Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM100831
Első szerző:	Campenhout, Claude Van
Cím:	Guidelines for optimized gene knockout using CRISPR/Cas9 / Claude Van Campenhout, Pauline Cabochette, Anne-Clémence Veillard, Miklos Laczik, Agnieszka Zelisko-Schmidt, Céline Sabatel, Maxime Dhainaut, Benoit Vanhollebeke, Cyril Gueydan, Véronique Kruys
Dátum:	2019
ISSN:	0736-6205
Megjegyzések:	CRISPR/Cas9 technology has evolved as the most powerful approach to generate genetic models both for fundamental and preclinical research. Despite its apparent simplicity, the outcome of a genome-editing experiment can be substantially impacted by technical parameters and biological considerations. Here, we present guidelines and tools to optimize CRISPR/Cas9 genome-targeting efficiency and specificity. The nature of the target locus, the design of the single guide RNA and the choice of the delivery method should all be carefully considered prior to a genome-editing experiment. Different methods can also be used to detect off-target cleavages and decrease the risk of unwanted mutations. Together, these optimized tools and proper controls are essential to the assessment of CRISPR/Cas9 genome-editing experiments.
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Biotechniques. - 66 : 6 (2019), p. 295-302. -
További szerzők:	Cabochette, Pauline Veillard, Anne-Clémence Laczik Miklós (1985-) (bioinformatikus/molekuláris biológus) Zelisko-Schmidt, Agnieszka Sabatel, Céline Dhainaut, Maxime Vanhollebeke, Benoit Gueydan, Cyril Kruys, Véronique
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM100563
Első szerző:	Laczik Miklós (bioinformatikus/molekuláris biológus)
Cím:	Iterative Fragmentation Improves the Detection of ChIP-seq Peaks for Inactive Histone Marks / Miklós Laczik, Jan Hendrickx, Anne-Clémence Veillard, Mustafa Tammoh, Sarah Marzi, Dominique Poncelet
Dátum:	2016
ISSN:	1177-9322
Megjegyzések:	As chromatin immunoprecipitation (ChIP) sequencing is becoming the dominant technique for studying chromatin modifications, new protocols surface to improve the method. Bioinformatics is also essential to analyze and understand the results, and precise analysis helps us to identify the effects of protocol optimizations. We applied iterative sonication ? sending the fragmented DNA after ChIP through additional round(s) of shearing ? to a number of samples, testing the effects on different histone marks, aiming to uncover potential benefits of inactive histone marks specifically. We developed an analysis pipeline that utilizes our unique, enrichment-type specific approach to peak calling. With the help of this pipeline, we managed to accurately describe the advantages and disadvantages of the iterative refragmentation technique, and we successfully identified possible fields for its applications, where it enhances the results greatly. In addition to the resonication protocol description, we provide guidelines for peak calling optimization and a freely implementable pipeline for data analysis.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Bioinformatics and Biology Insights. - 10 (2016), p. 209-224. -
További szerzők:	Hendrickx, Jan Veillard, Anne-Clémence Tammoh, Mustafa Marzi, Sarah Poncelet, Dominique
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: