Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM072110
035-os BibID:	(WoS)000422751600012 (Scopus)85044680054 (PubMed)29343442
Első szerző:	Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:	The Transcription Factor STAT6 Mediates Direct Repression of Inflammatory Enhancers and Limits Activation of Alternatively Polarized Macrophages / Czimmerer Zsolt, Daniel Bence, Horvath Attila, Rückerl Dominik, Nagy Gergely, Kiss Mate, Peloquin Matthew, Budai Marietta M., Cuaranta-Monroy Ixchelt, Simandi Zoltan, Steiner Laszlo, Nagy Bela, Poliska Szilard, Banko Csaba, Bacso Zsolt, Schulman Ira G., Sauer Sascha, Deleuze Jean-Francois, Allen Judith E., Benko Szilvia, Nagy Laszlo
Dátum:	2018
ISSN:	1074-7613
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Immunity. - 48 : 1 (2018), p. 75-90. -
További szerzők:	Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Rückerl, Dominik Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Kiss Máté Peloquin, Matthew Budai Marietta Margit (1985-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Steiner László Nagy Béla Jr. (1980-) (labordiagnosztikai szakorvos) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Bankó Csaba (1989-) (molekuláris biológus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Schulman, Ira G. Sauer, Sascha Deleuze, Jean-Francois Allen, Judith E. Benkő Szilvia (1973-) (molekuláris biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:	K100196 OTKA K111941 OTKA K116855 OTKA K109429 OTKA TÁMOP 4.2.4. A/2-11-1-2012-0001 TÁMOP
Internet cím:	DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM077627
035-os BibID:	(WoS)000467964800013 (Scopus)85064477457
Első szerző:	Horváth Attila (programtervező informatikus)
Cím:	Labelled regulatory elements are pervasive features of the macrophage genome and are dynamically utilized by classical and alternative polarization signals / Attila Horvath, Bence Daniel, Lajos Szeles, Ixchelt Cuaranta-Monroy, Zsolt Czimmerer, Lilla Ozgyin, Laszlo Steiner, Mate Kiss, Zoltan Simandi, Szilard Poliska, Nikolas Giannakis, Emanuele Raineri, Ivo G. Gut, Benedek Nagy, Laszlo Nagy
Dátum:	2019
ISSN:	0305-1048 1362-4962
Megjegyzések:	The concept of tissue-specific gene expression posits that lineage-determining transcription factors (LDTFs) determine the open chromatin profile of a cell via collaborative binding, providing molecular beacons to signal-dependent transcription factors (SDTFs). However, the guiding principles of LDTF binding, chromatin accessibility and enhancer activity have not yet been systematically evaluated. We sought to study these features of the macrophage genome by the combination of experimental (ChIP-seq, ATAC-seq and GRO-seq) and computational approaches. We show that Random Forest and Support Vector Regression machine learning methods can accurately predict chromatin accessibility using the binding patterns of the LDTF PU.1 and four other key TFs of macrophages (IRF8, JUNB, CEBPA and RUNX1). Any of these TFs alone were not sufficient to predict open chromatin, indicating that TF binding is widespread at closed or weakly opened chromatin regions. Analysis of the PU.1 cistrome revealed that two-thirds of PU.1 binding occurs at low accessible chromatin. We termed these sites labelled regulatory elements (LREs), which may represent a dormant state of a future enhancer and contribute to macrophage cellular plasticity. Collectively, our work demonstrates the existence of LREs occupied by various key TFs, regulating specific gene expression programs triggered by divergent macrophage polarizing stimuli.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Nucleic Acids Research. - 47 : 6 (2019), p. 2778-2792. -
További szerzők:	Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Széles Lajos (1971-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Ozgyin Lilla (1989-) (molekuláris biológus) Steiner László Kiss Máté Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Giannakis, Nikolas Raineri, Emanuele Gut, Ivo G. Nagy Benedek (1973-) (informatikus, matematikus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:	NKFIH K116855 NKFIH NKFIH K124298 NKFIH NKFIH KH126885 NKFIH GINOP-2.3.2-15-2016-00006 GINOP GINOP-2.1.7-15-2016-01487 GINOP
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM106917
035-os BibID:	(scopus)85122678136 (wos)000835989700001 (cikkazonosító)e20210420
Első szerző:	Patsalos, Andreas
Cím:	A growth factor-expressing macrophage subpopulation orchestrates regenerative inflammation via GDF-15 / Patsalos Andreas, Halasz Laszlo, Medina-Serpas Miguel A., Berger Wilhelm K., Daniel Bence, Tzerpos Petros, Kiss Máté, Nagy Gergely, Fischer Cornelius, Simandi Zoltan, Varga Tamas, Nagy Laszlo
Dátum:	2022
ISSN:	0022-1007 1540-9538
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Journal Of Experimental Medicine. - 219 : 1 (2022), p. 1-38. -
További szerzők:	Halász László (1989-) (molekuláris biológus) Medina-Serpas, Miguel A. Berger, Wilhelm K. Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Tzerpos, Petros (1982-) (molekuláris biológus) Kiss Máté Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Fischer, Cornelius Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Varga Tamás (1971-) (biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:	OTKA PD12484 OTKA UNKP-19-4-DE-17 Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: