Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Giannakis, Nikolas Raineri, Emanuele Gut, Ivo G. Nagy Benedek (1973-) (informatikus, matematikus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:NKFIH K116855
NKFIH
NKFIH K124298
NKFIH
NKFIH KH126885
NKFIH
GINOP-2.3.2-15-2016-00006
GINOP
GINOP-2.1.7-15-2016-01487
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1 2 
Corvina könyvtári katalógus v8.2.27 © 2023 Monguz kft. Minden jog fenntartva.