CCL

Összesen 6 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM072110
035-os BibID:(WoS)000422751600012 (Scopus)85044680054 (PubMed)29343442
Első szerző:Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:The Transcription Factor STAT6 Mediates Direct Repression of Inflammatory Enhancers and Limits Activation of Alternatively Polarized Macrophages / Czimmerer Zsolt, Daniel Bence, Horvath Attila, Rückerl Dominik, Nagy Gergely, Kiss Mate, Peloquin Matthew, Budai Marietta M., Cuaranta-Monroy Ixchelt, Simandi Zoltan, Steiner Laszlo, Nagy Bela, Poliska Szilard, Banko Csaba, Bacso Zsolt, Schulman Ira G., Sauer Sascha, Deleuze Jean-Francois, Allen Judith E., Benko Szilvia, Nagy Laszlo
Dátum:2018
ISSN:1074-7613
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Immunity. - 48 : 1 (2018), p. 75-90. -
További szerzők:Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Rückerl, Dominik Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Kiss Máté Peloquin, Matthew Budai Marietta Margit (1985-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Steiner László Nagy Béla Jr. (1980-) (labordiagnosztikai szakorvos) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Bankó Csaba (1989-) (molekuláris biológus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Schulman, Ira G. Sauer, Sascha Deleuze, Jean-Francois Allen, Judith E. Benkő Szilvia (1973-) (molekuláris biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:K100196
OTKA
K111941
OTKA
K116855
OTKA
K109429
OTKA
TÁMOP 4.2.4. A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM072111
035-os BibID:(WoS)000423645700002 (Scopus)85034832211
Első szerző:Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:Dynamic transcriptional control of macrophage miRNA signature via inflammation responsive enhancers revealed using a combination of next generation sequencing-based approaches / Czimmerer Zsolt, Horvath Attila, Daniel Bence, Nagy Gergely, Cuaranta-Monroy Ixchelt, Kiss Mate, Kolostyak Zsuzsanna, Poliska Szilard, Steiner Laszlo, Giannakis Nikolas, Varga Tamas, Nagy Laszlo
Dátum:2018
ISSN:1874-9399
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Biochimica et Biophysica Acta (BBA). Gene Regulatory Mechanisms. - 1861 : 1 (2018), p. 14-28. -
További szerzők:Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Kiss Máté Kolostyák Zsuzsanna Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Steiner László Giannakis, Nikolas Varga Tamás (1971-) (biológus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM065040
Első szerző:Czimmerer Zsolt (molekuláris biológus)
Cím:The IL-4/STAT6 signaling axis establishes a conserved microRNA signature in human and mouse macrophages regulating cell survival via miR-342-3p / Zsolt Czimmerer, Tamas Varga, Mate Kiss, Cesaré Ovando Vázquez, Quang Minh Doan-Xuan, Dominik Rückerl, Sudhir Gopal Tattikota, Xin Yan, Zsuzsanna S. Nagy, Bence Daniel, Szilard Poliska, Attila Horvath, Gergely Nagy, Eva Varallyay, Matthew N. Poy, Judith E. Allen, Zsolt Bacso, Cei Abreu-Goodger, Laszlo Nagy
Dátum:2016
ISSN:1756-994X
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Genome Medicine. - 8 : 1 (2016), p. 1-22. -
További szerzők:Varga Tamás (1971-) (biológus) Kiss Máté Vázquez, Cesaré Ovando Doan-Xuan, Quang-Minh (1986-) (biofizikus) Rückerl, Dominik Tattikota, Sudhir Gopal Yan, Xin Nagy Zsuzsanna S. Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Varallyay Éva Poy, Matthew N. Allen, Judith E. Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Abreu-Goodger, Cei Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:K100196
OTKA
116855
OTKA
4.2.2.A-11/1/KONV-2012-0023
TÁMOP
4.2.4. A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM077627
035-os BibID:(WoS)000467964800013 (Scopus)85064477457
Első szerző:Horváth Attila (programtervező informatikus)
Cím:Labelled regulatory elements are pervasive features of the macrophage genome and are dynamically utilized by classical and alternative polarization signals / Attila Horvath, Bence Daniel, Lajos Szeles, Ixchelt Cuaranta-Monroy, Zsolt Czimmerer, Lilla Ozgyin, Laszlo Steiner, Mate Kiss, Zoltan Simandi, Szilard Poliska, Nikolas Giannakis, Emanuele Raineri, Ivo G. Gut, Benedek Nagy, Laszlo Nagy
Dátum:2019
ISSN:0305-1048 1362-4962
Megjegyzések:The concept of tissue-specific gene expression posits that lineage-determining transcription factors (LDTFs) determine the open chromatin profile of a cell via collaborative binding, providing molecular beacons to signal-dependent transcription factors (SDTFs). However, the guiding principles of LDTF binding, chromatin accessibility and enhancer activity have not yet been systematically evaluated. We sought to study these features of the macrophage genome by the combination of experimental (ChIP-seq, ATAC-seq and GRO-seq) and computational approaches. We show that Random Forest and Support Vector Regression machine learning methods can accurately predict chromatin accessibility using the binding patterns of the LDTF PU.1 and four other key TFs of macrophages (IRF8, JUNB, CEBPA and RUNX1). Any of these TFs alone were not sufficient to predict open chromatin, indicating that TF binding is widespread at closed or weakly opened chromatin regions. Analysis of the PU.1 cistrome revealed that two-thirds of PU.1 binding occurs at low accessible chromatin. We termed these sites labelled regulatory elements (LREs), which may represent a dormant state of a future enhancer and contribute to macrophage cellular plasticity. Collectively, our work demonstrates the existence of LREs occupied by various key TFs, regulating specific gene expression programs triggered by divergent macrophage polarizing stimuli.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Nucleic Acids Research. - 47 : 6 (2019), p. 2778-2792. -
További szerzők:Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Széles Lajos (1971-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Ozgyin Lilla (1989-) (molekuláris biológus) Steiner László Kiss Máté Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Giannakis, Nikolas Raineri, Emanuele Gut, Ivo G. Nagy Benedek (1973-) (informatikus, matematikus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:NKFIH K116855
NKFIH
NKFIH K124298
NKFIH
NKFIH KH126885
NKFIH
GINOP-2.3.2-15-2016-00006
GINOP
GINOP-2.1.7-15-2016-01487
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM071144
Első szerző:Kiss Máté
Cím:Retinoid X receptor suppresses a metastasis-promoting transcriptional program in myeloid cells via a ligand-insensitive mechanism / Mate Kiss, Zsolt Czimmerer, Gergely Nagy, Pawel Bieniasz-Krzywiec, Manuel Ehling, Attila Pap, Szilard Poliska, Pal Boto, Petros Tzerpos, Attila Horvath, Zsuzsanna Kolostyak, Bence Daniel, Istvan Szatmari, Massimiliano Mazzone, Laszlo Nagy
Dátum:2017
ISSN:0027-8424
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States Of America. - 114 : 40 (2017), p. 10725-10730. -
További szerzők:Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Nagy Gergely (1986-) (molekuláris biológus) Bieniasz-Krzywiec, Pawel Ehling, Manuel Pap Attila (1980-) (biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Botó Pál (1986-) (molekuláris biológus) Tzerpos, Petros (1982-) (molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Kolostyák Zsuzsanna Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Szatmári István (1971-) (biológus) Mazzone, Massimiliano Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:"NR-NET" ITN PITN-GA-2013-606806
EU-FP7
K100196
OTKA
K111941
OTKA
K116855
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM056298
Első szerző:Laczik Miklós (bioinformatikus/molekuláris biológus)
Cím:Geno viewer, a SAM/BAM viewer tool / Miklós Laczik, Edit Tukacs, Béla Uzonyi, Bálint Domokos, Zsolt Doma, Máté Kiss, Attila Horváth, Zoltán Batta, Zsuzsanna Maros-Szabó, Zsolt Török
Dátum:2012
Megjegyzések:The ever evolving Next Generation Sequencing technology is calling for new and innovative ways of data processing andvisualization. Following a detailed survey of the current needs of researchers and service providers, the authors have developedGenoViewer: a highly user-friendly, easy-to-operate SAM/BAM viewer and aligner tool. GenoViewer enables fast and efficientNGS assembly browsing, analysis and read mapping. It is highly customized, making it suitable for a wide range of NGS relatedtasks. Due to its relatively simple architecture, it is easy to add specialised visualization functionalities, facilitating furthercustomised data analysis. The software's source code is freely available; it is open for project and task-specific modifications.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
NGS
Sequencing
genom viewer
Megjelenés:Bioinformation [electronic resource]. - 8 : 2 (2012), p. 107-109. -
További szerzők:Tukacs Edit Uzonyi Béla Domokos Bálint (1974-) (programtervező matematikus) Doma Zsolt Kiss Máté Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Batta Zoltán Maros-Szabó Zsuzsanna (1978-) Török Zsolt (1975-) (orvos)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1