Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM082447
Első szerző:	Tüű-Szabó Boldizsár
Cím:	Altered dynamics may drift pathological fibrillization in membraneless organelles / B. Tüű-Szabó, G. Hoffka, N. Duro, M. Fuxreiter
Dátum:	2019
ISSN:	1570-9639
Megjegyzések:	Protein phase transition can generate non-membrane bound cellular compartments, which can convert from liquid-like to solid-like states. While the molecular driving forces of phase separation have been largely understood, much less is known about the mechanisms of material-state conversion. We apply a recently developed algorithm to describe the weak interaction network of multivalent motifs, and simulate the effect of pathological mutations. We demonstrate that linker dynamics is critical to the material-state of biomolecular condensates. We show that linker flexibility/mobility is a major regulator of the weak, heterogeneous meshwork of multivalent motifs, which promotes phase transition and maintains a liquid-like state. Decreasing linker dynamics increases the propensity of amyloid-like fragments via hampering the motif-exchange and reorganization of the weak interaction network. In contrast, increasing linker mobility may compensate rigidifying mutations, suggesting that the meshwork of weak, variable interactions may provide a rescue mechanism from aggregation. Motif affinity, on the other hand, has a moderate impact on fibrillization. Here we demonstrate that the fuzzy framework provides an efficient approach to handle the intricate organization of membraneless organelles, and could also be applicable to screen for pathological effects of mutations.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk Matematikai és természettudományok - Kémiai tudományok
Megjelenés:	Biochimica et Biophysica Acta (BBA). Proteins and Proteomics. - 1867 : 10 (2019), p. 988-998. -
További szerzők:	Hoffka Gyula (1992-) (vegyész) Duró Norbert (1990-) (biotechnológus) Fuxreiter Mónika (1969-) (kutató vegyész)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.2-15-2016-00044 GINOP MTA-DE Lendület MTA Fehérjedinamikai Kutatócsoport
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM076888
035-os BibID:	(cikkazonosító)e6360846 (WoS)000454108900001 (Scopus)85056651610
Első szerző:	Tüű-Szabó Boldizsár
Cím:	Simulations of Higher-Order Protein Organizations Using a Fuzzy Framework / B. Tüű-Szabó, L. T. Kóczy, M. Fuxreiter
Dátum:	2018
ISSN:	1076-2787
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Complexity. - 2018 (2018), p. 1-11. -
További szerzők:	Kóczy László Fuxreiter Mónika (1969-) (kutató vegyész)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.2-15-2016-00044 GINOP NKFIH K108405 NKFIH NKFIH K124055 NKFIH
Internet cím:	DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM073130
035-os BibID:	(cikkazonosító)6360846
Első szerző:	Tüű-Szabó Boldizsár
Cím:	Simulations of higher-order protein assemblies using a fuzzy framework / B. Tüű-Szabó, L. Kóczy, M. Fuxreiter
Dátum:	2018
Megjegyzések:	Spatiotemporal regulation of the biochemical information is often linked to supramolecular organizations proteins and nucleic acids, which generate membraneless cellular organelles. Owing to difficulties in high-resolution structuralstudies, the driving forces of assembling these low-complexity polymers have yet to be elucidated. Polymer physics approaches captured the experimentally demonstrated critical role of binding element multivalency and highlighted the importance of linker solvation. Here we present a simulation method based on a fuzzy mathematical framework. This approach is suitable to handle the heterogeneity of interactions pattern generated by redundant binding motifs and the resulted multiplicity of conformational states. Using a hypothetical polymer, fuzzy simulations recapitulate the experimental observations on valency-dependence and are more efficient than the one-to-one binding model. Systematic studies on binding element affinity and linker dynamics demonstrate that these two factors present alternative scenarios to promote polymerization: stronger binding result in more ordered states, whereas increasing dynamics contributes to heterogeneity and a more favorable entropy of the assembly. We propose that the fuzzy framework could be employed to characterize/predict mutations leading to pathological aggregates.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:	BioRxiv. - 2018 (2018), p. 1-10. -
További szerzők:	Kóczy László Fuxreiter Mónika (1969-) (kutató vegyész)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.2-15-2016-00044 GINOP
Internet cím:	Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat DOI Szerző által megadott URL
Borító:
Saját polcon: