Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM117816
035-os BibID:	(cikkazonosító)380 (wos)001140375300001 (scopus)85181923454
Első szerző:	Linkner Tamás Richárd
Cím:	Comparative Analysis of Differential Cellular Transcriptome and Proteome Regulation by HIV-1 and HIV-2 Pseudovirions in the Early Phase of Infection / Linkner Tamás Richárd, Ambrus Viktor, Kunkli Balázs, Szojka Zsófia Ilona, Kalló Gergő, Csősz Éva, Kumar Ajneesh, Emri Miklós, Tőzsér József, Mahdi Mohamed
Dátum:	2024
ISSN:	1422-0067
Megjegyzések:	In spite of the similar structural and genomic organization of human immunodeficiency viruses type 1 and 2 (HIV-1 and HIV-2), striking differences exist between them in terms of replication dynamics and clinical manifestation of infection. Although the pathomechanism of HIV-1 infection is well characterized, relatively few data are available regarding HIV-2 viral replication and its interaction with host-cell proteins during the early phase of infection. We utilized proteo-transcriptomic analyses to determine differential genome expression and proteomic changes induced by transduction with HIV-1/2 pseudovirions during 8, 12 and 26 h time-points in HEK-293T cells. We show that alteration in the cellular milieu was indeed different between the two pseudovirions. The significantly higher number of genes altered by HIV-2 in the first two time-points suggests a more diverse yet subtle effect on the host cell, preparing the infected cell for integration and latency. On the other hand, GO analysis showed that, while HIV-1 induced cellular oxidative stress and had a greater effect on cellular metabolism, HIV-2 mostly affected genes involved in cell adhesion, extracellular matrix organization or cellular differentiation. Proteomics analysis revealed that HIV-2 significantly downregulated the expression of proteins involved in mRNA processing and translation. Meanwhile, HIV-1 influenced the cellular level of translation initiation factors and chaperones. Our study provides insight into the understudied replication cycle of HIV-2 and enriches our knowledge about the use of HIV-based lentiviral vectors in general.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	International Journal Of Molecular Sciences. - 25 : 1 (2024), p. 1-26. -
További szerzők:	Ambrus Viktor Attila (1989-) (biotechnológus) Kunkli Balázs Szojka Zsófia (1991-) (molekuláris biológus) Kalló Gergő (1989-) (molekuláris biológus) Csősz Éva (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Kumar, Ajneesh (1994-) (bioinformatikus) Emri Miklós (1962-) (fizikus) Tőzsér József (1959-) (molekuláris biológus, biokémikus, vegyész) Mahdi, Mohamed (1979-) (orvos, tudományos segédmunkatárs)
Pályázati támogatás:	NKFI 125238 NKFIH TKP2020-IKA-04 Egyéb GINOP-2.3.3-15-2016-00020 GINOP TKP2021-EGA-20 Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM098287
035-os BibID:	(cikkazonosító)2207 (WoS)000727558700001 (Scopus)85117590051
Első szerző:	Linkner Tamás Richárd
Cím:	Cellular Proteo-Transcriptomic Changes in the Immediate Early-Phase of Lentiviral Transduction / Linkner Tamás Richárd, Ambrus Viktor, Kunkli Balázs, Szojka Zsófia Ilona, Kalló Gergő, Csősz Éva, Kumar Ajneesh, Emri Miklós, Tőzsér József, Mahdi Mohamed
Dátum:	2021
ISSN:	2076-2607
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Microorganisms. - 9 : 11 (2021), p. 1-21. -
További szerzők:	Ambrus Viktor Attila (1989-) (biotechnológus) Kunkli Balázs Szojka Zsófia (1991-) (molekuláris biológus) Kalló Gergő (1989-) (molekuláris biológus) Csősz Éva (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Kumar, Ajneesh (1994-) (bioinformatikus) Emri Miklós (1962-) (fizikus) Tőzsér József (1959-) (molekuláris biológus, biokémikus, vegyész) Mahdi, Mohamed (1979-) (orvos, tudományos segédmunkatárs)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.3-15-2016-00020 GINOP TKP2020-IKA-04 Egyéb NKFI 125238 NKFIH
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM108752
035-os BibID:	(cikkazonosító)3236 (Scopus)85148962397 (WoS)000938549700001
Első szerző:	Miltner Noémi (molekuláris biológus)
Cím:	Identification of SARS-CoV-2 Main Protease (Mpro) Cleavage Sites Using Two-Dimensional Electrophoresis and In Silico Cleavage Site Prediction / Noémi Miltner, Gergő Kalló, Éva Csősz, Márió Miczi, Tibor Nagy, Mohamed Mahdi, János András Mótyán, József Tőzsér
Dátum:	2023
ISSN:	1422-0067
Megjegyzések:	The main protease (Mpro) of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) plays a crucial role in its life cycle. The Mpro-mediated limited proteolysis of the viral polyproteins is necessary for the replication of the virus, and cleavage of the host proteins of the infected cells may also contribute to viral pathogenesis, such as evading the immune responses or triggering cell toxicity. Therefore, the identification of host substrates of the viral protease is of special interest. To identify cleavage sites in cellular substrates of SARS-CoV-2 Mpro, we determined changes in the HEK293T cellular proteome upon expression of the Mpro using two-dimensional gel electrophoresis. The candidate cellular substrates of Mpro were identified by mass spectrometry, and then potential cleavage sites were predicted in silico using NetCorona 1.0 and 3CLP web servers. The existence of the predicted cleavage sites was investigated by in vitro cleavage reactions using recombinant protein substrates containing the candidate target sequences, followed by the determination of cleavage positions using mass spectrometry. Unknown and previously described SARS-CoV-2 Mpro cleavage sites and cellular substrates were also identified. Identification of target sequences is important to understand the specificity of the enzyme, as well as aiding the improvement and development of computational methods for cleavage site prediction.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk coronavirus SARS-CoV-2 main protease Mpro COVID-19 two-dimensional gel electrophoresis cleavage site identification cleavage site prediction protease host protein cleavage specificity
Megjelenés:	International Journal Of Molecular Sciences. - 24 : 4 (2023), p. 1-19. -
További szerzők:	Kalló Gergő (1989-) (molekuláris biológus) Csősz Éva (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Miczi Márió Nagy Tibor (1988-) (vegyész) Mahdi, Mohamed (1979-) (orvos, tudományos segédmunkatárs) Mótyán János András (1981-) (biokémikus, molekuláris biológus) Tőzsér József (1959-) (molekuláris biológus, biokémikus, vegyész)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.3-15-2016-00020 GINOP GINOP-2.3.3-15-2016-00021 GINOP
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: