Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM079797
035-os BibID:	(cikkazonosító)398 (WoS)000475910500002 (Scopus)85069472612
Első szerző:	Csősz Éva (biokémikus, molekuláris biológus)
Cím:	Analysis of networks of host proteins in the early time points following HIV transduction / Éva Csősz, Ferenc Tóth, Mohamed Mahdi, George Tsaprailis, Miklós Emri, József Tőzsér
Dátum:	2019
ISSN:	1471-2105
Megjegyzések:	Background: Utilization of quantitative proteomics data on the network level is still a challenge in proteomics data analysis. Currently existing models use sophisticated, sometimes hard to implement analysis techniques. Our aim was to generate a relatively simple strategy for quantitative proteomics data analysis in order to utilize as much of the data generated in a proteomics experiment as possible. Results: In this study, we applied label-free proteomics, and generated a network model utilizing both qualitative, and quantitative data, in order to examine the early host response to Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1). A weighted network model was generated based on the amount of proteins measured by mass spectrometry, and analysis of weighted networks and functional sub-networks revealed upregulation of proteins involved in translation, transcription, and DNA condensation in the early phase of the viral life-cycle. Conclusion: A relatively simple strategy for network analysis was created and applied to examine the effect of HIV-1 on host cellular proteome. We believe that our model may prove beneficial in creating algorithms, allowing for both quantitative and qualitative studies of proteome change in various biological and pathological processes by quantitative mass spectrometry.
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk weighted network quantitative proteomics host response HIV-1
Megjelenés:	Bmc Bioinformatics. - 20 (2019), p. 1-18. -
További szerzők:	Tóth Ferenc (1980-) (molekuláris biológus) Mahdi, Mohamed (1979-) (orvos, tudományos segédmunkatárs) Tsaprailis, George Emri Miklós (1962-) (fizikus) Tőzsér József (1959-) (molekuláris biológus, biokémikus, vegyész)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.3-15-2016-00020 GINOP Bolyai János Kutatói Ösztöndíj MTA Felsőoktatási Intézményi Kiválósági Program Egyéb NKFI-6, 125238 Egyéb NIEHS - ES06694 Egyéb NIH/NCI - CA023074 Egyéb NIH/NCRR - 1S10 RR028868-01 Egyéb
Internet cím:	Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat DOI
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM117816
035-os BibID:	(cikkazonosító)380 (wos)001140375300001 (scopus)85181923454
Első szerző:	Linkner Tamás Richárd
Cím:	Comparative Analysis of Differential Cellular Transcriptome and Proteome Regulation by HIV-1 and HIV-2 Pseudovirions in the Early Phase of Infection / Linkner Tamás Richárd, Ambrus Viktor, Kunkli Balázs, Szojka Zsófia Ilona, Kalló Gergő, Csősz Éva, Kumar Ajneesh, Emri Miklós, Tőzsér József, Mahdi Mohamed
Dátum:	2024
ISSN:	1422-0067
Megjegyzések:	In spite of the similar structural and genomic organization of human immunodeficiency viruses type 1 and 2 (HIV-1 and HIV-2), striking differences exist between them in terms of replication dynamics and clinical manifestation of infection. Although the pathomechanism of HIV-1 infection is well characterized, relatively few data are available regarding HIV-2 viral replication and its interaction with host-cell proteins during the early phase of infection. We utilized proteo-transcriptomic analyses to determine differential genome expression and proteomic changes induced by transduction with HIV-1/2 pseudovirions during 8, 12 and 26 h time-points in HEK-293T cells. We show that alteration in the cellular milieu was indeed different between the two pseudovirions. The significantly higher number of genes altered by HIV-2 in the first two time-points suggests a more diverse yet subtle effect on the host cell, preparing the infected cell for integration and latency. On the other hand, GO analysis showed that, while HIV-1 induced cellular oxidative stress and had a greater effect on cellular metabolism, HIV-2 mostly affected genes involved in cell adhesion, extracellular matrix organization or cellular differentiation. Proteomics analysis revealed that HIV-2 significantly downregulated the expression of proteins involved in mRNA processing and translation. Meanwhile, HIV-1 influenced the cellular level of translation initiation factors and chaperones. Our study provides insight into the understudied replication cycle of HIV-2 and enriches our knowledge about the use of HIV-based lentiviral vectors in general.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	International Journal Of Molecular Sciences. - 25 : 1 (2024), p. 1-26. -
További szerzők:	Ambrus Viktor Attila (1989-) (biotechnológus) Kunkli Balázs Szojka Zsófia (1991-) (molekuláris biológus) Kalló Gergő (1989-) (molekuláris biológus) Csősz Éva (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Kumar, Ajneesh (1994-) (bioinformatikus) Emri Miklós (1962-) (fizikus) Tőzsér József (1959-) (molekuláris biológus, biokémikus, vegyész) Mahdi, Mohamed (1979-) (orvos, tudományos segédmunkatárs)
Pályázati támogatás:	NKFI 125238 NKFIH TKP2020-IKA-04 Egyéb GINOP-2.3.3-15-2016-00020 GINOP TKP2021-EGA-20 Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM098287
035-os BibID:	(cikkazonosító)2207 (WoS)000727558700001 (Scopus)85117590051
Első szerző:	Linkner Tamás Richárd
Cím:	Cellular Proteo-Transcriptomic Changes in the Immediate Early-Phase of Lentiviral Transduction / Linkner Tamás Richárd, Ambrus Viktor, Kunkli Balázs, Szojka Zsófia Ilona, Kalló Gergő, Csősz Éva, Kumar Ajneesh, Emri Miklós, Tőzsér József, Mahdi Mohamed
Dátum:	2021
ISSN:	2076-2607
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Microorganisms. - 9 : 11 (2021), p. 1-21. -
További szerzők:	Ambrus Viktor Attila (1989-) (biotechnológus) Kunkli Balázs Szojka Zsófia (1991-) (molekuláris biológus) Kalló Gergő (1989-) (molekuláris biológus) Csősz Éva (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Kumar, Ajneesh (1994-) (bioinformatikus) Emri Miklós (1962-) (fizikus) Tőzsér József (1959-) (molekuláris biológus, biokémikus, vegyész) Mahdi, Mohamed (1979-) (orvos, tudományos segédmunkatárs)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.3-15-2016-00020 GINOP TKP2020-IKA-04 Egyéb NKFI 125238 NKFIH
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: