CCL

Összesen 3 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM077627
035-os BibID:(WoS)000467964800013 (Scopus)85064477457
Első szerző:Horváth Attila (programtervező informatikus)
Cím:Labelled regulatory elements are pervasive features of the macrophage genome and are dynamically utilized by classical and alternative polarization signals / Attila Horvath, Bence Daniel, Lajos Szeles, Ixchelt Cuaranta-Monroy, Zsolt Czimmerer, Lilla Ozgyin, Laszlo Steiner, Mate Kiss, Zoltan Simandi, Szilard Poliska, Nikolas Giannakis, Emanuele Raineri, Ivo G. Gut, Benedek Nagy, Laszlo Nagy
Dátum:2019
ISSN:0305-1048 1362-4962
Megjegyzések:The concept of tissue-specific gene expression posits that lineage-determining transcription factors (LDTFs) determine the open chromatin profile of a cell via collaborative binding, providing molecular beacons to signal-dependent transcription factors (SDTFs). However, the guiding principles of LDTF binding, chromatin accessibility and enhancer activity have not yet been systematically evaluated. We sought to study these features of the macrophage genome by the combination of experimental (ChIP-seq, ATAC-seq and GRO-seq) and computational approaches. We show that Random Forest and Support Vector Regression machine learning methods can accurately predict chromatin accessibility using the binding patterns of the LDTF PU.1 and four other key TFs of macrophages (IRF8, JUNB, CEBPA and RUNX1). Any of these TFs alone were not sufficient to predict open chromatin, indicating that TF binding is widespread at closed or weakly opened chromatin regions. Analysis of the PU.1 cistrome revealed that two-thirds of PU.1 binding occurs at low accessible chromatin. We termed these sites labelled regulatory elements (LREs), which may represent a dormant state of a future enhancer and contribute to macrophage cellular plasticity. Collectively, our work demonstrates the existence of LREs occupied by various key TFs, regulating specific gene expression programs triggered by divergent macrophage polarizing stimuli.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Nucleic Acids Research. - 47 : 6 (2019), p. 2778-2792. -
További szerzők:Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Széles Lajos (1971-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Ozgyin Lilla (1989-) (molekuláris biológus) Steiner László Kiss Máté Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Giannakis, Nikolas Raineri, Emanuele Gut, Ivo G. Nagy Benedek (1973-) (informatikus, matematikus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:NKFIH K116855
NKFIH
NKFIH K124298
NKFIH
NKFIH KH126885
NKFIH
GINOP-2.3.2-15-2016-00006
GINOP
GINOP-2.1.7-15-2016-01487
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM077785
035-os BibID:(Cikkazonosító)4889 (WOS)000461762600006 (Scopus)85063344159
Első szerző:Ozgyin Lilla (molekuláris biológus)
Cím:Extensive epigenetic and transcriptomic variability between genetically identical human B-lymphoblastoid cells with implications in pharmacogenomics research / Lilla Ozgyin, Attila Horvath, Zsuzsanna Hevessy, Balint L. Balint
Dátum:2019
ISSN:2045-2322
Megjegyzések:Genotyped human B-lymphoblastoid cell lines (LCLs) are widely used models in mapping quantitative trait loci for chromatin features, gene expression, and drug response. The extent of genotype-independent functional genomic variability of the LCL model, although largely overlooked, may inform association study design. In this study, we use flow cytometry, chromatin immunoprecipitation sequencing and mRNA sequencing to study surface marker patterns, quantify genome-wide chromatin changes (H3K27ac) and transcriptome variability, respectively, among five isogenic LCLs derived from the same individual. Most of the studied LCLs were non-monoclonal and had mature B cell phenotypes. Strikingly, nearly one-fourth of active gene regulatory regions showed significantly variable H3K27ac levels, especially enhancers, among which several were classified as clustered enhancers. Large, contiguous genomic regions showed signs of coordinated activity change. Regulatory differences were mirrored by mRNA expression changes, preferentially affecting hundreds of genes involved in specialized cellular processes including immune and drug response pathways. Differential expression of DPYD, an enzyme involved in 5-fluorouracil (5-FU) catabolism, was associated with variable LCL growth inhibition mediated by 5-FU. The extent of genotype-independent functional genomic variability might highlight the need to revisit study design strategies for LCLs in pharmacogenomics.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Scientific Reports. - 9 (2019), p. 1-16. -
További szerzők:Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Hevessy Zsuzsanna (1966-) (laboratóriumi szakorvos) Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.3-15-2016-00007
GINOP
EFOP-3.6.1-16-2016-00022
EFOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM074593
Első szerző:Ozgyin Lilla (molekuláris biológus)
Cím:Lyophilized human cells stored at room temperature preserve multiple RNA species at excellent quality for RNA sequencing / Ozgyin Lilla, Horvath Attila, Balint Balint Laszlo
Dátum:2018
ISSN:1949-2553
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
liofilizálás
fagyasztva-szárítás
RNS
Megjelenés:Oncotarget. - 9 : 59 (2018), p. 31312-31329. -
További szerzők:Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos)
Pályázati támogatás:TAMOP 4.2.4.A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1