CCL

Összesen 12 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM087417
035-os BibID:(Cikkazonosító)6022 (WOS)000549142200022 (Scopus)85083071536
Első szerző:Ág Norbert (okleveles biomérnök)
Cím:Complex intron generation in the yeast genus Lipomyces / Norbert Ág, Napsugár Kavalecz, Fruzsina Pénzes, Levente Karaffa, Claudio Scazzocchio, Michel Flipphi, Erzsébet Fekete
Dátum:2020
ISSN:2045-2322
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Scientific Reports. - 10 (2020), p. 1-10. -
További szerzők:Kavalecz Napsugár (1992-) (biomérnök) Pénzes Fruzsina (1995-) (okleveles biomérnök) Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Scazzocchio, Claudio Flipphi, Michel (1964-) Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00008
GINOP
EFOP-3.6.1-16-2016-00022
EFOP
BO/00093/18/8
Egyéb
ÚNKP-19-3
Egyéb
ÚNKP-19-4
Egyéb
KH129602
Egyéb
NN128867
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM062950
Első szerző:Ág Norbert (okleveles biomérnök)
Cím:Alternatively spliced, spliceosomal twin introns in Helminthosporium solani / Norbert Ág, Michel Flipphi, Levente Karaffa, Claudio Scazzocchio, Erzsébet Fekete
Dátum:2015
ISSN:1087-1845
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Fungal Genetics and Biology. - 85 (2015), p. 7-13. -
További szerzők:Flipphi, Michel (1964-) Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Scazzocchio, Claudio Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM101910
035-os BibID:(cikkazonosító)397 (WoS)000787051700001 (Scopus)85129122957
Első szerző:Fekete Erzsébet (biotechnológus, egyetemi tanár)
Cím:Unique and Repeated Stwintrons (Spliceosomal Twin Introns) in the Hypoxylaceae / Erzsébet Fekete, Fruzsina Pénzes, Norbert Ág, Viktória Ág-Rácz, Erzsébet Sándor, Claudio Scazzocchio, Michel Flipphi, Levente Karaffa
Dátum:2022
ISSN:2309-608X
Megjegyzések:Introns are usually non-coding sequences interrupting open reading frames in pre-mRNAs [D1,2]. Stwintrons are nested spliceosomal introns, where an internal intron splits a second donor sequence into two consecutive splicing reactions leading to mature mRNA. In Hypoxylon sp. CO27-5, 36 highly sequence-similar [D1,2] stwintrons are extant (sister stwintrons). An additional 81 [D1,2] sequence-unrelated stwintrons are described here. Most of them are located at conserved gene positions rooted deep in the Hypoxylaceae. Absence of exonic sequence bias at the exon?stwintron junctions and a very similar phase distribution were noted for both groups. The presence of an underlying sequence symmetry in all 117 stwintrons was striking. This symmetry, more pronounced near the termini of most of the full-length sister stwintrons, may lead to a secondary structure that brings into close proximity the most distal splice sites, the donor of the internal and the acceptor of the external intron. The Hypoxylon stwintrons were overwhelmingly excised by consecutive splicing reactions precisely removing the whole intervening sequence, whereas one excision involving the distal splice sites led to a frameshift. Alternative (mis)splicing took place for both sister and uniquely occurring stwintrons. The extraordinary symmetry of the sister stwintrons thus seems dispensable for the infrequent, direct utilisation of the distal splice sites.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
spliceosomal introns
splicing; stwintrons
comparative genomics
stwintron dissemination
stwintron propagation
internal symmetry
single-stranded RNA secondary structure prediction
Hypoxylon sp. CO27-5
Hypoxylaceae
Megjelenés:Journal of Fungi. - 8 : 4 (2022), p. 1-23. -
További szerzők:Pénzes Fruzsina (1995-) (okleveles biomérnök) Ág Norbert (1987-) (okleveles biomérnök) Ág-Rácz Viktória (1991-) (mikrobiológus) Karaffa Erzsébet Mónika (1972-) (mikrobiológus, egyetemi tanár) Scazzocchio, Claudio Flipphi, Michel (1964-) Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM096118
035-os BibID:(cikkazonosító)710 (WoS)000699660000001 (Scopus)85114371224
Első szerző:Fekete Erzsébet (biotechnológus, egyetemi tanár)
Cím:Internally Symmetrical Stwintrons and Related Canonical Introns in Hypoxylaceae Species / Erzsébet Fekete, Fruzsina Pénzes, Norbert Ág, Claudio Scazzocchio, Michel Flipphi, Levente Karaffa
Dátum:2021
ISSN:2309-608X
Megjegyzések:Spliceosomal introns are pervasive in eukaryotes. Intron gains and losses have occurred throughout evolution, but the origin of new introns is unclear. Stwintrons are complex intervening sequences where one of the sequence elements (5·?donor, lariat branch point element or 3·?acceptor) necessary for excision of a U2 intron (external intron) is itself interrupted by a second (internal) U2 intron. In Hypoxylaceae, a family of endophytic fungi, we uncovered scores of donor?disrupted stwintrons with striking sequence similarity among themselves and also with canonical introns. Intron-exon structure comparisons suggest that these stwintrons have proliferated within diverging taxa but also give rise to proliferating canonical introns in some genomes. The proliferated (stw)introns have integrated seamlessly at novel gene positions. The recently proliferated (stw)introns appear to originate from a conserved ancestral stwintron characterised by terminal inverted repeats (45-55 nucleotides), a highly symmetrical structure that may allow the formation of a double?stranded intron RNA molecule. No short tandem duplications flank the putatively inserted intervening sequences, which excludes a DNA transposition?based mechanism of proliferation. It is tempting to suggest that this highly symmetrical structure may have a role in intron proliferation by (an)other mechanism(s).
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Journal of Fungi. - 7 (2021), p. 1-21. -
További szerzők:Pénzes Fruzsina (1995-) (okleveles biomérnök) Ág Norbert (1987-) (okleveles biomérnök) Scazzocchio, Claudio Flipphi, Michel (1964-) Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Pályázati támogatás:ÚNKP-20-3-I-DE-40
Egyéb
ÚNKP-20-5-DE-13
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM069231
035-os BibID:(WoS)000409380900041 (Scopus)85031016310
Első szerző:Fekete Erzsébet (biotechnológus, egyetemi tanár)
Cím:A mechanism for a single nucleotide intron shift / Erzsebet Fekete, Michel Flipphi, Norbert Ag, Napsugar Kavalecz, Gustavo Cerqueira, Claudio Scazzocchio, Levente Karaffa
Dátum:2017
ISSN:0305-1048 1362-4962
Megjegyzések:Spliceosomal introns can occupy nearby rather than identical positions in orthologousgenes (intron sliding or shifting). Stwintrons are complex intervening sequences, wherean "internal" intron interrupts one of the sequences essential for splicing, generatingafter its excision, a newly formed canonical intron defined as "external". In oneexperimentally demonstrated configuration, two alternatively excised internal introns,overlapping by one G, disrupt respectively the donor and the acceptor sequence of anexternal intron, leading to mRNAs encoding identical proteins. In a gene encoding aDHA1 antiporter in Pezizomycotina, we find a variety of predicted intron configurationsinterrupting the DNA stretch encoding a conserved peptidic sequence. Some sport astwintron where the internal intron interrupts the donor of the external intron(experimentally confirmed for Aspergillus nidulans). In others, we found anddemonstrate (for Trichoderma reesei) alternative, overlapping internal introns.Discordant canonical introns, one nt apart, are present in yet other species, exactly aspredicted by the alternative loss of either of the internal introns at the DNA level froman alternatively spliced stwintron. An evolutionary pathway of one nt intron shift,involving an alternatively spliced stwintron intermediate is proposed on the basis of theexperimental and genomic data presented.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Nucleic Acids Research. - 45 : 15 (2017), p. 9085-9092. -
További szerzők:Flipphi, Michel (1964-) Ág Norbert (1987-) (okleveles biomérnök) Kavalecz Napsugár (1992-) (biomérnök) Cerqueira, Gustavo C. Scazzocchio, Claudio Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Pályázati támogatás:BO/00548/14
Egyéb
OTKA-116519
OTKA
GINOP-2.3.2-15-2016-00008
GINOP
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Szerző által megadott URL
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM117383
035-os BibID:(cikkazonosító)1195 (WoS)001132751600001 (Scopus)85180472702
Első szerző:Flipphi, Michel
Cím:Generation, Transfer, and Loss of Alternative Oxidase Paralogues in the Aspergillaceae Family / Michel Flipphi, Alexandra Márton, Vivien Bíró, Norbert Ág, Erzsébet Sándor, Erzsébet Fekete, Levente Karaffa
Dátum:2023
ISSN:2309-608X
Megjegyzések:Abstract: Alternative oxidase (Aox) is a terminal oxidase operating in branched electron transport. The activity correlates positively with overflow metabolisms in certain Aspergilli, converting intracellular glucose by the shortest possible path into organic acids, like citrate or itaconate. Aox is nearly ubiquitous in fungi, but aox gene multiplicity is rare. Nevertheless, within the family of the Aspergillaceae and among its various species of industrial relevance?Aspergillus niger, A. oryzae, A. terreus, Penicillium rubens?paralogous aox genes coexist. Paralogous genes generally arise from duplication and are inherited vertically. Here, we provide evidence of four independent duplication events along the lineage that resulted in aox paralogues (aoxB) in contemporary Aspergillus and Penicillium taxa. In some species, three aox genes are co-expressed. The origin of the A. niger paralogue is different than that of the A. terreus paralogue, but all paralogous clades ultimately arise from ubiquitous aoxA parent genes. We found different patterns of uncorrelated gene losses reflected in the Aspergillus pedigree, albeit the original aoxA orthologues persist everywhere and are never replaced. The loss of acquired paralogues co-determines the contemporary aox gene content of individual species. In Aspergillus calidoustus, the two more ancient paralogues have, in effect, been replaced by two aoxB genes of distinct origins.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Aspergillus
Penicillium
alternative oxidase
aox gene multiplicity
gene duplication
paralogous genes
gene loss
Megjelenés:Journal of Fungi. - 9 : 12 (2023), p. 1-18. -
További szerzők:Márton Alexandra (1994-) (mikrobiológus) Bíró Vivien (1994-)c(mikrobiológus) Ág Norbert (1987-) (okleveles biomérnök) Karaffa Erzsébet Mónika (1972-) (mikrobiológus, egyetemi tanár) Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Pályázati támogatás:ÚNKP-23-3-II-DE-359
Egyéb
ÚNKP-23-4-IDE-362
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

7.

001-es BibID:BIBFORM111705
035-os BibID:(cikkazonosító)570 (Scopus)85160535117 (WoS)000997803000001
Első szerző:Flipphi, Michel
Cím:Mutations in the Second Alternative Oxidase Gene: A New Approach to Group Aspergillus niger Strains / Michel Flipphi, Alexandra Márton, Vivien Bíró, Norbert Ág, Erzsébet Sándor, Erzsébet Fekete, Levente Karaffa
Dátum:2023
ISSN:2309-608X
Megjegyzések:Alternative oxidase is a terminal oxidase in the branched mitochondrial electron transport chain of most fungi including Aspergillus niger (subgenus Circumdati, section Nigri). A second, paralogous aox gene (aoxB) is extant in some A. niger isolates but also present in two divergent species of the subgenus Nidulantes A. calidoustus and A. implicatus?as well as in Penicillium swiecickii. Black aspergilli are cosmopolitan opportunistic fungi that can cause diverse mycoses and acute aspergillosis in immunocompromised individuals. Amongst the approximately 75 genome-sequenced A. niger strains, aoxB features considerable sequence variation. Five mutations were identified that rationally affect transcription or function or terminally modify the gene product. One mutant allele that occurs in CBS 513.88 and A. niger neotype strain CBS 554.65 involves a chromosomal deletion that removes exon 1 and intron 1 from aoxB. Another aoxB allele results from retrotransposon integration. Three other alleles result from point mutations: a missense mutation of the start codon, a frameshift, and a nonsense mutation. A. niger strain ATCC 1015 has a full-length aoxB gene. The A. niger sensu stricto complex can thus be subdivided into six taxa according to extant aoxB allele, which may facilitate rapid and accurate identification of individual species
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
ubiquinol:oxygen oxidoreductase encoding gene
Aspergillus niger sensu stricto complex
alleles
chromosomal deletion
retrotransposon insertion
point mutation
frameshift mutation
nonsense mutation
molecular taxonomy
Megjelenés:Journal of Fungi. - 9 : 5 (2023), p. 1-17. -
További szerzők:Márton Alexandra (1994-) (mikrobiológus) Bíró Vivien (1994-)c(mikrobiológus) Ág Norbert (1987-) (okleveles biomérnök) Karaffa Erzsébet Mónika (1972-) (mikrobiológus, egyetemi tanár) Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

8.

001-es BibID:BIBFORM075424
Első szerző:Flipphi, Michel
Cím:Emergence and loss of spliceosomal twin introns / Michel Flipphi, Norbert Ág, Levente Karaffa, Napsugár Kavalecz, Gustavo Cerqueira, Claudio Scazzocchio, Erzsébet Fekete
Dátum:2017
ISSN:2054-3085
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Fungal Biology and Biotechnology. - 4 : 1 (2017), p. 7. -
További szerzők:Ág Norbert (1987-) (okleveles biomérnök) Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Kavalecz Napsugár (1992-) (biomérnök) Cerqueira, Gustavo C. Scazzocchio, Claudio Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00008
GINOP
OTKA-116519
OTKA
BO/00548/14
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

9.

001-es BibID:BIBFORM051658
Első szerző:Flipphi, Michel
Cím:Spliceosome twin introns in fungal nuclear transcripts / Michel Flipphi, Erzsébet Fekete, Norbert Ág, Claudio Scazzocchio, Levente Karaffa
Dátum:2013
ISSN:1087-1845
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:Fungal Genetics and Biology. - 57 (2013), p. 48-57. -
További szerzők:Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Ág Norbert (1987-) (okleveles biomérnök) Scazzocchio, Claudio Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

10.

001-es BibID:BIBFORM080574
Első szerző:Kavalecz Napsugár (biomérnök)
Cím:The first instance of a lariat branch point motif-interrupted spliceosomal twin intron in Aspergilius nidulans / Napsugár Kavalecz, Michel Flipphi, Norbert Ág, Levente Karaffa, Claudio Scazzocchio, Erzsébet Fekete
Dátum:2018
ISBN:978 963 429 210 4
Tárgyszavak:Természettudományok Kémiai tudományok előadáskivonat
könyvrészlet
Megjelenés:VII. Interdiszciplináris Doktorandusz Konferencia 2018 absztraktkötet / szerk. Bódog Ferenc. - p. 73. -
További szerzők:Flipphi, Michel (1964-) Ág Norbert (1987-) (okleveles biomérnök) Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Scazzocchio, Claudio Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

11.

001-es BibID:BIBFORM079814
035-os BibID:(cikkazonosító)9940 (PMID)31289343 (WOS)000474505900051 (Scopus)85068776427
Első szerző:Kavalecz Napsugár (biomérnök)
Cím:A spliceosomal twin intron (stwintron) participates in both exon skipping and evolutionary exon loss / Napsugár Kavalecz, Norbert Ág, Levente Karaffa, Claudio Scazzocchio, Michel Flipphi, Erzsébet Fekete
Dátum:2019
ISSN:2045-2322
Megjegyzések:Spliceosomal twin introns (stwintrons) are introns where any of the three consensus sequences involved in splicing is interrupted by another intron (internal intron). In Aspergillus nidulans, a donor-disrupted stwintron (intron-1) is extant in the transcript encoding a reticulon-like protein. The orthologous transcript of Aspergillus niger can be alternatively spliced; the exon downstream the stwintron could be skipped by excising a sequence that comprises this stwintron, the neighbouring intron-2, and the exon bounded by these. This process involves the use of alternative 3? splice sites for the internal intron, the resulting alternative intervening sequence being a longer 3?-extended stwintron. In 29 species of Onygenales, a multi-step splicing process occurs in the orthologous transcript, in which a complex intervening sequence including the stwintron and neigbouring intron-2, generates by three splicing reactions a ?second order intron" which must then be excised with a fourth splicing event. The gene model in two species can be envisaged as one canonical intron (intron-1) evolved from this complex intervening sequence of nested canonical introns found elsewhere in Onygenales. Postulated splicing intermediates were experimentally verified in one or more species. This work illustrates a role of stwintrons in both alternative splicing and the evolution of intron structure.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Scientific Reports. - 9 : 1 (2019), p. 1-11. -
További szerzők:Ág Norbert (1987-) (okleveles biomérnök) Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Scazzocchio, Claudio Flipphi, Michel (1964-) Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.2-15-2016-00008
GINOP
NKFIH KH 129602
egyéb
NKFIH NN128867
egyéb
NKFIH NN116519
egyéb
BO/00093/18/8
egyéb
ÚNKP-18-3-II-DE-140
egyéb
ÚNKP-18-4-DE-3
egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

12.

001-es BibID:BIBFORM075416
Első szerző:Molnár Ákos Péter (okleveles biomérnök)
Cím:High oxygen tension increases itaconic acid accumulation, glucose consumption, and the expression and activity of alternative oxidase in Aspergillus terreus / Ákos P. Molnár, Zoltán Németh, István S. Kolláth, Erzsébet Fekete, Michel Flipphi, Norbert Ág, Áron Soós, Béla Kovács, Erzsébet Sándor, Christian P. Kubicek, Levente Karaffa
Dátum:2018
ISSN:0175-7598 1432-0614
Megjegyzések:Itaconic acid is a five-carbon dicarboxylic acid with an unsaturated alkene bond, frequently used as a building block for the industrial production of a variety of synthetic polymers. It is also one of the major products of fungal "overflow metabolism" which can be produced in submerged fermentations of the filamentous fungus Aspergillus terreus. At the present, molar yields of itaconate are lower than those obtained in citric acid production in Aspergillus niger. Here, we have studied the possibility that the yield may be limited by the oxygen supply during fermentation and hence tested the effect of the dissolved oxygen concentration on the itaconic acid formation rate and yield in lab-scale bioreactors. The data show that a dissolved oxygen concentration of 2% saturation was sufficient for maximal biomass formation. Raising it to 30% saturation had no effect on biomass formation or the growth rate, but the itaconate yield augmented substantially from 0.53 to 0.85 mol itaconate/mol glucose. Furthermore, the volumetric and specific rates of itaconic acid formation ameliorated by as much as 150% concurrent with faster glucose consumption, shortening the fermentation time by 48 h. Further increasing the dissolved oxygen concentration over 30% saturation had no effect. Moreover, we show that this increase in itaconic acid production coincides with an increase in alternative respiration, circumventing the formation of surplus ATP by the cytochrome electron transport chain, as well as with increased levels of alternative oxidase transcript. We conclude that high(er) itaconic acid accumulation requires a dissolved oxygen concentration that is much higher than that needed for maximal biomass formation, and postulate that the induction of alternative respiration allows the necessary NADH reoxidation ratio without surplus ATP production to increase the glucose consumption and the flux through overflow metabolism.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Aspergillus terreus
Itaconic acid
Alternative oxidase
Respiration
Submerged fermentation
Dissolved oxygen
Megjelenés:Applied Microbiology and Biotechnology. - 102 : 20 (2018), p. 8799-8808. -
További szerzők:Németh Zoltán (1987-) (biomérnök) Kolláth István Sándor (biomérnök) Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Flipphi, Michel (1964-) Ág Norbert (1987-) (okleveles biomérnök) Soós Áron (1990-) (élelmiszerbiztonsági és -minőségi mérnök) Kovács Béla (1963-) (okleveles vegyész, angol szakfordító) Karaffa Erzsébet Mónika (1972-) (mikrobiológus, egyetemi tanár) Kubicek, Christian P. Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1 
Corvina könyvtári katalógus v8.2.27 © 2023 Monguz kft. Minden jog fenntartva.