CCL

Összesen 2 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM116823
Első szerző:Csősz Éva (biokémikus, molekuláris biológus)
Cím:Bevezetés a proteomikába : a fehérjék korszerű vizsgálata / Csősz Éva, Darula Zsuzsanna, Drahos László, Emri Miklós, Hunyadi-Gulyás Éva, Janáky Tamás, Juhász Gábor, Kalló Gergő, Kékesi Adrienna Katalin, Klement Éva, Márk László, Medzihradszky F. Katalin, Pettkó-Szandtner Aladár, Révész Ágnes, Schlosser Gitta, Szabó Zoltán, Tóth Gábor, Turiák Lilla
Dátum:2023
Megjelenés:Budapest : Semmelweis Egyetem, 2023
Terjedelem:201 p.
ISBN:978-963-331-600-9
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok monográfia
könyv
További szerzők:Darula Zsuzsanna Drahos László Emri Miklós (1962-) (fizikus) Hunyadi-Gulyás Éva Janáky Tamás Juhász Gábor (ELTE) Kalló Gergő (1989-) (molekuláris biológus) Kékesi Katalin Adrienna Klement Éva Márk László (1956-) (belgyógyász, kardiológus) Medzihradszky-Fölkl Katalin Pettkó-Szandtner Aladár Révész Ágnes Schlosser Gitta Szabó Zoltán (orvos, Szeged) Tóth Gábor Turiák Lilla
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
DOI
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM090030
Első szerző:Révész Ágnes
Cím:Tailoring to Search Engines : bottom-Up Proteomics with Collision Energies Optimized for Identification Confidence / Ágnes Révész, Márton Gyula Milley, Kinga Nagy, Dániel Szabó, Gergő Kalló, Éva Csősz, Károly Vékey, László Drahos
Dátum:2021
ISSN:1535-3893
Megjegyzések:Bottom-up proteomics relies on identification of peptides from tandem mass spectra, usually via matching against sequence databases. Confidence in a peptide-spectrum match can be characterized by a score value given by the database search engines, and it depends on the information content and the quality of the spectrum. The latter are influenced by experimental parameters, of which the collision energy is the most important one in the case of collision-induced dissociation. We examined how the identification score of the Byonic and Andromeda (MaxQuant) engines varies with collision energy for more than a thousand individual peptides from a HeLa tryptic digest on a QTof instrument. We thereby extended our earlier study on Mascot scores and corroborated its findings on the potential bimodal nature of this energy dependence. Optimal energies as a function of m/z show comparable linear trends for the three engines. On the basis of peptide-level results, we designed methods with one or two liquid chromatography-tandem mass spectrometry (LC-MS/MS) runs and various collision energy settings and assessed their practical performance in peptide and protein identification from the HeLa standard sample. A 10-40% gain in various measures, such as the number of identified proteins or sequence coverage, was obtained over the factory default settings. Best performing methods differ for the three engines, suggesting that the experimental parameters should be fine-tuned to the choice of the engine. We also recommend a simple approach and provide reference data to ease the transfer of the optimized methods to other mass spectrometers relevant for proteomics. We demonstrate the utility of this approach on an Orbitrap instrument. Data sets can be accessed via the MassIVE repository (MSV000086379).
Tárgyszavak:Természettudományok Kémiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
bottom-up proteomics
collision energy optimization
database search
Megjelenés:Journal Of Proteome Research. - 20 : 1 (2021), p. 474-484. -
További szerzők:Milley Márton Gyula Nagy Kinga (1988-) (agrár) Szabó Dániel (1986-) (gépészmérnök) Kalló Gergő (1989-) (molekuláris biológus) Csősz Éva (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Vékey Károly Drahos László
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.3-15-2016-00020
GINOP
NKFIH PD-132135
Egyéb
NKFIH K 131762
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1