Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM067436
035-os BibID:	(WoS)000394827800001 (Scopus)85013301401
Első szerző:	De Vries, Ronald P.
Cím:	Comparative genomics reveals high biological diversity and specific adaptations in the industrially and medically important fungal genus Aspergillus / Ronald P. de Vries, Robert Riley, Ad Wiebenga, Guillermo Aguilar-Osorio, Sotiris Amillis, Cristiane Akemi Uchima, Gregor Anderluh, Mojtaba Asadollahi, Marion Askin, Kerrie Barry, Evy Battaglia, Özgür Bayram, Tiziano Benocci, Susanna A. Braus-Stromeyer, Camila Caldana, David Cánovas, Gustavo C. Cerqueira, Fusheng Chen, Wanping Chen, Cindy Choi, Alicia Clum, Renato Augusto Corrêa dos Santos, André Ricardo de Lima Damásio, George Diallinas, Tamás Emri, Erzsébet Fekete, Michel Flipphi, Susanne Freyberg, Antonia Gallo, Christos Gournas, Rob Habgood, Matthieu Hainaut, María Laura Harispe, Bernard Henrissat, Kristiina S. Hildén, Ryan Hope, Abeer Hossain, Eugenia Karabika, Levente Karaffa, Zsolt Karányi, Nada Kraševec, Alan Kuo, Harald Kusch, Kurt LaButti, Ellen L. Lagendijk, Alla Lapidus, Anthony Levasseur, Erika Lindquist, Anna Lipzen, Antonio F. Logrieco, Andrew MacCabe, Miia R. Mäkelä, Iran Malavazi, Petter Melin, Vera Meyer, Natalia Mielnichuk, Márton Miskei, Ákos P. Molnár, Giuseppina Mulé, Chew Yee Ngan, Margarita Orejas, Erzsébet Orosz, Jean Paul Ouedraogo, Karin M. Overkamp, Hee-Soo Park, Giancarlo Perrone, Francois Piumi, Peter J. Punt, Arthur F. J. Ram, Ana Ramón, Stefan Rauscher, Eric Record, Diego Mauricio Riaño-Pachón, Vincent Robert, Julian Röhrig, Roberto Ruller, Asaf Salamov, Nadhira S. Salih, Rob A. Samson, Erzsébet Sándor, Manuel Sanguinetti, Tabea Schütze, Kristina Sepčić, Ekaterina Shelest, Gavin Sherlock, Vicky Sophianopoulou, Fabio M. Squina, Hui Sun, Antonia Susca, Richard B. Todd, Adrian Tsang, Shiela E. Unkles, Nathalie van de Wiele, Diana van Rossen-Uffink, Juliana Velasco de Castro Oliveira, Tammi C. Vesth, Jaap Visser, Jae-Hyuk Yu, Miaomiao Zhou, Mikael R. Andersen, David B. Archer, Scott E. Baker, Isabelle Benoit, Axel A. Brakhage, Gerhard H. Braus, Reinhard Fischer, Jens C. Frisvad, Gustavo H. Goldman, Jos Houbraken, Berl Oakley, István Pócsi, Claudio Scazzocchio, Bernhard Seiboth, Patricia A. van Kuyk, Jennifer Wortman, Paul S. Dyer, Igor V. Grigoriev
Dátum:	2017
ISSN:	1474-760X
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk biological diversity
Megjelenés:	Genome Biology. - 18 : 28 (2017), p. 1-45. -
További szerzők:	Riley, Robert Wiebenga, Ad Aguilar-Osorio, Guillermo Amillis, Sotiris Akemi Uchima, Cristiane Anderluh, Gregor Asadollahi, Mojtaba Askin, Marion Barry, Kerrie Battaglia, Evy Bayram, Özgür Benocci, Tiziano Braus-Stromeyer, Susanna A. Caldana, Camila Cánovas, David Cerqueira, Gustavo C. Chen, Fusheng Chen, Wanping Choi, Cindy Clum, Alicia Corrêa dos Santos, Renato Augusto Lima Damásio, André Ricardo de Diallinas, George Emri Tamás (1969-) (biológus) Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Flipphi, Michel (1964-) Freyberg, Suzanne Gallo, Antonia Gournas, Christos Habgood, Rob Hainaut, Matthieu Harispe, María Laura Henrissat, Bernard Hildén, Kristiina S. Hope, Ryan Hossain, Abeer Karabika, Eugenia Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Kraševec, Nada Kuo, Alan Kusch, Harald LaButti, Kurt Lagendijk, Ellen L. Lapidus, Alla Levasseur, Anthony Lindquist, Erika Lipzen, Anna Logrieco, Antonio F. MacCabe, Andrew Mäkelä, Miia R. Malavazi, Iran Melin, Petter Meyer, Vera Mielnichuk, Natalia Miskei Márton (1978-) (molekuláris biológus, genetikus) Molnár Ákos Péter (1988-) (okleveles biomérnök) Mulé, Giuseppina Ngan, Chew Yee Orejas, Margarita Orosz Erzsébet (1988-) (biológus) Ouedraogo, Jean Paul Overkamp, Karin M. Park, Hee-Soo Perrone, Giancarlo Piumi, Francois Punt, Peter J. Ram, Arthur F.J. Ramón, Ana Rauscher, Stefan Record, Eric Riaño-Pachón, Diego Mauricio Robert, Vincent Röhrig, Julian Ruller, Roberto Salamov, Asaf Salih, Nadhira S. Samson, Robert A. Karaffa Erzsébet Mónika (1972-) (mikrobiológus, egyetemi tanár) Sanguinetti, Manuel Schütze, Tabea Sepčić, Kristina Shelest, Ekaterina Sherlock, Gavin Sophianopoulou, Vicky Squina, Fabio M. Sun, Hui Susca, Antonia Todd, Richard B. Tsang, Adrian Unkles, Shiela E. Wiele, Nathalie van de Rossen-Uffink, Diana van Velasco de Castro Oliveira, Juliana Vesth, Tammi C. Visser, Jaap Yu Jae-Hyuk Zhou, Miaomiao Andersen, Mikael R. Archer, David Baker, Scott E. Benoit, Isabelle Brakhage, Axel A. Braus, Gerhard Fischer, Reinhard Frisvad, Jens Christian Goldman, Gustavo Houbraken, Jos Oakley, Berl R. Pócsi István (1961-) (vegyész) Scazzocchio, Claudio Seiboth, Bernhard Kuyk, Patricia A. van Wortman, Jennifer Russo Dyer, Paul S. Grigoriev, Igor V.
Pályázati támogatás:	OTKA-K100464 OTKA TÁMOP 4.2.1./B-09/1/KONV-2010-0007 TÁMOP SROP-4.2.2.B-15/1/KONV-2015-0001 Egyéb
Internet cím:	DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM087492
035-os BibID:	(WoS)000512705600001 (Scopus)85078709498
Első szerző:	Fejes Balázs
Cím:	The effects of external Mn2+ concentration on hyphal morphology and citric acid production are mediated primarily by the NRAMP-family transporter DmtA in Aspergillus niger / Balázs Fejes, Jean-Paul Ouedraogo, Erzsébet Fekete, Erzsébet Sándor, Michel Flipphi, Áron Soós, Ákos P. Molnár, Béla Kovács, Christian P. Kubicek, Adrian Tsang, Levente Karaffa
Dátum:	2020
ISSN:	1475-2859
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Microbial Cell Factories. - 19 : 1 (2020), p. 1-11. -
További szerzők:	Ouedraogo, Jean Paul Fekete Erzsébet (1975-) (biotechnológus, egyetemi tanár) Karaffa Erzsébet Mónika (1972-) (mikrobiológus, egyetemi tanár) Flipphi, Michel (1964-) Soós Áron (1990-) (élelmiszerbiztonsági és -minőségi mérnök) Molnár Ákos Péter (1988-) (okleveles biomérnök) Kovács Béla (1963-) (okleveles vegyész, angol szakfordító) Kubicek, Christian P. Tsang, Adrian Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Pályázati támogatás:	ÚNKP-19-3 Egyéb ÚNKP-19-4 Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM125016
Első szerző:	Fekete Erzsébet (biotechnológus, egyetemi tanár)
Cím:	Transcriptomics identify the triggering of citrate export as the key event caused by manganese deficiency in / Erzsébet Fekete, Vivien Bíró, Alexandra Márton, István Bakondi-Kovács, Erzsébet Sándor, Béla Kovács, Nicholas Geoffrion, Adrian Tsang, Christian P. Kubicek, Levente Karaffa1
Dátum:	2024
ISSN:	2165-0497
Megjegyzések:	For over a century, the filamentous Ascomycete fungus Aspergillus niger has played a pivotal role in the industrial production of citric acid. A critical fermentation parameter that sustains high-yield citric acid accumulation is the suboptimal concentration of manganese(II) ions in the culture broth at the early stages of the process. However, the requirement for this deficiency has not been investigated on a functional genomics level. In this study, we compared the transcriptome of the citric acid hyper-producer A. niger NRRL2270 strain grown under citric acid-producing conditions in 6-L scale bioreactors at Mn2+ ion-deficient (5 ppb) and Mn2+ ion-sufficient (100 ppb) conditions at three early time points of cultivation. Of the 11,846 genes in the genome, 963 genes (8.1% of the total) were identified as significantly differentially expressed under these conditions. Disproportionately high number of differentially regulated genes encode predicted extracellular and membrane proteins. The most abundant gene group that was upregulated in Mn2+ ion deficiency condition encodes enzymes acting on polysaccharides. In contrast, six clusters of genes encoding secondary metabolites showed downregulation under manganese deficiency. Mn2+ deficiency also triggers upregulation of the cexA gene, which encodes the citrate exporter. We provide functional evidence that the upregulation of cexA is caused by the intracellular accumulation of citrate or acetyl-CoA and is a major factor in triggering citrate overflow. IMPORTANCE Citric acid is produced on industrial scale by batch fermentation of the filamentous fungus Aspergillus niger. High-yield citric acid production requires a low (<5 ppb) manganese(II) ion concentration in the culture broth. However, the requirement for this deficiency has not been investigated on a functional genomics level. Here, we compared the transcriptome of a citric acid hyper-producer A. niger strain grown under citric acid-producing conditions in 6-L scale bioreactors at Mn2+ ion-deficient (5 ppb) and Mn2+ ion-sufficient (100 ppb) conditions at three early time points of cultivation. We observed that Mn2+ deficiency triggers an upregulation of the citrate exporter gene cexA and provides functional evidence that this event is responsible for citrate overflow. In addition to the industrial relevance, this is the first study that examined the role of Mn2+ ion deficiency in a heterotrophic eukaryotic cell on a genome-wide scale.
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk Aspergillus niger citric acid manganese ions citrate exporter cexA transcriptomics gene expression
Megjelenés:	Microbiology Spectrum. - - (2024), p.1-18. -
További szerzők:	Bíró Vivien (1994-)c(mikrobiológus) Márton Alexandra (1994-) (mikrobiológus) Bakondi-Kovács István (1963-) (mikrobiológus) Karaffa Erzsébet Mónika (1972-) (mikrobiológus, egyetemi tanár) Kovács Béla (1963-) (okleveles vegyész, angol szakfordító) Geoffrion, Nicholas Tsang, Adrian Kubicek, Christian P. Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM103023
035-os BibID:	(cikkazonosító)935902 (WoS)000843102800001 (Scopus)85136210735
Első szerző:	Fekete Erzsébet (biotechnológus, egyetemi tanár)
Cím:	Bioreactor as the root cause of the "manganese effect" during Aspergillus niger citric acid fermentations / Fekete Erzsébet, Bíró Vivien, Márton Alexandra, Bakondi-Kovács István, Németh Zoltán Sándor Erzsébet, Kovács Béla, Fábián István, Kubicek Christian P., Tsang Adrian, Karaffa Levente
Dátum:	2022
ISSN:	2296-4185
Megjegyzések:	High-yield citric acid production by the filamentous Ascomycete fungus Aspergillus niger requires a combination of extreme nutritional conditions, of which maintaining a low manganese (II) ion concentration (<5 ?g L?1 ) is a key feature. Technical-scale production of citric acid predominantly uses stainless- steel tank fermenters, but glass bioreactors used for strain improvement and manufacturing process development also contain stainless steel components, in which manganese is an essential alloying element. We show here that during citric acid fermentations manganese (II) ions were leaching from the bioreactor into the growth media, resulting in altered fungal physiology and morphology, and significant reduction of citric acid yields. The leaching of manganese (II) ions was dependent on the fermentation time, the acidity of the culture broth and the sterilization protocol applied. Manganese (II) ion leaching was partially mitigated by electrochemical polishing of stainless steel components of the bioreactor. High concentrations of manganese (II) ions during early cultivation led to a reduction in citric acid yield. However, the effect of manganese (II) ions on the reduction of citric acid yield diminished towards the second half of the fermentation. Since maintaining low concentrations of manganese (II) ions is costly, the results of this study can potentially be used to modify protocols to reduce the cost of citric acid production.
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk Aspergillus niger manganese ions citric acid stainless steel metal ions leaching fungal morphology
Megjelenés:	Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. - 10 (2022), p. 1-12. -
További szerzők:	Bíró Vivien (1994-)c(mikrobiológus) Márton Alexandra (1994-) (mikrobiológus) Bakondi-Kovács István (1963-) (mikrobiológus) Németh Zoltán (1987-) (biomérnök) Karaffa Erzsébet Mónika (1972-) (mikrobiológus, egyetemi tanár) Kovács Béla (1963-) (okleveles vegyész, angol szakfordító) Fábián István (1956-) (vegyész) Kubicek, Christian P. Tsang, Adrian Karaffa Levente (1971-) (biotechnológus, egyetemi tanár)
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: