Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM072110
035-os BibID:	(WoS)000422751600012 (Scopus)85044680054 (PubMed)29343442
Első szerző:	Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:	The Transcription Factor STAT6 Mediates Direct Repression of Inflammatory Enhancers and Limits Activation of Alternatively Polarized Macrophages / Czimmerer Zsolt, Daniel Bence, Horvath Attila, Rückerl Dominik, Nagy Gergely, Kiss Mate, Peloquin Matthew, Budai Marietta M., Cuaranta-Monroy Ixchelt, Simandi Zoltan, Steiner Laszlo, Nagy Bela, Poliska Szilard, Banko Csaba, Bacso Zsolt, Schulman Ira G., Sauer Sascha, Deleuze Jean-Francois, Allen Judith E., Benko Szilvia, Nagy Laszlo
Dátum:	2018
ISSN:	1074-7613
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Immunity. - 48 : 1 (2018), p. 75-90. -
További szerzők:	Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Rückerl, Dominik Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Kiss Máté Peloquin, Matthew Budai Marietta Margit (1985-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Steiner László Nagy Béla Jr. (1980-) (labordiagnosztikai szakorvos) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Bankó Csaba (1989-) (molekuláris biológus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Schulman, Ira G. Sauer, Sascha Deleuze, Jean-Francois Allen, Judith E. Benkő Szilvia (1973-) (molekuláris biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:	K100196 OTKA K111941 OTKA K116855 OTKA K109429 OTKA TÁMOP 4.2.4. A/2-11-1-2012-0001 TÁMOP
Internet cím:	DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM072111
035-os BibID:	(WoS)000423645700002 (Scopus)85034832211
Első szerző:	Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:	Dynamic transcriptional control of macrophage miRNA signature via inflammation responsive enhancers revealed using a combination of next generation sequencing-based approaches / Czimmerer Zsolt, Horvath Attila, Daniel Bence, Nagy Gergely, Cuaranta-Monroy Ixchelt, Kiss Mate, Kolostyak Zsuzsanna, Poliska Szilard, Steiner Laszlo, Giannakis Nikolas, Varga Tamas, Nagy Laszlo
Dátum:	2018
ISSN:	1874-9399
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Biochimica et Biophysica Acta (BBA). Gene Regulatory Mechanisms. - 1861 : 1 (2018), p. 14-28. -
További szerzők:	Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Kiss Máté Kolostyák Zsuzsanna Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Steiner László Giannakis, Nikolas Varga Tamás (1971-) (biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM071151
Első szerző:	Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:	Extensive and functional overlap of the STAT6 and RXR cistromes in the active enhancer repertoire of human CD14+ monocyte derived differentiating macrophages / Zsolt Czimmerer, Zsuzsanna S. Nagy, Gergely Nagy, Attila Horvath, Timea Silye-Cseh, Agnes Kriston, David Jonas, Sascha Sauer, Laszlo Steiner, Bence Daniel, Jean-Francois Deleuze, Laszlo Nagy
Dátum:	2018
ISSN:	0303-7207
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:	Molecular and Cellular Endocrinology. - 471 (2018), p. 63-74. -
További szerzők:	Nagy Zsuzsanna S. Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Silye-Cseh Timea (1985-) (Biológus) Kriston Ágnes Jonás Dávid Sauer, Sascha Steiner László Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Deleuze, Jean-Francois Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:	TAMOP 4.2.4. A/2-11-1-2012-0001 TÁMOP K100196 OTKA TAMOP-4.2.2/A-11/1/KONV-2012-0023 TÁMOP
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM065115
Első szerző:	Nagy Gergely (molekuláris biológus)
Cím:	Motif oriented high-resolution analysis of ChIP-seq data reveals the topological order of CTCF and cohesin proteins on DNA / Gergely Nagy, Erik Czipa, László Steiner, Tibor Nagy, Sándor Pongor, László Nagy, Endre Barta
Dátum:	2016
ISSN:	1471-2164
Megjegyzések:	BACKGROUND:ChIP-seq provides a wealth of information on the approximate location of DNA-binding proteins genome-wide. It is known that the targeted motifs in most cases can be found at the peak centers. A high resolution mapping of ChIP-seq peaks could in principle allow the fine mapping of the protein constituents within protein complexes, but the current ChIP-seq analysis pipelines do not target the basepair resolution strand specific mapping of peak summits.RESULTS:The approach proposed here is based on i) locating regions that are bound by a sufficient number of proteins constituting a complex; ii) determining the position of the underlying motif using either a direct or a de novo motif search approach; and iii) determining the exact location of the peak summits with respect to the binding motif in a strand specific manner. We applied this method for analyzing the CTCF/cohesin complex, which holds together DNA loops. The relative positions of the constituents of the complex were determined with one-basepair estimated accuracy. Mapping the positions on a 3D model of DNA made it possible to deduce the approximate local topology of the complex that allowed us to predict how the CTCF/cohesin complex locks the DNA loops. As the positioning of the proteins was not compatible with previous models of loop closure, we proposed a plausible "double embrace" model in which the DNA loop is held together by two adjacent cohesin rings in such a way that the ring anchored by CTCF to one DNA duplex encircles the other DNA double helix and vice versa.CONCLUSIONS:A motif-centered, strand specific analysis of ChIP-seq data improves the accuracy of determining peak positions. If a genome contains a large number of binding sites for a given protein complex, such as transcription factor heterodimers or transcription factor/cofactor complexes, the relative position of the constituent proteins on the DNA can be established with an accuracy that allow one to deduce the local topology of the protein complex. The proposed high resolution mapping approach of ChIP-seq data is applicable for detecting the contact topology of DNA-binding protein complexes.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban CTCF DNA loop cohesin ChIP-seq
Megjelenés:	BMC Genomics. - 17 : 637 (2016), p. 1-9. -
További szerzők:	Czipa Erik (1990-) (molekuláris biológus, bioinformatikus) Steiner László Nagy Tibor (Gödöllő) Pongor Sándor Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Pályázati támogatás:	TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0010 TÁMOP
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: