CCL

Összesen 5 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM056299
Első szerző:Gór Balázs
Cím:A Novel High Accuracy Algorithm for Reference Assembly in Colour Space / Balazs Gor, Anett Balla, Edit Tukacs, Istvan Nagy, Zsolt Torok
Dátum:2012
Megjegyzések:Although numerous algorithms exist for genome alignment using Next Generation Sequencingtags, assembly of colour coded reads remains a challenge. We present a novel pairwisesequence aligner algorithm derived from Smith-Waterman method. Original feature of thealgorithm is that it translates the reference sequence into colour code and performs the alignmentin colour space. While operating on this base it can prevent most read error-derived assemblyerrors. Based on dynamic programming it gives the optimal alignment in colour space. Further,validation on empirical dataset with capillary sequencing proved high mapping accuracy. We canalso conclude that the novel algorithm provides performance comparable with the currentlyavailable solutions. The algorithm can be implemented into any reference assembly softwarethereby improving mapping accuracy while maintaining high speed mapping.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Sequencing
Bioinformatics
Assembly
Smith-Waterman
Reference Assembly
Colour Space Code
Algorithm
Next Generation Sequencing
Megjelenés:International Journal of Biometrics and Bioinformatics (IJBB). - 6 : 4 (2012), p. 92-104.
További szerzők:Balla Anett Tukacs Edit Nagy István Török Zsolt (1975-) (orvos)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM056298
Első szerző:Laczik Miklós (bioinformatikus/molekuláris biológus)
Cím:Geno viewer, a SAM/BAM viewer tool / Miklós Laczik, Edit Tukacs, Béla Uzonyi, Bálint Domokos, Zsolt Doma, Máté Kiss, Attila Horváth, Zoltán Batta, Zsuzsanna Maros-Szabó, Zsolt Török
Dátum:2012
Megjegyzések:The ever evolving Next Generation Sequencing technology is calling for new and innovative ways of data processing andvisualization. Following a detailed survey of the current needs of researchers and service providers, the authors have developedGenoViewer: a highly user-friendly, easy-to-operate SAM/BAM viewer and aligner tool. GenoViewer enables fast and efficientNGS assembly browsing, analysis and read mapping. It is highly customized, making it suitable for a wide range of NGS relatedtasks. Due to its relatively simple architecture, it is easy to add specialised visualization functionalities, facilitating furthercustomised data analysis. The software's source code is freely available; it is open for project and task-specific modifications.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
NGS
Sequencing
genom viewer
Megjelenés:Bioinformation [electronic resource]. - 8 : 2 (2012), p. 107-109. -
További szerzők:Tukacs Edit Uzonyi Béla Domokos Bálint (1974-) (programtervező matematikus) Doma Zsolt Kiss Máté Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Batta Zoltán Maros-Szabó Zsuzsanna (1978-) Török Zsolt (1975-) (orvos)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM061856
Első szerző:Török Zsolt (orvos)
Cím:Combined Methods for Diabetic Retinopathy Screening, Using Retina Photographs and Tear Fluid Proteomics Biomarkers / Torok Zsolt, Peto Tunde, Csosz Eva, Tukacs Edit, Molnar Agnes M., Berta Andras, Tozser Jozsef, Hajdu Andras, Nagy Valeria, Domokos Balint, Csutak Adrienne
Dátum:2015
ISSN:2314-6745 2314-6753
Megjegyzések:Background. It is estimated that 347 million people suffer from diabetes mellitus (DM), and almost 5 million are blind due to diabetic retinopathy (DR). The progression of DR can be slowed down with early diagnosis and treatment. Therefore our aim was to develop a novel automated method for DR screening. Methods. 52 patients with diabetes mellitus were enrolled into the project. Of all patients, 39 had signs of DR. Digital retina images and tear fluid samples were taken from each eye. The results from the tear fluid proteomics analysis and from digital microaneurysm (MA) detection on fundus images were used as the input of a machine learning system. Results. MA detection method alone resulted in 0.84 sensitivity and 0.81 specificity. Using the proteomics data for analysis 0.87 sensitivity and 0.68 specificity values were achieved. The combined data analysis integrated the features of the proteomics data along with the number of detected MAs in the associated image and achieved sensitivity/specificity values of 0.93/0.78. Conclusions. As the two different types of data represent independent and complementary information on the outcome, the combined model resulted in a reliable screening method that is comparable to the requirements of DR screening programs applied in clinical routine.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Diabetic Retinopathy
Retina Photographs
Tear Fluid Proteomics
Jövő Internet Kutatáskoordinációs Központ
Megjelenés:Journal of Diabetes Research. - 2015 (2015), p. 1-8. -
További szerzők:Pető Tünde (1970-) (orvos, szemész) Csősz Éva (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Tukacs Edit Molnár Ágnes (1978-) (egészségpolitikus) Berta András (1955-) (szemész, gyermekszemész) Tőzsér József (1959-) (molekuláris biológus, biokémikus, vegyész) Hajdu András (1973-) (matematikus, informatikus) Nagy Valéria (1962-) (szemész) Domokos Bálint (1974-) (programtervező matematikus) Csutak Adrienne (1971-) (szemész)
Pályázati támogatás:NK101680
OTKA
TÁMOP-4.2.2.A-11/1/KONV-2012-0045
TÁMOP
Proteomika, Szemészet Kutatócsoport
TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0001
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM047533
Első szerző:Török Zsolt (orvos)
Cím:Tear fluid proteomics multimarkers for diabetic retinopathy screening / Zsolt Torok, Tunde Peto, Eva Csosz, Edit Tukacs, Agnes Molnar, Zsuzsanna Maros-Szabo, Andras Berta, Jozsef Tozser, Andras Hajdu, Valeria Nagy, Balint Domokos, Adrienne Csutak
Dátum:2013
ISSN:1471-2415
Tárgyszavak:Műszaki tudományok Informatikai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Testreszabható tartalomkezelő eljárások
Megjelenés:BMC Ophthalmology [elektronic resources]. - 13 : 1 (2013), p. 1-8. -
További szerzők:Pető Tünde (1970-) (orvos, szemész) Csősz Éva (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Tukacs Edit Molnár Ágnes (1978-) (egészségpolitikus) Maros-Szabó Zsuzsanna (1978-) Berta András (1955-) (szemész, gyermekszemész) Tőzsér József (1959-) (molekuláris biológus, biokémikus, vegyész) Hajdu András (1973-) (matematikus, informatikus) Nagy Valéria (1962-) (szemész) Domokos Bálint (1974-) (programtervező matematikus) Csutak Adrienne (1971-) (szemész)
Pályázati támogatás:TÁMOP-4.2.2.A-11/1/KONV-2012-0045
TÁMOP
Proteomika, Szemészet Kutatócsoport
TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0001
TÁMOP
Nagy mennyiségű adat testreszabható, hatékony felhasználása
NK101680
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Open Access
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM039382
Első szerző:Tukacs Edit
Cím:Model requirements for Biobank Software Systems / Edit Tukacs, Agnes Korotij, Zsuzsanna Maros-Szabo, Agnes Marta Molnar, Andras Hajdu, Zsolt Torok
Dátum:2012
ISSN:0973-8894
Tárgyszavak:Természettudományok Matematika- és számítástudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Bioinformation. - 8 : 6 (2012), p. 290-292. -
További szerzők:Korotij Ágnes Maros-Szabó Zsuzsanna (1978-) Molnár Ágnes (1978-) (egészségpolitikus) Hajdu András (1973-) (matematikus, informatikus) Török Zsolt (1975-) (orvos)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1