Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM082083
Első szerző:	Czipa Erik (molekuláris biológus, bioinformatikus)
Cím:	ChIPSummitDB : a ChIP-seq based database of human transcription factor binding sites and the topological arrangements of the proteins bound to them / Czipa Erik, Schiller Mátyás, Nagy Tibor, Kontra Levente, Steiner László, Koller Júlia, Pálné Szén Orsolya, Barta Endre
Dátum:	2020
ISSN:	1758-0463
Megjegyzések:	ChIP-Seq reveals genomic regions where proteins, e.g. transcription factors (TFs) interact with DNA. A substantial fraction of these regions, however, do not contain the cognate binding site for the TF of interest. This phenomenon might be explained by protein-protein interactions and co-precipitation of interacting gene regulatory elements. We uniformly processed 3,727 human ChIP-Seq data sets and determined the cistrome of 292 TFs, as well as the distances between the TF binding motif centers and the ChIP-Seq peak summits. ChIPSummitDB enables the analysis of ChIP-Seq data using multiple approaches. The 292 cistromes and corresponding ChIP-Seq peak sets can be browsed in GenomeView. Overlapping SNPs can be inspected in dbSNPView. Most importantly, the MotifView and PairShiftView pages show the average distance between motif centers and overlapping ChIP-Seq peak summits and distance distributions thereof, respectively. In addition to providing a comprehensive human TF binding site collection, the ChIPSummitDB database and web interface allows for the examination of the topological arrangement of TF complexes genome-wide. ChIPSummitDB is freely accessible at http://summit.med.unideb.hu/summitdb/. The database will be regularly updated and extended with the newly available human and mouse ChIP-Seq data sets.
Tárgyszavak:	Orvostudományok Elméleti orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban folyóiratcikk ChIP-seq database Transcription factor binding site peak summit
Megjelenés:	Database - The Journal of Biological Databases and Curation. - 2020 (2020), p. baz141. -
További szerzők:	Schiller Mátyás Nagy Tibor (orvos) Kontra Levente Steiner László Koller Júlia Pálné Szén Orsolya Barta Endre (1963-) (biológus)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.2-15-2016-00044 GINOP 20428-3_2018_FELITSTRAT FIKP 2017-1.3.1-vke-2017-00026 Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon: