Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM103379
035-os BibID:	(cikkazonosító)5058 (WoS)000846449200018 (Scopus)85137080090
Első szerző:	Karányi Zsolt (biostatisztikus, bioinformatikus)
Cím:	NODULIN HOMEOBOX is required for heterochromatin homeostasis in Arabidopsis / Zsolt Karányi, Ágnes Mosolygó-L., Orsolya Feró, Adrienn Horváth, Beáta Boros-Oláh, Éva Nagy, Szabolcs Hetey, Imre Holb, Henrik Szaker, Marton Miskei, Tibor Csorba, Lóránt Székvölgyi
Dátum:	2022
ISSN:	2041-1723
Megjegyzések:	Arabidopsis NODULIN HOMEOBOX (NDX) is a nuclear protein described as a regulator of specific euchromatic genes within transcriptionally active chromosome arms. Here we show that NDX is primarily a heterochromatin regulator that functions in pericentromeric regions to control siRNA production and non-CG methylation. Most NDX binding sites coincide with pericentromeric het-siRNA loci that mediate transposon silencing, and are antagonistic with R-loop structures that are prevalent in euchromatic chromosomal arms. Inactivation of NDX leads to differential siRNA accumulation and DNA methylation, of which CHH/CHG hypomethylation colocalizes with NDX binding sites. Hi-C analysis shows significant chromatin structural changes in the ndx mutant, with decreased intrachromosomal interactions at pericentromeres where NDX is enriched in wild-type plants, and increased interchromosomal contacts between KNOT-forming regions, similar to those observed in DNA methylation mutants. We conclude that NDX is a key regulator of heterochromatin that is functionally coupled to het-siRNA loci and non-CG DNA methylation pathways.
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Nature Communications. - 13 (2022), p. 1-20. -
További szerzők:	Mosolygó Ágnes (1986-) (biológus) Feró Orsolya Horváth Adrienn Boros-Oláh Beáta (1989-) (molekuláris biológus) Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Hetey Szabolcs Holb Imre (1973-) (agrármérnök) Szaker Henrik Miskei Márton (1978-) (molekuláris biológus, genetikus) Csorba Tibor Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:	MTA-DE Lendület MTA Élettudományok - Biológiai tudományok GINOP-2.3.2-15-2016-00024 GINOP NNE-130913 OTKA 137678 OTKA TKP2021-EGA-18 Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM095689
035-os BibID:	(WoS)000684852400006 (Scopus)85111011996
Első szerző:	Miskei Márton (molekuláris biológus, genetikus)
Cím:	Genome-wide mapping of binding sites of the transposase-derived SETMAR protein in the human genome / Márton Miskei, Adrienn Horváth, Lívia Viola, Laura Varga, Éva Nagy, Orsolya Feró, Zsolt Karányi, Jason Roszik, Csaba Miskey, Zoltán Ivics, Lóránt Székvölgyi
Dátum:	2021
ISSN:	2001-0370
Megjegyzések:	Throughout evolution, DNA transposons provide a recurrent supply of genetic information to give rise to novel gene functions by fusion of their transposase domain to various domains of host-encoded proteins. One of these "domesticated", transposase-derived factors is SETMAR/Metnase which is a naturally occurring fusion protein that consists of a histone-lysine methyltransferase domain and an HsMar1 transposase. To elucidate the biological role of SETMAR, it is crucial to identify genomic targets to which SETMAR specifically binds and link these sites to the regulation of gene expression. Herein, we mapped the genomic landscape of SETMAR binding in a near-haploid human leukemia cell line (HAP1) in order to identify on-target and off-target binding sites at high resolution and to elucidate their role in terms of gene expression. Our analysis revealed a perfect correlation between SETMAR and inverted terminal repeats (ITRs) of HsMar1 transposon remnants, which are considered as natural target sites for SETMAR binding. However, we did not detect any untargeted events at non-ITR sequences, calling into question previously proposed off-target binding sites. We identified sequence fidelity of the ITR motif as a key factor for determining the binding affinity of SETMAR for chromosomes, as higher conservation of ITR sequences resulted in increased affinity for chromatin and stronger repression of SETMAR-bound gene loci. These associations highlight how SETMAR's chromatin binding fine-tune gene regulatory networks in human tumour cells.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk SETMAR/Metnase transposase histone methyltransferase ChIP-seq
Megjelenés:	Computational and Structural Biotechnology Journal. - 19 (2021), p. 4032-4041. -
További szerzők:	Horváth Adrienn Viola Lívia Varga Laura Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Feró Orsolya Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Roszik, Jason Miskey Csaba Ivics Zoltán (1964-) (biológus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.2-15-2016-00024 GINOP NKFIH-NNE-130913 OTKA
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: