Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM118255
035-os BibID:	(cikkazonosító)1327725 (Scopus)85182813583
Első szerző:	Jakab Szilvia
Cím:	Genome stability assessment of PRRS vaccine strain with new ARTIC-style sequencing protocol / Szilvia Jakab, Ádám Bálint, Karolina Cseri, Krisztina Bali, Eszter Kaszab, Marianna Domán, Máté Halas, Krisztina Szarka, Krisztián Bányai
Dátum:	2024
ISSN:	2297-1769
Megjegyzések:	A tiling amplicon sequencing protocol was developed to analyse the genome sequence stability of the modified live PRRSV vaccine strain, Porcilis MLV. The backbone of the ARTIC-style protocol was formed by 34 individual primer pairs, which were divided into two primer pools. Primer pairs were designed to amplify 532 to 588 bp fragments of the corresponding genomic region. The amplicons are suitable for sequencing on Illumina DNA sequencers with available 600-cycle sequencing kits. The concentration of primer pairs in the pools was optimized to obtain a balanced sequencing depth along the genome. Deep sequencing data of three vaccine batches were also analysed. All three vaccine batches were very similar to each other, although they also showed single nucleotide variations (SNVs) affecting less than 1 % of the genome. In the three vaccine strains, 113 to 122 SNV sites were identified; at these sites, the minority variants represented a frequency range of 1 to 48.7 percent. Additionally, the strains within the batches contained well-known length polymorphisms; the genomes of these minority deletion mutants were 135 to 222 bp shorter than the variant with the complete genome. Our results show the usefulness of ARTIC-style protocols in the evaluation of the genomic stability of PRRS MLV strains.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Egészségtudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk deep sequencing genetic variability Porcilis MLV porcine reproductive and respiratory syndrome virus single nucleotide variation tiling amplicon sequencing
Megjelenés:	Frontiers in Veterinary Science. - 10 (2024), p. 1-8. -
További szerzők:	Bálint Ádám Cseri Karolina (1985-) (molekuláris biológus) Bali Krisztina Kaszab Eszter (1989-) (biológus) Domán Marianna (1987-) (biológus) Halas Máté Szarka Krisztina (1971-) (molekuláris biológus, mikrobiológus) Bányai Krisztián
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM115345
035-os BibID:	(cikkazonosító)3223 (WoS)001090545200001 (Scopus)85175090514
Első szerző:	Jakab Szilvia
Cím:	Deep Sequencing of Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus ORF7 : A Promising Tool for Diagnostics and Epidemiologic Surveillance / Jakab, Szilvia; Bali, Krisztina; Freytag, Csongor; Pataki, Anna; Fehér, Enikő; Halas, Máté; Jerzsele, Ákos; Szabó, István; Szarka, Krisztina; Bálint, Ádám; Bányai, Krisztián
Dátum:	2023
ISSN:	2076-2615
Megjegyzések:	Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV) is a major concern worldwide. Control of PRRSV is a challenging task due to various factors, including the viral diversity and variability. In this study, we evaluated an amplicon library preparation protocol targeting the ORF7 region of both PRRSV species, Betaarterivirus suid 1 and Betaarterivirus suid 2. We designed tailed primers for a two-step PCR procedure that generates ORF7-specific amplicon libraries suitable for use on Illumina sequencers. We tested the method with serum samples containing common laboratory strains and with pooled serum samples (n = 15) collected from different pig farms during 2019-2021 in Hungary. Testing spiked serum samples showed that the newly designed method is highly sensitive and detects the viral RNA even at low copy numbers (corresponding to approx. Ct 35). The ORF7 sequences were easily assembled even from clinical samples. Two different sequence variants were identified in five samples, and the Porcilis MLV vaccine strain was identified as the minor variant in four samples. An in-depth analysis of the deep sequencing results revealed numerous polymorphic sites along the ORF7 gene in a total of eight samples, and some sites (positions 12, 165, 219, 225, 315, 345, and 351) were found to be common in several clinical specimens. We conclude that amplicon deep sequencing of a highly conserved region of the PRRSV genome could support both laboratory diagnosis and epidemiologic surveillance of the disease.
Tárgyszavak:	Agrártudományok Állatorvosi tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk PRRSV-1 PRRSV-2 next-generation sequencing nucleocapsid mixed infection SNV
Megjelenés:	Animals. - 13 : 20 (2023), p. 1-14. -
További szerzők:	Bali Krisztina Freytag Csongor (1993-) (biológus) Pataki Balázs (1991-) (mérnök) Fehér Enikő (1981-) (molekuláris biológus, mikrobiológus) Halas Máté Jerzsele Ákos Szabó István Szarka Krisztina (1971-) (molekuláris biológus, mikrobiológus) Bálint Ádám Bányai Krisztián
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM119953
Első szerző:	Kardos Gábor (szakorvos, klinikai mikrobiológus)
Cím:	Phylogeny of Transferable Oxazolidinone Resistance Genes and Homologs / Gábor Kardos, Levente Laczkó, Eszter Kaszab, Bálint Timmer, Krisztina Szarka, Eszter Prépost, Krisztián Bányai
Dátum:	2024
ISSN:	2079-6382
Tárgyszavak:	Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Antibiotics-Basel. - 13 : 4 (2024), p. 1-10. -
További szerzők:	Laczkó Levente (1992-) (biológus) Kaszab Eszter (1989-) (biológus) Timmer Bálint Szarka Krisztina (1971-) (molekuláris biológus, mikrobiológus) Prépost Eszter Bányai Krisztián
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: