Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM112379
035-os BibID:	(cikkazonosító)364 (WoS)001003037300001 (Scopus)85161068901
Első szerző:	Feró Orsolya
Cím:	Coding and noncoding transcriptomes of NODULIN HOMEOBOX (NDX)-deficient Arabidopsis inflorescence / Feró Orsolya, Karányi Zsolt, Nagy Éva, Mosolygó-L. Ágnes, Szaker Henrik Mihály, Csorba Tibor, Székvölgyi Lóránt
Dátum:	2023
ISSN:	2052-4463
Megjegyzések:	Arabidopsis NODULIN HOMEOBOX (NDX) is a plant-specific transcriptional regulator whose role in small RNA biogenesis and heterochromatin homeostasis has recently been described. Here we extend our previous transcriptomic analysis to the flowering stage of development. We performed mRNA-seq and small RNA-seq measurements on inflorescence samples of wild-type and ndx1-4 mutant (WiscDsLox344A04) Arabidopsis plants. We identified specific groups of differentially expressed genes and noncoding heterochromatic siRNA (hetsiRNA) loci/regions whose transcriptional activity was significantly changed in the absence of NDX. In addition, data obtained from inflorescence were compared with seedling transcriptomics data, which revealed development-specific changes in gene expression profiles. Overall, we provide a comprehensive data source on the coding and noncoding transcriptomes of NDX-deficient Arabidopsis flowers to serve as a basis for further research on NDX function.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk kromatinszerkezet big data bioinformatika genomika
Megjelenés:	Scientific Data. - 10 : 1 (2023), p. 1-12. -
További szerzők:	Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Mosolygó Ágnes (1986-) (biológus) Szaker Henrik Csorba Tibor Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:	NKFIH-K-142137 Egyéb NKFIH-NNE-130913 Egyéb TKP2021-EGA-18 Egyéb UNKP-21-5-DE-11 Egyéb NKFIH-K129283 Egyéb K137722 OTKA K136513 OTKA
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM068037
Első szerző:	Halász László (molekuláris biológus)
Cím:	RNA-DNA hybrid (R-loop) immunoprecipitation mapping : an analytical workflow to evaluate inherent biases / Halász László, Karányi Zsolt, Boros-Oláh Beáta, Kuik-Rózsa Tímea, Sipos Éva, Nagy Éva, Mosolygó-Lukács Ágnes, Mázló Anett, Rajnavölgyi Éva, Halmos Gábor, Székvölgyi Lóránt
Dátum:	2017
ISSN:	1088-9051
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Megjelenés:	Genome Research. - 27 :6 (2017), p. 1063-1073. -
További szerzők:	Karányi Zsolt (1961-) (biostatisztikus, bioinformatikus) Boros-Oláh Beáta (1989-) (molekuláris biológus) Kuik-Rózsa Tímea Sipos Éva (1989-) (gyógyszerész) Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Mosolygó Ágnes (1986-) (biológus) Türk-Mázló Anett (1989-) (molekuláris biológus) Rajnavölgyi Éva (1950-) (immunológus) Halmos Gábor (1962-) (gyógyszerész, receptorfarmakológus, experimentális onkológus) Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:	H2020/NKFIH NKFIH GINOP-2.3.2-15-2016-00024 GINOP
Internet cím:	Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat DOI
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM103379
035-os BibID:	(cikkazonosító)5058 (WoS)000846449200018 (Scopus)85137080090
Első szerző:	Karányi Zsolt (biostatisztikus, bioinformatikus)
Cím:	NODULIN HOMEOBOX is required for heterochromatin homeostasis in Arabidopsis / Zsolt Karányi, Ágnes Mosolygó-L., Orsolya Feró, Adrienn Horváth, Beáta Boros-Oláh, Éva Nagy, Szabolcs Hetey, Imre Holb, Henrik Szaker, Marton Miskei, Tibor Csorba, Lóránt Székvölgyi
Dátum:	2022
ISSN:	2041-1723
Megjegyzések:	Arabidopsis NODULIN HOMEOBOX (NDX) is a nuclear protein described as a regulator of specific euchromatic genes within transcriptionally active chromosome arms. Here we show that NDX is primarily a heterochromatin regulator that functions in pericentromeric regions to control siRNA production and non-CG methylation. Most NDX binding sites coincide with pericentromeric het-siRNA loci that mediate transposon silencing, and are antagonistic with R-loop structures that are prevalent in euchromatic chromosomal arms. Inactivation of NDX leads to differential siRNA accumulation and DNA methylation, of which CHH/CHG hypomethylation colocalizes with NDX binding sites. Hi-C analysis shows significant chromatin structural changes in the ndx mutant, with decreased intrachromosomal interactions at pericentromeres where NDX is enriched in wild-type plants, and increased interchromosomal contacts between KNOT-forming regions, similar to those observed in DNA methylation mutants. We conclude that NDX is a key regulator of heterochromatin that is functionally coupled to het-siRNA loci and non-CG DNA methylation pathways.
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk
Megjelenés:	Nature Communications. - 13 (2022), p. 1-20. -
További szerzők:	Mosolygó Ágnes (1986-) (biológus) Feró Orsolya Horváth Adrienn Boros-Oláh Beáta (1989-) (molekuláris biológus) Nagy Éva (1980-) (molekuláris biológus) Hetey Szabolcs Holb Imre (1973-) (agrármérnök) Szaker Henrik Miskei Márton (1978-) (molekuláris biológus, genetikus) Csorba Tibor Székvölgyi Lóránt (1977-) (biofizikus, biokémikus, sejtbiológus)
Pályázati támogatás:	MTA-DE Lendület MTA Élettudományok - Biológiai tudományok GINOP-2.3.2-15-2016-00024 GINOP NNE-130913 OTKA 137678 OTKA TKP2021-EGA-18 Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: