CCL

Összesen 19 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM062297
Első szerző:Cuaranta-Monroy, Ixchelt (Ph.D. hallgató)
Cím:Differentiation of Adipocytes in Monolayer from Mouse Embryonic Stem Cells / Ixchelt Cuaranta-Monroy, Zoltan Simandi, Laszlo Nagy
Dátum:2015
ISSN:1064-3745 1940-6029
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Methods In Molecular Biology. - 1340 (2015), p. 407-415. -
További szerzők:Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM062123
Első szerző:Cuaranta-Monroy, Ixchelt (Ph.D. hallgató)
Cím:Genomewide effects of peroxisome proliferatoractivated receptor gamma in macrophages and dendritic cells : revealing complexity through systems biology / Ixchelt Cuaranta-Monroy, Mate Kiss, Zoltan Simandi, Laszlo Nagy
Dátum:2015
ISSN:0014-2972
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:European Journal Of Clinical Investigation. - 45 (2015), p. 964-975. -
További szerzők:Kiss Máté Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:TAMOP-4.2.2.A-11/1/KONV-2012-0023 VÉD-ELEM
TÁMOP
OTKA-K100196
OTKA
OTKA-K111941
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM055844
Első szerző:Cuaranta-Monroy, Ixchelt (Ph.D. hallgató)
Cím:Highly efficient differentiation of embryonic stem cells into adipocytes by ascorbic acid / Ixchelt Cuaranta-Monroy, Zoltan Simandi, Zsuzsanna Kolostyak, Quang-Minh Doan-Xuan, Szilard Poliska, Attila Horvath, Gergely Nagy, Zsolt Bacso, Laszlo Nagy
Dátum:2014
ISSN:1873-5061
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Stem Cell Research. - 13 : 1 (2014), p. 88-97. -
További szerzők:Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Kolostyák Zsuzsanna Doan-Xuan, Quang-Minh (1986-) (biofizikus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM072110
035-os BibID:(WoS)000422751600012 (Scopus)85044680054 (PubMed)29343442
Első szerző:Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:The Transcription Factor STAT6 Mediates Direct Repression of Inflammatory Enhancers and Limits Activation of Alternatively Polarized Macrophages / Czimmerer Zsolt, Daniel Bence, Horvath Attila, Rückerl Dominik, Nagy Gergely, Kiss Mate, Peloquin Matthew, Budai Marietta M., Cuaranta-Monroy Ixchelt, Simandi Zoltan, Steiner Laszlo, Nagy Bela, Poliska Szilard, Banko Csaba, Bacso Zsolt, Schulman Ira G., Sauer Sascha, Deleuze Jean-Francois, Allen Judith E., Benko Szilvia, Nagy Laszlo
Dátum:2018
ISSN:1074-7613
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Immunity. - 48 : 1 (2018), p. 75-90. -
További szerzők:Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Rückerl, Dominik Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Kiss Máté Peloquin, Matthew Budai Marietta Margit (1985-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Steiner László Nagy Béla Jr. (1980-) (labordiagnosztikai szakorvos) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Bankó Csaba (1989-) (molekuláris biológus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Schulman, Ira G. Sauer, Sascha Deleuze, Jean-Francois Allen, Judith E. Benkő Szilvia (1973-) (molekuláris biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:K100196
OTKA
K111941
OTKA
K116855
OTKA
K109429
OTKA
TÁMOP 4.2.4. A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM051501
035-os BibID:(cikkazonosító)e55168 (WoS)000314610600070 (Scopus)84873137070
Első szerző:Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:A versatile method to design stem-loop primer-based quantitative PCR assays for detecting small regulatory RNA molecules / Zsolt Czimmerer, Julianna Hulvely, Zoltan Simandi, Eva Varallyay, Zoltan Havelda, Erzsebet Szabo, Attila Varga, Balazs Dezso, Maria Balogh, Attila Horvath, Balint Domokos, Zsolt Torok, Laszlo Nagy, Balint L. Balint
Dátum:2013
ISSN:1932-6203
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:PLoS One. - 8 : 1 (2013), p. 1-10. -
További szerzők:Hulvely Julianna Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Varallyay Éva Havelda Zoltán Szabó Erzsébet (1973-) (molekuláris biológus) Varga Attila (Astrid Research Ltd. Debrecen) Dezső Balázs (1951-) (pathológus) Balogh Mária Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Domokos Bálint (1974-) (programtervező matematikus) Török Zsolt (1975-) (orvos) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
DOI
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM086696
035-os BibID:(WoS)000553333300022 (Scopus)85088493600
Első szerző:Fadel, Lina (gyógyszerész)
Cím:Agonist binding directs dynamic competition among nuclear receptors for heterodimerization with retinoid X receptor / Lina Fadel, Bálint Rehó, Julianna Volkó, Dóra Bojcsuk, Zsuzsanna Kolostyák, Gergely Nagy, Gabriele Müller, Zoltán Simándi, Éva Hegedüs, Gábor Szabó, Katalin Tóth, Laszlo Nagy, György Vámosi
Dátum:2020
ISSN:0021-9258 1083-351X
Megjegyzések:Retinoid X receptor (RXR) plays a pivotal role as a transcriptional regulator and serves as an obligatory heterodimerization partner for at least 20 other nuclear receptors (NRs). Given a potentially limiting/sequestered pool of RXR and simultaneous expression of several RXR partners, we hypothesized that NRs compete for binding to RXR and that this competition may be directed by specific agonist treatment. Here, we tested this hypothesis on three NRs: peroxisome proliferator-activated receptor γ (PPARγ), vitamin D receptor (VDR), and retinoic acid receptor α (RARα). Evaluation of competition relied on a nuclear-translocation assay applied in a three-color imaging model system by detecting changes in heterodimerization between RXRα and one of its partners (NR1), in the presence of another competing partner (NR2). Our results indicated dynamic competition between the NRs governed by two mechanisms. First, in the absence of agonist treatment, there is a hierarchy of affinities between RXRα and its partners in the following order: RARα>PPARγ>VDR. Second, upon agonist treatment, RXRα favors the liganded partner. We conclude that recruiting RXRα by the liganded NR not only facilitates a stimulus-specific cellular response, but might also impede other NR pathways involving RXRα.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Journal of Biological Chemistry. - 295 : 29 (2020), p. 10045-10061. -
További szerzők:Rehó Bálint (1992-) Volkó Julianna (1983-) (biotechnológus) Bojcsuk Dóra (1990-) (klinikai laboratóriumi kutató) Kolostyák Zsuzsanna Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Müller, Gabriele Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Hegedűs Éva (1978-) (biofizikus) Szabó Gábor (1953-) (biofizikus) Tóth Katalin Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Vámosi György (1967-) (biofizikus)
Pályázati támogatás:NKFIH NN129371
egyéb
NKFIH KKP129909
egyéb
NKFIH K124298
egyéb
GINOP-2.3.2-15-2016-00050
GINOP
GINOP-2.3.3-15-2016-00003
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

7.

001-es BibID:BIBFORM077777
Első szerző:Horváth Attila (programtervező informatikus)
Cím:Commentaries on Viewpoint : Loopomics: a new functional approach to life / Horváth Attila, Simándi Zoltán, Nagy László
Dátum:2017
ISSN:8750-7587
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok hozzászólás
Megjelenés:Journal Of Applied Physiology. - 123 : 4 (2017), p. 1014-1015. -
További szerzők:Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

8.

001-es BibID:BIBFORM077627
035-os BibID:(WoS)000467964800013 (Scopus)85064477457
Első szerző:Horváth Attila (programtervező informatikus)
Cím:Labelled regulatory elements are pervasive features of the macrophage genome and are dynamically utilized by classical and alternative polarization signals / Attila Horvath, Bence Daniel, Lajos Szeles, Ixchelt Cuaranta-Monroy, Zsolt Czimmerer, Lilla Ozgyin, Laszlo Steiner, Mate Kiss, Zoltan Simandi, Szilard Poliska, Nikolas Giannakis, Emanuele Raineri, Ivo G. Gut, Benedek Nagy, Laszlo Nagy
Dátum:2019
ISSN:0305-1048 1362-4962
Megjegyzések:The concept of tissue-specific gene expression posits that lineage-determining transcription factors (LDTFs) determine the open chromatin profile of a cell via collaborative binding, providing molecular beacons to signal-dependent transcription factors (SDTFs). However, the guiding principles of LDTF binding, chromatin accessibility and enhancer activity have not yet been systematically evaluated. We sought to study these features of the macrophage genome by the combination of experimental (ChIP-seq, ATAC-seq and GRO-seq) and computational approaches. We show that Random Forest and Support Vector Regression machine learning methods can accurately predict chromatin accessibility using the binding patterns of the LDTF PU.1 and four other key TFs of macrophages (IRF8, JUNB, CEBPA and RUNX1). Any of these TFs alone were not sufficient to predict open chromatin, indicating that TF binding is widespread at closed or weakly opened chromatin regions. Analysis of the PU.1 cistrome revealed that two-thirds of PU.1 binding occurs at low accessible chromatin. We termed these sites labelled regulatory elements (LREs), which may represent a dormant state of a future enhancer and contribute to macrophage cellular plasticity. Collectively, our work demonstrates the existence of LREs occupied by various key TFs, regulating specific gene expression programs triggered by divergent macrophage polarizing stimuli.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Nucleic Acids Research. - 47 : 6 (2019), p. 2778-2792. -
További szerzők:Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Széles Lajos (1971-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Ozgyin Lilla (1989-) (molekuláris biológus) Steiner László Kiss Máté Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Giannakis, Nikolas Raineri, Emanuele Gut, Ivo G. Nagy Benedek (1973-) (informatikus, matematikus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:NKFIH K116855
NKFIH
NKFIH K124298
NKFIH
NKFIH KH126885
NKFIH
GINOP-2.3.2-15-2016-00006
GINOP
GINOP-2.1.7-15-2016-01487
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

9.

001-es BibID:BIBFORM072900
035-os BibID:(Cikkazonosító)12734 (WOS)000412491500006 (Scopus)85030764085
Első szerző:Imre László (biológus)
Cím:Nucleosome stability measured in situ by automated quantitative imaging / László Imre, Zoltán Simándi, Attila Horvath, György Fenyofalvi, Péter Nanasi Jr., Erfaneh Firouzi Niaki, Éva Hegedus, Zsolt Bacso, Urbain Weyemi, Rebekka Mauser, Juan Ausio, Albert Jeltsch, William Bonner, László Nagy, Hiroshi Kimura, Gábor Szabo
Dátum:2017
ISSN:2045-2322
Megjegyzések:Current approaches have limitations in providing insight into the functional properties of particular nucleosomes in their native molecular environment. Here we describe a simple and powerful method involving elution of histones using intercalators or salt, to assess stability features dependent on DNA superhelicity and relying mainly on electrostatic interactions, respectively, and measurement of the fraction of histones remaining chromatin-bound in the individual nuclei using histone type- or posttranslational modification- (PTM-) specific antibodies and automated, quantitative imaging. The method has been validated in H3K4me3 ChIP-seq experiments, by the quantitative assessment of chromatin loop relaxation required for nucleosomal destabilization, and by comparative analyses of the intercalator and salt induced release from the nucleosomes of different histones. The accuracy of the assay allowed us to observe examples of strict association between nucleosome stability and PTMs across cell types, differentiation state and throughout the cell-cycle in close to native chromatin context, and resolve ambiguities regarding the destabilizing effect of H2A.X phosphorylation. The advantages of the in situ measuring scenario are demonstrated via the marked effect of DNA nicking on histone eviction that underscores the powerful potential of topological relaxation in the epigenetic regulation of DNA accessibility.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Fluorescence imaging
Nuclear organization
Epigenetics
Molekuláris Medicina
Megjelenés:Scientific Reports. - 7 : 1 (2017), p. 1-15. -
További szerzők:Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Fenyőfalvi György Nánási Péter Pál ifj. (1987-) (sejtbiológus) Firouzi Niaki, Erfaneh Hegedűs Éva (1978-) (biofizikus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Weyemi, Urbain Mauser, Rebekka Ausio, Juan Jeltsch, Albert Bonner, William Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Kimura, Hiroshi Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Pályázati támogatás:K72762
OTKA
NK101337
OTKA
TÁMOP-4.2.2-08/1-2008-0015
TÁMOP
TÁMOP-4.2.1/B-09/1/KONV-2010-0007
TÁMOP
I. ABC transzporterek; II. Magasabbrendű kromatinszerkezet
TÁMOP 4.2.2.A- 11/1/KONV-2012-0023 "VÉD-ELEM
TÁMOP
TÁMOP 4.2.4. A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00044
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

10.

001-es BibID:BIBFORM106917
035-os BibID:(scopus)85122678136 (wos)000835989700001 (cikkazonosító)e20210420
Első szerző:Patsalos, Andreas
Cím:A growth factor-expressing macrophage subpopulation orchestrates regenerative inflammation via GDF-15 / Patsalos Andreas, Halasz Laszlo, Medina-Serpas Miguel A., Berger Wilhelm K., Daniel Bence, Tzerpos Petros, Kiss Máté, Nagy Gergely, Fischer Cornelius, Simandi Zoltan, Varga Tamas, Nagy Laszlo
Dátum:2022
ISSN:0022-1007 1540-9538
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Journal Of Experimental Medicine. - 219 : 1 (2022), p. 1-38. -
További szerzők:Halász László (1989-) (molekuláris biológus) Medina-Serpas, Miguel A. Berger, Wilhelm K. Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Tzerpos, Petros (1982-) (molekuláris biológus) Kiss Máté Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Fischer, Cornelius Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Varga Tamás (1971-) (biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:OTKA PD12484
OTKA
UNKP-19-4-DE-17
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

11.

001-es BibID:BIBFORM075083
035-os BibID:(cikkazonosító)e12815 (WoS)000445599100011 (Scopus)85050379041
Első szerző:Patsalos, Andreas
Cím:In vivo GDF3 administration abrogates aging related muscle regeneration delay following acute sterile injury / Patsalos Andreas, Simandi Zoltan, Hays Tristan T., Peloquin Matthew, Hajian Matine, Restrepo Isabella, Coen Paul M., Russell Alan J., Nagy Laszlo
Dátum:2018
ISSN:1474-9718 1474-9726
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Aging Cell. - 17 : 5 (2018), p. 1-6. -
További szerzők:Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Hays, Tristan T. Peloquin, Matthew Hajian, Matine Restrepo, Isabella Coen, Paul M. Russell, Alan J. Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:K100196
OTKA
K111941
OTKA
K116855
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

12.

001-es BibID:BIBFORM075780
035-os BibID:(WoS)000442995700011 (Scopus)85052649921
Első szerző:Simándi Zoltán (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus)
Cím:Arginine Methyltransferase PRMT8 Provides Cellular Stress Tolerance in Aging Motoneurons / Zoltan Simandi, Krisztian Pajer, Katalin Karolyi, Tatiana Sieler, Lu-Lin Jiang, Zsuzsanna Kolostyak, Zsanett Sari, Zoltan Fekecs, Attila Pap, Andreas Patsalos, Gerardo Alvarado Contreras, Balint Reho, Zoltan Papp, Xiufang Guo, Attila Horvath, Greta Kiss, Zsolt Keresztessy, György Vámosi, James Hickman, Huaxi Xu, Dorothee Dormann, Tibor Hortobagyi, Miklos Antal, Antal Nógrádi, Laszlo Nagy
Dátum:2018
Tárgyszavak:idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:The Journal of neuroscience. - 38 : 35 (2018), p. 7683-7700. -
További szerzők:Pájer Krisztián Károlyi Katalin Sieler, Tatiana Jiang, Lu-Lin Kolostyák Zsuzsanna Sári Zsanett (1991-) (klinikai laboratóriumi kutató) Fekecs Zoltán Pap Attila (1980-) (biológus) Patsalos, Andreas Contreras, Gerardo Alvarado (1978-) (orvos) Rehó Bálint (1992-) Papp Zoltán (1965-) (kardiológus, élettanász) Guo, Xiufang Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Kiss Gréta Keresztessy Zsolt Vámosi György (1967-) (biofizikus) Hickman, James Xu, Huaxi Dormann, Dorothee Hortobágyi Tibor (1965-) (patológus) Antal Miklós (1951-) (orvos, anatómus) Nógrádi Antal Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00043
GINOP
116855
OTKA
124298
OTKA
126885
OTKA
TAMOP 422_2012_0023 VÉD-ELEM
TÁMOP
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Szerző által megadott URL
DOI
Borító:
Rekordok letöltése1 2