CCL

Összesen 3 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM006772
Első szerző:Komáromi István (vegyész, molekuláris biológus, biokémikus)
Cím:Development of glycyl radical parameters for the OPLS-AA/L force field / Komaromi, I., Owen, M. C., Murphy, R. F., Lovas, S.
Dátum:2008
ISSN:1096-987X
Megjegyzések:On the basis of quantum chemical calculations C(alpha)-glycyl radical parameters have been developed for the OPLS-AA/L force field. The molecular mechanics hypersurface was fitted to the calculated quantum chemical surface by minimizing their molecular mechanics parameter dependent sum-of-squares deviations. To do this, a computer program in which the molecular mechanics energy derivatives with respect to the parameters were calculated analytically was developed, implementing the general method of Lifson and Warshel (J Chem Phys 1968, 49, 5116) for force field parameter optimization. This program, in principle, can determine the optimal parameter set in one calculation if enough representative value points on the quantum chemical potential energy surface are available and there is no linear dependency between the parameters. Some of the parameters in quantum calculations, including several new torsion types around a bond as well as angle parameters at a new central atom type, are not completely separable. Consequently, some restrictions and/or presumptions were necessary during parameter optimization. The relative OPLS-AA energies reproduced those calculated quantum chemically almost perfectly.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Journal of Computational Chemistry. - 29 : 12 (2008), p. 1999-2009. -
További szerzők:Owen, Michael C. Murphy, Richard F. Lovas Sándor
Internet cím:elektronikus változat
DOI
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM055472
Első szerző:Owen, Michael C.
Cím:The Effect of Newly Developed OPLS-AA Alanyl Radical Parameters on Peptide Secondary Structure / Michael C. Owen, László Tóth, Balázs Jojárt, István Komáromi, Imre G. Csizmadia, Bela Viskolcz
Dátum:2012
ISSN:1549-9618
Megjegyzések:Recent studies using ab initio calculations have-shown that C-alpha-centered radical formation by H-abstraction from the backbone of peptide residues has dramatic effects on peptide structure and have suggested that this reaction may contribute to the protein misfolding observed in Alzheimer's and Parkinson's diseases. To enable the effects of C-alpha-centered radicals to be studied in longer peptides and proteins over longer time intervals, force-field parameters for the C-alpha-centered Ala radical were developed for use with the OPLS force field by minimizing the sum of squares deviation between the quantum chemical and OPLS-AA energy hypersurfaces. These parameters were used to determine the effect of the C-alpha-centered Ala radical on the structure of a hepta-alanyl peptide in molecular dynamics (MD) simulations. A negligible sum-of-squares energy deviation was observed in the stretching parameters, and the newly developed OPLS-AA torsional parameters showed a good agreement with the LMP2/cc-pVTZ(-f) hypersurface. The parametrization also demonstrated that derived force-field bond length and bond angle parameters can deviate from the quantum chemical equilibrium values, and that the improper torsional parameters should be developed explicitly with respect to the coupled torsional parameters. The MD simulations showed planar conformations of the C-alpha-containing residue (Alr) are preferred and these conformations increase the formation of gamma-, alpha-, and pi-turn structures depending on the position in the turn occupied by the Alr residue. Higher-ordered structures are destabilized by Alr except when this residue occupies position "i + 1" of the 3(10)-helix. These results offer new insight into the protein-misfolding mechanisms initiated by H-abstraction from the C-alpha of peptide and protein residues.
Tárgyszavak:Természettudományok Kémiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Journal of Chemical Theory and Computation. - 8 : 8 (2012), p. 2569-2580. -
További szerzők:Tóth László (1983-) (vegyész) Jójárt Balázs Komáromi István (1957-) (vegyész, molekuláris biológus, biokémikus) Csizmadia, Imre G. Viskolcz Béla
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM006781
Első szerző:Owen, Michael C.
Cím:The conformational preference of C-centered radicals in proteins / Owen, M. C., Komaromi, I., Murphy, R. F., Lovas, S.
Dátum:2006
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Journal of Molecular Structure. - 759 : 1-3 (2006), p. 117-124. -
További szerzők:Komáromi István (1957-) (vegyész, molekuláris biológus, biokémikus) Murphy, Richard F. Lovas Sándor
Internet cím:elektronikus változat
DOI
elektronikus változat
Borító:
Rekordok letöltése1