CCL

Összesen 4 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM074760
035-os BibID:(WoS)000456709700016 (Scopus)85056716023
Első szerző:Hegedűs Éva (biofizikus)
Cím:Endogenous single-strand DNA breaks at RNA polymerase II promoters in Saccharomyces cerevisiae / Hegedűs Éva, Kókai Endre, Nánási Péter, Imre László, Halász László, Jossé Rozenn, Antunovics Zsuzsa, Webb Martin R., El Hage Aziz, Pommier Yves, Székvölgyi Lóránt, Dombrádi Viktor, Szabó Gábor
Dátum:2018
ISSN:0305-1048 1362-4962
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
ssDNA breaks
Megjelenés:Nucleic Acids Research. - 46 : 20 (2018), p. 10649-10668. -
További szerzők:Kókai Endre (1971-) (biokémikus, biológus) Nánási Péter Pál ifj. (1987-) (sejtbiológus) Imre László (1979-) (biológus) Halász László (1989-) (molekuláris biológus) Jossé, Rozenn Antunovics Zsuzsa (1978-) (molekuláris biológus, genetikus) Webb, Martin R. El Hage, Aziz Pommier, Yves Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus) Dombrádi Viktor (1953-) (biokémikus) Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Pályázati támogatás:K72762
OTKA
NK101337
OTKA
K128770
OTKA
4.2.2-08/1-2008-0015
TÁMOP
4.2.1/B09/1/KONV-2010-0007
TÁMOP
4.2.2.A-11/1/KONV2012-0023 "VÉD-ELEM"
TÁMOP
4.2.4. A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00044
GINOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00026
GINOP
NKFIH-ERC-HU-117670
NKFIH
GINOP-2.3.2-15-2016-00024
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM004119
035-os BibID:WOS:000253576200009
Első szerző:Hegedűs Éva (biofizikus)
Cím:Heteroduplex analysis using flow cytometric microbead assays to detect deletions, insertions, and single-strand lesions / Hegedüs E., Imre L., Pataki J., Lizanecz E., Székvölgyi L., Fazakas F., Bacsó Z., Tóth A., Szabó M., Seres Z., Szabó G.
Dátum:2008
Megjegyzések:We explore the possibilities offered by flow cytometric microbead analysis to develop high throughput methods for the detection of deletions/insertions and single-strand DNA lesions. The products of PCR reactions derived from reference and test samples are denatured and reannealed, then exposed to enzymatic or chemical treatments distinguishing homoduplices from heteroduplices. The biotin- and dye labeled reaction products are immobilized on microbeads and the homo- and heteroduplices are assessed in separate fluorescence channels, by flow cytometry. Using a model system based on the mixed lineage leukemia gene breakpoint cluster region, we demonstrate that deletions and insertions in genomic DNA can be detected, using S1 nuclease and chemical cleavage to distinguish hetero- from homoduplices, or a restriction enzyme cleaving only the homoduplices. Single-strand discontinuities can also be detected, by combining nick-translation, using labeled nucleotide, and flow cytometric microbead analysis. The methodical approaches demonstrated are applicable in a versatile manner in basic cell and molecular biological research and also promise direct application for high throughput screening of genetic diseases and lesions, including insertions or deletions of short sequence elements and single-strand lesions formed at hypersensitive sites in response to apoptotic stimuli.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
microbead
heteroduplex
cytometry
egyetemen (Magyarországon) készült közlemény
Megjelenés:Cytometry. Part A. - 73 : 3 (2008), p. 238-245. -
További szerzők:Imre László (1979-) (biológus) Pataki Judit (1980-) (biofizikus) Lizanecz Erzsébet (1978-) (orvos) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus) Fazakas Ferenc (1969-) (molekuláris biológus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Tóth Attila (1971-) (biológus) Szabó Miklós Seres Zoltán Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Internet cím:elektronikus változat
DOI
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM072900
035-os BibID:(Cikkazonosító)12734 (WOS)000412491500006 (Scopus)85030764085
Első szerző:Imre László (biológus)
Cím:Nucleosome stability measured in situ by automated quantitative imaging / László Imre, Zoltán Simándi, Attila Horvath, György Fenyofalvi, Péter Nanasi Jr., Erfaneh Firouzi Niaki, Éva Hegedus, Zsolt Bacso, Urbain Weyemi, Rebekka Mauser, Juan Ausio, Albert Jeltsch, William Bonner, László Nagy, Hiroshi Kimura, Gábor Szabo
Dátum:2017
ISSN:2045-2322
Megjegyzések:Current approaches have limitations in providing insight into the functional properties of particular nucleosomes in their native molecular environment. Here we describe a simple and powerful method involving elution of histones using intercalators or salt, to assess stability features dependent on DNA superhelicity and relying mainly on electrostatic interactions, respectively, and measurement of the fraction of histones remaining chromatin-bound in the individual nuclei using histone type- or posttranslational modification- (PTM-) specific antibodies and automated, quantitative imaging. The method has been validated in H3K4me3 ChIP-seq experiments, by the quantitative assessment of chromatin loop relaxation required for nucleosomal destabilization, and by comparative analyses of the intercalator and salt induced release from the nucleosomes of different histones. The accuracy of the assay allowed us to observe examples of strict association between nucleosome stability and PTMs across cell types, differentiation state and throughout the cell-cycle in close to native chromatin context, and resolve ambiguities regarding the destabilizing effect of H2A.X phosphorylation. The advantages of the in situ measuring scenario are demonstrated via the marked effect of DNA nicking on histone eviction that underscores the powerful potential of topological relaxation in the epigenetic regulation of DNA accessibility.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Fluorescence imaging
Nuclear organization
Epigenetics
Molekuláris Medicina
Megjelenés:Scientific Reports. - 7 : 1 (2017), p. 1-15. -
További szerzők:Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Fenyőfalvi György Nánási Péter Pál ifj. (1987-) (sejtbiológus) Firouzi Niaki, Erfaneh Hegedűs Éva (1978-) (biofizikus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Weyemi, Urbain Mauser, Rebekka Ausio, Juan Jeltsch, Albert Bonner, William Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Kimura, Hiroshi Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Pályázati támogatás:K72762
OTKA
NK101337
OTKA
TÁMOP-4.2.2-08/1-2008-0015
TÁMOP
TÁMOP-4.2.1/B-09/1/KONV-2010-0007
TÁMOP
I. ABC transzporterek; II. Magasabbrendű kromatinszerkezet
TÁMOP 4.2.2.A- 11/1/KONV-2012-0023 "VÉD-ELEM
TÁMOP
TÁMOP 4.2.4. A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00044
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM010362
Első szerző:Székvölgyi Lóránt (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Cím:Flow Cytometric and Laser Scanning Microscopic Approaches in Epigenetics Research / Lorant Szekvolgyi, Laszlo Imre, Doan Xuan Quang Minh, Eva Hegedus, Zsolt Bacso, Gabor Szabo
Dátum:2009
ISSN:9781603274135
Megjegyzések:Our understanding of epigenetics has been transformed in recent years by the advance of technological possibilities based primarily on a powerful tool, chromatin immunoprecipitation (ChIP). However, in many cases, the detection of epigenetic changes requires methods providing a high-throughput (HTP) platform. Cytometry has opened a novel approach for the quantitative measurement of molecules, including PCR products, anchored to appropriately addressed microbeads (Pataki et al. 2005. Cytometry 68, 45-52). Here we show selected examples for the utility of two different cytometry-based platforms of epigenetic analysis: ChIP-on-beads, a flow-cytometric test of local histone modifications (Balint et al. 2005. Mol. Cell Biol. 25, 5648-5663), and the laser scanning cytometry-based measurement of global epigenetic modifications that might help predict clinical behavior in different pathological conditions. We anticipate that such alternative tools may shortly become indispensable in clinical practice, translating the systematic screening of epigenetic tags from basic research into routine diagnostics of HTP demand.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Chromatin
Chromatin Immunoprecipitation
Immunoprecipitation
methods
Megjelenés:Methods in Molecular Biology. - 567 (2009), p. 99-111. -
További szerzők:Imre László (1979-) (biológus) Doan-Xuan, Quang-Minh (1986-) (biofizikus) Hegedűs Éva (1978-) (biofizikus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
DOI
Borító:
Rekordok letöltése1