CCL

Összesen 9 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM093746
035-os BibID:(cikkazonosító)e0248537 (WOS)000644138300041 (Scopus)85104636408
Első szerző:Fehér Milán (agrármérnök)
Cím:Effects of phytonutrient-supplemented diets on the intestinal microbiota of Cyprinus carpio / Milan Feher, Peter Fauszt, Emese Tolnai, Gabor Fidler, Georgina Pesti-Asboth, Aniko Stagel, Istvan Szucs, Sandor Biro, Judit Remenyik, Melinda Paholcsek, Laszlo Stundl
Dátum:2021
ISSN:1932-6203
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Plos One. - 16 : 4 (2021), p. 1-24. -
További szerzők:Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Szilágyi-Tolnai Emese (1988-) (Molekuláris biológus) Fidler Gábor (1987-) (molekuláris biológus, genetikus) Pesti-Asbóth Georgina (1990-) (élelmiszerbiztonsági és -minőségi mérnök) Stágel Anikó (agrár) Szűcs István (1968-) (agrárközgazdász) Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus) Stündl László (1970-) (agrármérnök)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM101739
035-os BibID:(cikkazonosító)7144 (WOS)000790397500022 (Scopus)85129301911
Első szerző:Fidler Gábor (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:Circulating microRNA sequencing revealed miRNome patterns in hematology and oncology patients aiding the prognosis of invasive aspergillosis / Fidler Gábor, Szilágyi-Rácz Anna Anita, Dávid Péter, Tolnai Emese, Rejtő László, Szász Róbert, Póliska Szilárd, Biró Sándor, Paholcsek Melinda
Dátum:2022
ISSN:2045-2322
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Scientific Reports. - 12 : 1 (2022), p. 1-17. -
További szerzők:Szilágyi-Rácz Anna Anita (1995-) (molekuláris biológus) Dávid Péter (1984-) (biológia tanár) Szilágyi-Tolnai Emese (1988-) (Molekuláris biológus) Rejtő László (1963-) (belgyógyász, haematológus) Szász Róbert (1972-) (belgyógyász, haematológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM086507
035-os BibID:(cikkazonosító)3419 (WOS)000563230200016 (Scopus)85094851273
Első szerző:Fidler Gábor (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:Tendentious effects of automated and manual metagenomic DNA purification protocols on broiler gut microbiome taxonomic profiling / Fidler Gabor, Tolnai Emese, Stagel Aniko, Remenyik Judit, Stundl Laszlo, Gal, Ferenc Biro Sandor, Paholcsek Melinda
Dátum:2020
ISSN:2045-2322
Megjegyzések:Here, we developed protocols to improve sensitivity, rigor and comparability of 16S rRNA gene amplification-based next-generation sequencing (NGS) results. A thorough study was performed by evaluating extraction efficiency with respect to the yield, purity, fragmentation of the purified DNA, and sequencing metrics considering the number of quality reads, amplicon sequence variants (ASVs), community structure and biodiversity. We identified batch-effects that significantly bias broiler gastrointestinal tract (GIT) community compositions and made recommendations to improve sensitivity, consistency, and cross-study comparability. We found that the purity of the extracted nucleic acid had a strong effect on the success rate of downstream library preparations. The preparation of stool bacterial suspensions from feces showed a significant positive influence on community biodiversity by enriching Gram-negative bacteria and cataloguing low abundant taxa with greater success than direct processing of fecal material. Applications relying on the automated Roche MagNa Pure 24 magnetic-bead based method provided results with high consistency therefore it seems to be the optimal choice in large-scale studies for investigating broiler GIT microbiota.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Scientific Reports. - 10 : 1 (2020), p. 1-16. -
További szerzők:Szilágyi-Tolnai Emese (1988-) (Molekuláris biológus) Stágel Anikó (agrár) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Stündl László (1970-) (agrármérnök) Gál Ferenc (1964-) (élelmiszertechnológia) Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00042
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM074742
Első szerző:Fidler Gábor (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:Validation of a simplex PCR assay enabling reliable identification of clinically relevant Candida species / Fidler Gabor, Leiter Eva, Kocsube Sandor, Biro Sandor, Paholcsek Melinda
Dátum:2018
ISSN:1471-2334 1471-2334
Megjegyzések:Background: Fungal bloodstream infections (BSI) may be serious and are associated with drastic rise in mortality and health care costs. Candida spp. are the predominant etiological agent of fungal sepsis. The prompt and species-level identification of Candida may influence patient outcome and survival. The aim of this study was to develop and evaluate the CanTub-simplex PCR assay coupled with Tm calling and subsequent high resolution melting (HRM) analysis to barcode seven clinically relevant Candida species. Methods: Efficiency, coefficient of correlation and the limit of reliable detection were estimated on purified Candida EDTA-whole blood (WB) reference panels seeded with Candida albicans, Candida glabrata, Candida parapsilosis, Candida tropicalis, Candida krusei, Candida guilliermondii, Candida dubliniensis cells in a 6-log range. Discriminatory power was measured on EDTA-WB clinical panels on three different PCR platforms; LightCycler?96, LightCycler? Nano, LightCycler? 2.0. Inter- and intra assay consistencies were also calculated. Results: The limit of reliable detection proved to be 0.2?2 genomic equivalent and the method was reliable on broad concentration ranges (106 ?10 CFU) providing distinctive melting peaks and characteristic HRM curves. The diagnostic accuracy of the discrimination proved to be the best on Roche LightCycler?2.0 platform. Repeatability was tested and proved to be % C.V.: 0.14 ? 0.06 on reference- and % C.V.: 0.14 ? 0.02 on clinical-plates accounting for a very high accuracy. Reproducibility was % C.V.: 0.11 between reference- and % C.V.: 0.12between clinicalpanels which is highly acceptable. Conclusion: Our assay demonstrates recent advances on Tm calling and HRM analysis for the molecular identification of relevant Candida species. This unique, simplex PCR assay may be capable to outperform conventional phenotypic methods by reducing time and providing accurate and reliable results directly from blood (2 h) or from whole blood culture bottles (12?24 h).
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Candida
High resolution melting
Tm calling
Species level identification
Simplex PCR
Megjelenés:BMC Infectious Diseases. - 18 : 393 (2018), p. 1-13. -
További szerzők:Leiter Éva (1976-) (biológus) Kocsubé Sándor Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00042
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM072749
Első szerző:Fidler Gábor (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:DNA Barcoding Coupled with High Resolution Melting Analysis Enables Rapid and Accurate Distinction of Aspergillus species / Fidler Gabor, Kocsube Sandor, Leiter Eva, Biro Sandor, Paholcsek Melinda
Dátum:2017
ISSN:1369-3786
Megjegyzések:We describe a high-resolution melting (HRM) analysis method that is rapid, reproducible, and able to identify reference strains and further 40 clinical isolates of Aspergillus fumigatus (14), A. lentulus (3), A. terreus (7), A. flavus (8), A. niger (2), A. welwitschiae (4), and A. tubingensis (2). Asp1 and Asp2 primer sets were designed to amplify partial sequences of the Aspergillus benA (beta-tubulin) genes in a closed-, single-tube system. Human placenta DNA, further Aspergillus (3), Candida (9), Fusarium (6), and Scedosporium (2) nucleic acids from type strains and clinical isolates were also included in this study to evaluate cross reactivity with other relevant pathogens causing invasive fungal infections. The barcoding capacity of this method proved to be 100% providing distinctive binomial scores; 14, 34, 36, 35, 25, 15, 26 when tested among species, while the within-species distinction capacity of the assay proved to be 0% based on the aligned thermodynamic profiles of the Asp1, Asp2 melting clusters allowing accurate species delimitation of all tested clinical isolates. The identification limit of this HRM assay was also estimated on Aspergillus reference gDNA panels where it proved to be 10?102 genomic equivalents (GE) except the A. fumigatus panel where it was 103 only. Furthermore, misidentification was not detected with human genomic DNA or with Candida, Fusarium, and Scedosporium strains. Our DNA barcoding assay introduced here provides results within a few hours, and it may possess further diagnostic utility when analyzing standard cultures supporting adequate therapeutic decisions.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
molecular barcoding
high resolution melting
Aspergillus
species level identification
standard cultures
Megjelenés:Medical Mycology. - 55 (2017), p. 642-659. -
További szerzők:Kocsubé Sándor Leiter Éva (1976-) (biológus) Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM059208
Első szerző:Paholcsek Melinda (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:Novel and sensitive qPCR assays for the detection and identification of aspergillosis causing species / Melinda Paholcsek, Éva Leiter, Arnold Markovics, Sándor Biró
Dátum:2014
ISSN:1217-8950 1588-2640
Megjegyzések:Despite concerted efforts, diagnosis of aspergillosis is still a great challenge toclinical microbiology laboratories. Along with the requirement for high sensitivity andspecificity, species-specific identification is important. We developed rapid, sensitiveand species-specific qPCR assays using the TaqMan technology for the detection andidentification of Aspergillus fumigatus and Aspergillus terreus. The assays were designedto target orthologs of the Streptomyces factor C gene that are only found in afew species of filamentous fungi. Fungi acquired this gene through horizontal genetransfer and divergence of the gene allows identification of species. The assays havepotential as a molecular diagnosis tool for the early detection of fungal infectioncaused by Aspergillus fumigatus and Aspergillus terreus, which merits future diagnosticstudies. The assays were sensitive enough to detect a few genomic equivalents inblood samples.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény hazai lapban
aspergillosis
Aspergillus fumigatus
Aspergillus terreus
qPCR
Streptomyces factor C gene
Megjelenés:Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica. - 61 : 3 (2014), p. 273-284. -
További szerzők:Leiter Éva (1976-) (biológus) Markovics Arnold (1988-) (molekuláris biológus) Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus)
Pályázati támogatás:TÁMOP 4.2.4. A/2-11-1-2012-0001
TÁMOP
TÁMOP-4.2.2/B-10/1-2010-0024
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

7.

001-es BibID:BIBFORM059207
Első szerző:Paholcsek Melinda (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:Combining standard clinical methods with PCR showed improved diagnosis of invasive pulmonary aspergillosis in patients with hematological malignancies and prolonged neutropenia / Melinda Paholcsek, Gabor Fidler, Jozsef Konya, Laszlo Rejto, Gabor Mehes, Evelin Bukta, Juergen Loeffler, Sandor Biro
Dátum:2015
ISSN:1471-2334
Megjegyzések:Background: We assessed the diagnostic value of standard clinical methods and combined biomarker testing(galactomannan assay and polymerase chain reaction screening) in a prospective case?control study to detectinvasive pulmonary aspergillosis in patients with hematological malignancies and prolonged neutropenia.Methods: In this observational study 162 biomarker analyses were performed on samples from 27 febrile neutropenicepisodes. Sera were successively screened for galactomannan antigen and for Aspergillus fumigatus specific nucleic acidtargets. Furthermore thoracic computed tomography scanning was performed along with bronchoscopy with lavagewhen clinically indicated. Patients were retrospectively stratified to define a case-group with "proven" or "probable"invasive pulmonary aspergillosis (25.93 %) and a control-group of patients with no evidence for of invasive pulmonaryaspergillosis (74.07 %). In 44.44 % of episodes fever ceased in response to antibiotic treatment (group II). Empiricalantifungal therapy was administered for episodes with persistent or relapsing fever (group I). 48.15 % of patientsdied during the study period. Postmortem histology was pursued in 53.85 % of fatalities.Results: Concordant negative galactomannan and computed tomography supported by a polymerase chainreaction assay were shown to have the highest discriminatory power to exclude invasive pulmonary aspergillosis.Bronchoalveolar lavage was performed in 6 cases of invasive pulmonary aspergillosis and in 15 controls. Althoughbronchoalveolar lavage proved negative in 93 % of controls it did not detect IPA in 86 % of the cases. Remarkablypost mortem histology convincingly supported the presence of Aspergillus hyphae in lung tissue from a single casewhich had consecutive positive polymerase chain reaction assay results but was misdiagnosed by both computedtomography and consistently negative galactomannan assay results. For the galactomannan enzyme-immunoassay thediagnostic odds ratio was 15.33 and for the polymerase chain reaction assay it was 28.67. According to Cohen's kappaour in-house polymerase chain reaction method showed a fair agreement with the galactomannan immunoassay.Combined analysis of the results from the Aspergillus galactomannan enzyme immunoassay together with thosegenerated by our polymerase chain reaction assay led to no misdiagnoses in the control group.Conclusion: The data from this pilot-study demonstrate that the consideration of standard clinical methods combinedwith biomarker testing improves the capacity to make early and more accurate diagnostic decisions.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Invasive pulmonary aspergillosis
Biomarkers
Combination testing
Acute leukemia
Neutropenic fever
Megjelenés:BMC Infectious Diseases. - 15 : 1 (2015), p. 251. -
További szerzők:Fidler Gábor (1987-) (molekuláris biológus, genetikus) Kónya József (1964-) (szakorvos, klinikai mikrobiológus) Rejtő László (1963-) (belgyógyász, haematológus) Méhes Gábor (1966-) (patológus) Bukta Evelin Loeffler, Juergen Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus)
Pályázati támogatás:SROP-4.2.2.B-15/1/KONV-2015-0001
Egyéb
TÁMOP-4.2.4.A/ 2-11/1-2012-0001
TÁMOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

8.

001-es BibID:BIBFORM093708
035-os BibID:(cikkazonosító)e1124-20 (WoS)000632673500004 (Scopus)85103616214
Első szerző:Szilágyi-Tolnai Emese (Molekuláris biológus)
Cím:Nutraceuticals Induced Changes in the Broiler Gastrointestinal Tract Microbiota / Emese Tolnai, Peter Fauszt, Gabor Fidler, Georgina Pesti-Asboth, Endre Szilagyi, Aniko Stagel, Jozsef Konya, Judit Szabo, Laszlo Stundl, Laszlo Babinszky, Judit Remenyik, Sandor Biro, Melinda Paholcsek
Dátum:2021
ISSN:2379-5077
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
antibiotic-free meat production system
symbiotic-dysbiotic microbiota
bacterial 16S rRNA gene sequencing
carotenoids
anthocyanins
fermentableoligosaccharides
robiotics
Megjelenés:mSystems. - 6 : 2 (2021), p. 1-25. -
További szerzők:Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Fidler Gábor (1987-) (molekuláris biológus, genetikus) Pesti-Asbóth Georgina (1990-) (élelmiszerbiztonsági és -minőségi mérnök) Szilágyi Endre (1986-) Stágel Anikó (agrár) Kónya József (1964-) (szakorvos, klinikai mikrobiológus) Szabó Judit (1963-) (szakorvos, klinikai mikrobiológus) Stündl László (1970-) (agrármérnök) Babinszky László (1950-) (agrár) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00042
GINOP
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
DOI
Szerző által megadott URL
Borító:

9.

001-es BibID:BIBFORM088275
035-os BibID:(Cikkazonosító)16532 (WOS)000577291800043 (Scopus)85091981783
Első szerző:Szilágyi-Tolnai Emese (Molekuláris biológus)
Cím:Free circulating mircoRNAs support the diagnosis of invasive aspergillosis in patients with hematologic malignancies and neutropenia / Emese Tolnai, Gábor Fidler, Róbert Szász, László Rejtő, Kingsley Okechukwu Nwozor, Sándor Biró, Melinda Paholcsek
Dátum:2020
ISSN:2045-2322
Megjegyzések:Fungal infections represent a worrisome complication in hematologic cancer patients and in the absence of disease specific symptoms, it is important to establish new biological indicators, which can be used during mould-active prophylaxis. Recently, miRNAs have appeared as candidate diagnostic and prognostic markers of several diseases. A pilot clinical study was performed to evaluate the diagnostic utility of 14 microRNAs which can be related to invasive fungal infections. Based on our data miR-142-3p, miR-142-5p, miR-26b-5p and miR-21-5p showed significant overexpression (p < 0.005) due to invasive aspergillosis in hemato-oncology patients with profound neutropenia. A tetramiR assay was designed to monitor peripheral blood specimens. Optimal cut-off was estimated by using the median value (fold change 1.1) of the log10 transformed gene expressions. The biomarker panel was evaluated on two independent sample cohorts implementing different antimicrobial prophylactic strategies. The receiver operating characteristic analysis with area under the curve proved to be 0.97. Three miRNAs (miR-142-5p, miR-142-3p, miR-16-5p) showed significant expression alterations in episodes with sepsis. In summary, the tetramiR assay proved to be a promising diagnostic adjunct with sufficient accuracy and sensitivity to trace invasive aspergillosis in hemato-oncology patients.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Scientific Reports. - 10 : 1 (2020), p. 1-12. -
További szerzők:Fidler Gábor (1987-) (molekuláris biológus, genetikus) Szász Róbert (1972-) (belgyógyász, haematológus) Rejtő László (1963-) (belgyógyász, haematológus) Nwozor, Kingsley Okechukwu Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00042
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1