CCL

Összesen 2 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM077627
035-os BibID:(WoS)000467964800013 (Scopus)85064477457
Első szerző:Horváth Attila (programtervező informatikus)
Cím:Labelled regulatory elements are pervasive features of the macrophage genome and are dynamically utilized by classical and alternative polarization signals / Attila Horvath, Bence Daniel, Lajos Szeles, Ixchelt Cuaranta-Monroy, Zsolt Czimmerer, Lilla Ozgyin, Laszlo Steiner, Mate Kiss, Zoltan Simandi, Szilard Poliska, Nikolas Giannakis, Emanuele Raineri, Ivo G. Gut, Benedek Nagy, Laszlo Nagy
Dátum:2019
ISSN:0305-1048 1362-4962
Megjegyzések:The concept of tissue-specific gene expression posits that lineage-determining transcription factors (LDTFs) determine the open chromatin profile of a cell via collaborative binding, providing molecular beacons to signal-dependent transcription factors (SDTFs). However, the guiding principles of LDTF binding, chromatin accessibility and enhancer activity have not yet been systematically evaluated. We sought to study these features of the macrophage genome by the combination of experimental (ChIP-seq, ATAC-seq and GRO-seq) and computational approaches. We show that Random Forest and Support Vector Regression machine learning methods can accurately predict chromatin accessibility using the binding patterns of the LDTF PU.1 and four other key TFs of macrophages (IRF8, JUNB, CEBPA and RUNX1). Any of these TFs alone were not sufficient to predict open chromatin, indicating that TF binding is widespread at closed or weakly opened chromatin regions. Analysis of the PU.1 cistrome revealed that two-thirds of PU.1 binding occurs at low accessible chromatin. We termed these sites labelled regulatory elements (LREs), which may represent a dormant state of a future enhancer and contribute to macrophage cellular plasticity. Collectively, our work demonstrates the existence of LREs occupied by various key TFs, regulating specific gene expression programs triggered by divergent macrophage polarizing stimuli.
Tárgyszavak:Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Nucleic Acids Research. - 47 : 6 (2019), p. 2778-2792. -
További szerzők:Dániel Bence (1987-) (molekuláris biológus) Széles Lajos (1971-) (molekuláris biológus) Cuaranta-Monroy, Ixchelt (1979-) (Ph.D. hallgató) Czimmerer Zsolt (1981-) (molekuláris biológus) Ozgyin Lilla (1989-) (molekuláris biológus) Steiner László Kiss Máté Simándi Zoltán (1984-) (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Giannakis, Nikolas Raineri, Emanuele Gut, Ivo G. Nagy Benedek (1973-) (informatikus, matematikus) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:NKFIH K116855
NKFIH
NKFIH K124298
NKFIH
NKFIH KH126885
NKFIH
GINOP-2.3.2-15-2016-00006
GINOP
GINOP-2.1.7-15-2016-01487
GINOP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM106015
035-os BibID:(cikkazonosító)763 (WoS)000897492900003 (Scopus)85143655424
Első szerző:Laczik Miklós (bioinformatikus/molekuláris biológus)
Cím:Extensive proteome and functional genomic profiling of variability between genetically identical human B-lymphoblastoid cells / Laczik Miklós, Erdős Edina, Ozgyin Lilla, Hevessy Zsuzsanna, Csősz Éva, Kalló Gergő, Nagy Tibor, Barta Endre, Póliska Szilárd, Szatmári István, Bálint Bálint László
Dátum:2022
ISSN:2052-4463
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Scientific Data. - 9 : 1 (2022), p. 1-12. -
További szerzők:Erdős Edina (1989-) (klinikai laboratóriumi kutató) Ozgyin Lilla (1989-) (molekuláris biológus) Hevessy Zsuzsanna (1966-) (laboratóriumi szakorvos) Csősz Éva (1977-) (biokémikus, molekuláris biológus) Kalló Gergő (1989-) (molekuláris biológus) Nagy Tibor (Gödöllő) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Szatmári István (1971-) (biológus) Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos)
Pályázati támogatás:GINOP-2.3.3-15-2016-00007
GINOP
GINOP-2.3.3-15-2016-00020
GINOP
EFOP-3.6.1-16-2016-00022
EFOP
OTKA K 129166
OTKA
OTKA K 124890
OTKA
TAMOP 4.2.4.A/2-11-1-2012-0001
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1