Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM083358
035-os BibID:	(Cikkazonosító)1107 (WOS)000562846500003 (Scopus)85078261936
Első szerző:	Firouzi Niaki, Erfaneh
Cím:	Interactions of Cisplatin and Daunorubicin at the Chromatin Level / Firouzi Niaki Erfaneh, Van Acker Thibaut, Imre László, Nánási Péter, Tarapcsák Szabolcs, Bacsó Zsolt, Vanhaecke Frank, Szabó Gábor
Dátum:	2020
ISSN:	2045-2322
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Scientific Reports. - 10 : 1 (2020), p. 1-12. -
További szerzők:	Van Acker, Thibaut Imre László (1979-) (biológus) Nánási Péter Pál ifj. (1987-) (sejtbiológus) Tarapcsák Szabolcs (1989-) (Molekuláris biológus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Vanhaecke, Frank Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Pályázati támogatás:	Richter Gedeon Talentum Fund Egyéb EFOP-3.6.3-VEKOP-16-2017-00009 EFOP GINOP-2.3.2-15-2016-00044 GINOP K128770 OTKA COST CA 15214 Egyéb Flemish Research Foundation FWO G017217N Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM103651
035-os BibID:	(cikkazonosító)109184 (scopus)85128192258 (wos)000793580100003
Első szerző:	Imre László (biológus)
Cím:	Nucleosome destabilization by polyamines / Imre Laszlo, Niaki Erfaneh Firouzi, Bosire Rosevalentine, Nanasi Peter Jr., Nagy Peter, Bacso Zsolt, Hamidova Nubar, Pommier Yves, Jordan Albert, Szabo Gabor
Dátum:	2022
ISSN:	0003-9861
Megjegyzések:	The roles and molecular interactions of polyamines (PAs) in the nucleus are not fully understood. Here their effect on nucleosome stability, a key regulatory factor in eukaryotic gene control, is reported, as measured in agarose embedded nuclei of H2B-GFP expressor HeLa cells. Nucleosome stability was assessed by quantitative microscopy [1,2] in situ, in close to native state of chromatin, preserving the nucleosome constrained topology of the genomic DNA. A robust destabilizing effect was observed in the millimolar concentration range in the case of spermine, spermidine as well as putrescine, which was strongly pH and salt concentration-dependent, and remained significant also at neutral pH. The integrity of genomic DNA was not affected by PA treatment, excluding DNA break-elicited topological relaxation as a factor in destabilization. The binding of PAs to DNA was demonstrated by the displacement of ethidium bromide, both from deproteinized nuclear halos and from plasmid DNA. The possibility that DNA methylation patterns may be influenced by PA levels is contemplated in the context of gene expression and DNA methylation correlations identified in the NCI-60 panel-based CellMiner database: methylated loci in subsets of high-ODC1 cell lines and the dependence of PER3 DNA methylation on PA metabolism.
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Archives Of Biochemistry And Biophysics. - 722 (2022), p. 1-11. -
További szerzők:	Niaki, Erfaneh Firouzi Bosire, Rosevalentine (1988-) (biotechnológus) Nánási Péter Pál ifj. (1987-) (sejtbiológus) Nagy Péter (1971-) (biofizikus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Hamidova, Nubar Pommier, Yves Jordan, Albert Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Pályázati támogatás:	K128770 OTKA K138524 OTKA COST Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM072900
035-os BibID:	(Cikkazonosító)12734 (WOS)000412491500006 (Scopus)85030764085
Első szerző:	Imre László (biológus)
Cím:	Nucleosome stability measured in situ by automated quantitative imaging / László Imre, Zoltán Simándi, Attila Horvath, György Fenyofalvi, Péter Nanasi Jr., Erfaneh Firouzi Niaki, Éva Hegedus, Zsolt Bacso, Urbain Weyemi, Rebekka Mauser, Juan Ausio, Albert Jeltsch, William Bonner, László Nagy, Hiroshi Kimura, Gábor Szabo
Dátum:	2017
ISSN:	2045-2322
Megjegyzések:	Current approaches have limitations in providing insight into the functional properties of particular nucleosomes in their native molecular environment. Here we describe a simple and powerful method involving elution of histones using intercalators or salt, to assess stability features dependent on DNA superhelicity and relying mainly on electrostatic interactions, respectively, and measurement of the fraction of histones remaining chromatin-bound in the individual nuclei using histone type- or posttranslational modification- (PTM-) specific antibodies and automated, quantitative imaging. The method has been validated in H3K4me3 ChIP-seq experiments, by the quantitative assessment of chromatin loop relaxation required for nucleosomal destabilization, and by comparative analyses of the intercalator and salt induced release from the nucleosomes of different histones. The accuracy of the assay allowed us to observe examples of strict association between nucleosome stability and PTMs across cell types, differentiation state and throughout the cell-cycle in close to native chromatin context, and resolve ambiguities regarding the destabilizing effect of H2A.X phosphorylation. The advantages of the in situ measuring scenario are demonstrated via the marked effect of DNA nicking on histone eviction that underscores the powerful potential of topological relaxation in the epigenetic regulation of DNA accessibility.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk Fluorescence imaging Nuclear organization Epigenetics Molekuláris Medicina
Megjelenés:	Scientific Reports. - 7 : 1 (2017), p. 1-15. -
További szerzők:	Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Fenyőfalvi György Nánási Péter Pál ifj. (1987-) (sejtbiológus) Firouzi Niaki, Erfaneh Hegedűs Éva (1978-) (biofizikus) Bacsó Zsolt (1963-) (biofizikus) Weyemi, Urbain Mauser, Rebekka Ausio, Juan Jeltsch, Albert Bonner, William Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Kimura, Hiroshi Szabó Gábor (1953-) (biofizikus)
Pályázati támogatás:	K72762 OTKA NK101337 OTKA TÁMOP-4.2.2-08/1-2008-0015 TÁMOP TÁMOP-4.2.1/B-09/1/KONV-2010-0007 TÁMOP I. ABC transzporterek; II. Magasabbrendű kromatinszerkezet TÁMOP 4.2.2.A- 11/1/KONV-2012-0023 "VÉD-ELEM TÁMOP TÁMOP 4.2.4. A/2-11-1-2012-0001 TÁMOP GINOP-2.3.2-15-2016-00044 GINOP
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: