CCL

Összesen 4 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM082793
Első szerző:Balogh Gábor (gyógyszerész)
Cím:The mechanism of high affinity pentasaccharide binding to antithrombin, insights from Gaussian accelerated molecular dynamics simulations / Balogh Gábor, Komáromi István, Bereczky Zsuzsanna
Dátum:2020
ISSN:0739-1102
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Journal Of Biomolecular Structure & Dynamics. - 38 : 16 (2020), p. 4718-4732. -
További szerzők:Komáromi István (1957-) (vegyész, molekuláris biológus, biokémikus) Bereczky Zsuzsanna (1974-) (orvosi laboratóriumi diagnosztika szakorvos)
Pályázati támogatás:OTKA-106294
OTKA
OTKA-116228
OTKA
OTKA-120633
OTKA
GINOP-2.3.2-15-2016-00039
GINOP
GINOP-2.3.2-15-2016-00050
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM082275
035-os BibID:(PMID)31003576
Első szerző:Balogh Gábor (gyógyszerész)
Cím:First Step of the Transglutaminase Reaction Catalyzed by Activated Factor XIII Subunit A, Hybrid Quantum Chemistry/Molecular Mechanics Calculations / Gábor Balogh, László Muszbek, István Komáromi
Dátum:2019
ISSN:1520-6106
Megjegyzések:The A subunit of blood coagulation factor XIII belongs to the family of transglutaminase enzymes. Its active form (FXIIIa) catalyzes isopeptide bond formation between Glu and Lys residues of specific substrates. Little data are available on the mechanism of this reaction. In this work, the first step of the proposed two-step process was investigated using two different protocols of hybrid QM/molecular mechanics (MM) calculations: an ONIOM-based model as well as QM/MM/molecular dynamics (MD) metadynamics simulations in explicit TIP3P solvent with Gromacs, PLUMED, and a DFTB3 package. Based on calculations involving a truncated system derived from docking of a peptide substrate, our study confirms the higher stability of a zwitterionic form of the catalytic Cys and His residues in the Michaelis complex as well as the "resting" state of the enzyme. Potential energy surfaces, obtained by geometry optimizations with Gaussian, show a two-step reaction mechanism with a zwitterionic tetrahedral intermediate formation in the first and NH3 dissociation in the second step in the case of our ONIOM system. In contrast, in QM/MM MD metadynamics simulations, all three steps occurred in a concerted manner. As a conclusion, our model is able to provide insights into the reaction mechanism of this enzyme.
Tárgyszavak:idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Journal of Physical Chemistry B. - 123 : 18 (2019), p. 3887-3897. -
További szerzők:Muszbek László (1942-) (haematológus, kutató orvos) Komáromi István (1957-) (vegyész, molekuláris biológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00050
GINOP
OTKA-113097
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM071082
035-os BibID:(WoS)000418021500020 (Scopus)85034071656
Első szerző:Gindele Réka (molekuláris biológus)
Cím:Clinical and laboratory characteristics of antithrombin deficiencies : a large cohort study from a single diagnostic center / Gindele Réka, Selmeczi Anna, Oláh Zsolt, Ilonczai Péter, Pfliegler György, Marján Erzsébet, Nemes László, Nagy Ágnes, Losonczy Hajna, Mitic Gorana, Kovac Mirjana, Balogh Gábor, Komáromi István, Schlammadinger Ágota, Rázsó Katalin, Boda Zoltán, Muszbek László, Bereczky Zsuzsanna
Dátum:2017
ISSN:0049-3848
Megjegyzések:Abstract: Introduction: Inherited antithrombin (AT) deficiency is a heterogeneous disease. Due to low prevalence, only a few studies are available concerning genotype-phenotype associations. The aim was to describe the clinical, laboratory and genetic characteristics of AT deficiency in a large cohort including children and to add further laboratory data on the different sensitivity of functional AT assays. Patients and methods: Non-related AT deficient patients (n=156) and their family members (total n=246) were recruited. Clinical and laboratory data were collected, the mutation spectrum of SERPINC1 was described. Three different AT functional assays were explored. Results: Thirty-one SERPINC1 mutations including 11 novel ones and high mutation detection rate (98%) were detected. Heparin binding site deficiency (type IIHBS) was the most frequent (75.6%) including AT Budapest3 (ATBp3), AT Padua I and AT Basel (86%, 9% and 4% of type IIHBS, respectively). Clinical and laboratory phenotypes of IIHBS were heterogeneous and dependent on the specific mutation. Arterial thrombosis and pregnancy complications were the most frequent in AT Basel and AT Padua I, respectively. Median age at the time of thrombosis was the lowest in ATBp3 homozygotes. The functional assay with high heparin concentration and pH 7.4 as assay conditions had low (44%) sensitivity for ATBp3 and it was insensitive for AT Basel and Padua I. Conclusion: Type IIHBS deficiencies behave differently in clinical and laboratory phenotypes from each other and from other AT deficiencies. Heparin concentration and pH seem to be the key factors influencing the sensitivity of AT functional assays to IIHBS.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
antithrombin deficiency
mutation spectrum
genotype-phenotype association
antithrombin activity
assay sensitivity
Megjelenés:Thrombosis Research. - 160 (2017), p. 119-128. -
További szerzők:Selmeczi Anna (1982-) (orvos) Oláh Zsolt (1974-) (belgyógyász) Ilonczai Péter (1977-) (orvos, belgyógyász, haematológus szakorvos) Pfliegler György (1949-) (belgyógyász, hematológus, labor szakorvos) Marján Erzsébet Nemes László Nagy Ágnes (belgyógyász) Losonczy Hajna Mitic, Gorana Kovac, Mirjana Balogh Gábor (1991-) (gyógyszerész) Komáromi István (1957-) (vegyész, molekuláris biológus, biokémikus) Schlammadinger Ágota (1971-) (belgyógyász, haematológus) Molnárné Rázsó Katalin (1966-) (belgyógyász, haematológus, klinikai onkológus) Boda Zoltán (1947-) (belgyógyász, haematologus, klinikai onkológus) Muszbek László (1942-) (haematológus, kutató orvos) Bereczky Zsuzsanna (1974-) (orvosi laboratóriumi diagnosztika szakorvos)
Pályázati támogatás:OTKA-116228
OTKA
K106294
OTKA
GINOP-2.3.2-15-2016-00039
Egyéb
ÚNKP-16-3-III-Gindele Réka
Egyéb
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
DOI
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM056930
Első szerző:Tóth László (vegyész)
Cím:Dynamic properties of the native free antithrombin from molecular dynamics simulations : computational evidence for solvent- exposed Arg393 side chain / László Tóth, Attila Fekete, Gábor Balogh, Zsuzsanna Bereczky, István Komáromi
Dátum:2015
ISSN:0739-1102
Megjegyzések:While antithrombin (AT) has small basal inhibitory activity, it reaches its full inhibitory potential against activated blood coagulation factors, FXa, FIXa, and FIIa (thrombin), via an allosteric and/or template (bridging) mechanism by the action of heparin, heparan sulfate, or heparin-mimetic pentasaccharides (PS). From the numerous X-ray structures available for different conformational states of AT, only indirect and incomplete conclusions can be drawn on the inherently dynamic properties of AT. As a typical example, the basal inhibitory activity of AT cannot be interpreted on the basis of "non-activated" free antithrombin X-ray structures since the Arg393 side chain, playing crucial role in antithrombin-proteinase interaction, is not exposed. In order to reveal the intrinsic dynamic properties and the reason of basal inhibitory activity of antithrombin, 2 ?s molecular dynamics simulations were carried out on its native free-forms. It was shown from the simulation trajectories that the reactive center loop which is functioning as "bait" for proteases, even without any biasing potential can populate conformational state in which the Arg393 side chain is solvent exposed. It is revealed from the trajectory analysis that the peptide sequences correspond to the helix D extension, and new helix P formation can be featured with especially large root-mean-square fluctuations. Mutual information analyses of the trajectory showed remarkable (generalized) correlation between those regions of antithrombin which changed their conformations as the consequence of AT-PS complex formation. This suggests that allosteric information propagation pathways are present even in the non-activated native form of AT.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
allostery
antithrombin
fluctuation
generalized correlation
molecular dynamics simulation
principal component analysis
reactive center loop
serpin structure
Megjelenés:Journal of Biomolecular Structure & Dynamics. - 33 : 9 (2015), p. 2023-2036. -
További szerzők:Fekete Attila (1983-) (vegyész) Balogh Gábor (1991-) (gyógyszerész) Bereczky Zsuzsanna (1974-) (orvosi laboratóriumi diagnosztika szakorvos) Komáromi István (1957-) (vegyész, molekuláris biológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:K-106294
OTKA
K-105459
OTKA
PD-101120
OTKA
TÁMOP-4.2.2.A-11/1/KONV-2012-0045
TÁMOP
Trombózis Kutató Központ Kutatócsoport
TÁMOP 4.2.4.A/2- 11-1-2012-0001
TÁMOP
TAMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012- 0010.1.
TÁMOP
NIIF-1057
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1