CCL

Összesen 3 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:bibEBI00026092
Első szerző:Karimi, Ramin (programtervező matematikus)
Cím:SRIdent : a novel pipeline for real-time identification of species from high-throughput sequencing reads in metagenomics and clinical diagnostic assays / Ramin Karimi, András Hajdu
Dátum:2015
Megjegyzések:New advances in rapid sequencing of large amounts of DNA have brought a great potential for the study of complex communities of microorganisms. One of the challenging problems is rapid identification of species from sequenced reads. Delays in the identification of pathogens are a barrier to the early diagnosis and proper treatment of infectious diseases. In this paper we proposed SRIdent (Short Read Identifier), an effective pipeline for real-time identification of species from high-throughput sequencing reads in Metagenomics and clinical diagnostic assays. This pipeline is based on generating k-mers from the short reads and searching the existence of DNA signatures in the Reads k-mers, by using Apache Hive datawarehousing. RkmerG (Read k-mers Generator) is a software program presented in this paper, for producing k-mers of the short reads, in order to use in the pipeline. The purpose of this study is to identify the species in a sample, directly from the reads without assembling and alignment.
Tárgyszavak:Természettudományok Matematika- és számítástudományok tanulmány, értekezés
DNA
Sequential analysis
Pipelines
Microorganisms
Genomics
Bioinformatics
Databases
Megjelenés:37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC), Milan, 2015. Proceedings. - p. 6481-6484
További szerzők:Hajdu András (1973-) (matematikus, informatikus)
Pályázati támogatás:OTKA-101680
OTKA
SROP-4.2.2.B-15/1/KONV-2015-0001
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM062791
035-os BibID:(WoS)000370576300001 (Scopus)84959359273
Első szerző:Karimi, Ramin (programtervező matematikus)
Cím:HTSFinder: Powerful pipeline of DNA signature discovery by parallel and distributed computing / Ramin Karimi, Andras Hajdu
Dátum:2016
ISSN:1176-9343
Tárgyszavak:Műszaki tudományok Informatikai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Bioinformatics
Metagenomics
Hadoop
Big Data
Testreszabható tartalomkezelő eljárások
Megjelenés:Evolutionary Bioinformatics. - 12 (2016), p. 73-85. -
További szerzők:Hajdu András (1973-) (matematikus, informatikus)
Pályázati támogatás:TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0001
TÁMOP
Nagy mennyiségű adat testreszabható, hatékony felhasználása
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM056563
Első szerző:Karimi, Ramin (programtervező matematikus)
Cím:BINOS4DNA: Bitmap indexes and NoSQL for identifying species with DNA signatures through metagenomics samples / Karimi Ramin, Bellatreche Ladjel, Girard Patrick, Boukorca Ahcene, Hajdu Andras
Dátum:2014
ISSN:0302-9743
ISBN:978-3-319-10265-8
Tárgyszavak:Műszaki tudományok Informatikai tudományok tanulmány, értekezés
Testreszabható tartalomkezelő eljárások
Megjelenés:Information Technology in Bio- and Medical Informatics : 5th International Conference, ITBAM 2014, Munich, Germany, September 2, 2014. Proceedings / Ed. Miroslav Bursa, Sami Khuri, M. Elena Renda. - p. 1-14. -
További szerzők:Bellatreche, Ladjel Girard, Patrick Boukorca, Ahcene Hajdu András (1973-) (matematikus, informatikus)
Pályázati támogatás:TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0001
TÁMOP
Nagy mennyiségű adat testreszabható, hatékony felhasználása
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
DOI
Borító:
Rekordok letöltése1