Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM065115
Első szerző:	Nagy Gergely (molekuláris biológus)
Cím:	Motif oriented high-resolution analysis of ChIP-seq data reveals the topological order of CTCF and cohesin proteins on DNA / Gergely Nagy, Erik Czipa, László Steiner, Tibor Nagy, Sándor Pongor, László Nagy, Endre Barta
Dátum:	2016
ISSN:	1471-2164
Megjegyzések:	BACKGROUND:ChIP-seq provides a wealth of information on the approximate location of DNA-binding proteins genome-wide. It is known that the targeted motifs in most cases can be found at the peak centers. A high resolution mapping of ChIP-seq peaks could in principle allow the fine mapping of the protein constituents within protein complexes, but the current ChIP-seq analysis pipelines do not target the basepair resolution strand specific mapping of peak summits.RESULTS:The approach proposed here is based on i) locating regions that are bound by a sufficient number of proteins constituting a complex; ii) determining the position of the underlying motif using either a direct or a de novo motif search approach; and iii) determining the exact location of the peak summits with respect to the binding motif in a strand specific manner. We applied this method for analyzing the CTCF/cohesin complex, which holds together DNA loops. The relative positions of the constituents of the complex were determined with one-basepair estimated accuracy. Mapping the positions on a 3D model of DNA made it possible to deduce the approximate local topology of the complex that allowed us to predict how the CTCF/cohesin complex locks the DNA loops. As the positioning of the proteins was not compatible with previous models of loop closure, we proposed a plausible "double embrace" model in which the DNA loop is held together by two adjacent cohesin rings in such a way that the ring anchored by CTCF to one DNA duplex encircles the other DNA double helix and vice versa.CONCLUSIONS:A motif-centered, strand specific analysis of ChIP-seq data improves the accuracy of determining peak positions. If a genome contains a large number of binding sites for a given protein complex, such as transcription factor heterodimers or transcription factor/cofactor complexes, the relative position of the constituent proteins on the DNA can be established with an accuracy that allow one to deduce the local topology of the protein complex. The proposed high resolution mapping approach of ChIP-seq data is applicable for detecting the contact topology of DNA-binding protein complexes.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban CTCF DNA loop cohesin ChIP-seq
Megjelenés:	BMC Genomics. - 17 : 637 (2016), p. 1-9. -
További szerzők:	Czipa Erik (1990-) (molekuláris biológus, bioinformatikus) Steiner László Nagy Tibor (Gödöllő) Pongor Sándor Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus)
Pályázati támogatás:	TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0010 TÁMOP
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM055639
035-os BibID:	(scopus)84923228096 (wos)000349849000009
Első szerző:	Simándi Zoltán (Ph.D. hallgató, molekuláris biológus)
Cím:	PRMT1 and PRMT8 regulate retinoic acid-dependent neuronal differentiation with implications to neuropathology / Zoltan Simandi, Erik Czipa, Attila Horvath, Aron Koszeghy, Csilla Bordas, Szilárd Póliska, István Juhász, László Imre, Gábor Szabó, Balazs Dezso, Endre Barta, Sascha Sauer, Katalin Karolyi, Ilona Kovacs, Gábor Hutóczky, László Bognár, Álmos Klekner, Peter Szucs, Bálint L. Bálint, Laszlo Nagy
Dátum:	2015
ISSN:	1066-5099
Tárgyszavak:	Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk stem cells neuronal differentiation retinoic acid PRMT1 PRMT8
Megjelenés:	Stem Cells. - 33 : 3 (2015), p. 726-741. -
További szerzők:	Czipa Erik (1990-) (molekuláris biológus, bioinformatikus) Horváth Attila (1988-) (programtervező informatikus) Kőszeghy Áron (1983-) (Ph.D hallgató, élettanász) Bordás Csilla Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Juhász István (1956-) (bőrgyógyász, bőrsebész, kozmetológus, klinikai onkológus) Imre László (1979-) (biológus) Szabó Gábor (1953-) (biofizikus) Dezső Balázs (1951-) (pathológus) Barta Endre (1963-) (molekuláris biológus) Sauer, Sascha Károlyi Katalin Kovács Ilona (1965-) (patológus) Hutóczki Gábor (1983-) (Ph.D. hallgató) Bognár László (1958-) (idegsebész, gyermekidegsebész) Klekner Álmos (1970-) (idegsebész) Szűcs Péter (1974-) (kutatóorvos) Bálint Bálint László (1971-) (kutató orvos) Nagy László (1966-) (molekuláris sejtbiológus, biokémikus)
Pályázati támogatás:	K100196 OTKA TÁMOP-4.2.2/B-10/1-2010-0024 TÁMOP Molekuláris Sejt- és Immunbiológiai Doktori Iskola TÁMOP-4.2.4.A/2-11-1-2012-0001/A2-JADJ-13 TÁMOP F68254 OTKA TÁMOP-4.2.4.A/2-11-1-2012-0001 TÁMOP
Internet cím:	Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat DOI
Borító:
Saját polcon: