CCL

Összesen 19 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM112185
035-os BibID:(cikkazonosító)1181039 (Scopus)85161895018 (WoS)001007263700001
Első szerző:Agius, Dolores Rita
Cím:Exploring the crop epigenome: a comparison of DNA methylation profiling techniques / Agius, Dolores Rita; Kapazoglou, Aliki; Avramidou, Evangelia; Baranek, Miroslav; Carneros, Elena; Caro, Elena; Castiglione, Stefano; Cicatelli, Angela; Radanovic, Aleksandra; Ebejer, Jean-Paul; Gackowski, Daniel; Guarino, Francesco; Gulyás, Andrea; Hidvégi, Norbert; Hoenicka, Hans; Inácio, Vera; Johannes, Frank; Karalija, Erna; Lieberman-Lazarovich, Michal; Martinelli, Federico; Maury, Stéphane; Mladenov, Velimir; Morais-Cecílio, Leonor; Pecinka, Ales; Tani, Eleni; Testillano, Pilar S.; Todorov, Dimitar; Valledor, Luis; Vassileva, Valya
Dátum:2023
ISSN:1664-462X
Megjegyzések:Epigenetic modifications play a vital role in the preservation of genome integrity and in the regulation of gene expression. DNA methylation, one of the key mechanisms of epigenetic control, impacts growth, development, stress response and adaptability of all organisms, including plants. The detection of DNA methylation marks is crucial for understanding the mechanisms underlying these processes and for developing strategies to improve productivity and stress resistance of crop plants. There are different methods for detecting plant DNA methylation, such as bisulfite sequencing, methylation-sensitive amplified polymorphism, genome-wide DNA methylation analysis, methylated DNA immunoprecipitation sequencing, reduced representation bisulfite sequencing, MS and immuno-based techniques. These profiling approaches vary in many aspects, including DNA input, resolution, genomic region coverage, and bioinformatics analysis. Selecting an appropriate methylation screening approach requires an understanding of all these techniques. This review provides an overview of DNA methylation profiling methods in crop plants, along with comparisons of the efficacy of these techniques between model and crop plants. The strengths and limitations of each methodological approach are outlined, and the importance of considering both technical and biological factors are highlighted. Additionally, methods for modulating DNA methylation in model and crop species are presented. Overall, this review will assist scientists in making informed decisions when selecting an appropriate DNA methylation profiling method. Introduction
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Frontiers in Plant Science. - 14 (2023), p. 1-24. -
További szerzők:Kapazoglou, Aliki Avramidou, Evangelia Baranek, Miroslav Carneros, Elena Caro, Elena Castiglione, Stefano Cicatelli, Angela Radanovic, Aleksandra Ebejer, Jean-Paul Gackowski, Daniel Guarino, Francesco Gulyás Andrea (1985-) Hidvégi Norbert (1986-) Hoenicka, Hans Inácio, Vera Johannes, Frank Karalija, Erna Lieberman-Lazarovich, Michal Martinelli, Federico Maury, Stéphane Mladenov, Velimir Morais-Cecílio, Leonor Pecinka, Ales Tani, Eleni Testillano, Pilar S. Todorov, Dimitar Valledor, Luis Vassileva, Valya
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM113143
Első szerző:Dobránszki Judit (biológus)
Cím:DNA methylation and mRNA transcription background of enhanced seedling growth after seed ultrasonication / Dobránszki Judit, Gulyás Andrea, Hidvégi Norbert
Dátum:2023
Megjegyzések:After-effects of seed ultrasonication (30 kHz, 70 W for 5 min) of winter wheat were investigated in present study. DNA methylation and mRNA transcriptomic patterns were studied and compared in 1-week-old seedlings. Whole genome bisulfide sequencing and mRNA seq. were used for identifying the differentially expressed genes (DEGs) and differentially methylated genes (DMGs) or regions (DMRs) . Seed ultrasonication caused increased growth of seedlings. Behinds this growth enhancement process, the global hypomethylation of DNA, and increased mRNA transcription related mainly to starch biosynthesis, IAA biosynthesis, photosynthesis and TCA cycle pathways were detected. Furthermore, the detected changes in gene transcription suggested that after ultrasonication there were alterations in IAA and sucrose signalling and thereby in crosstalk between them, in growth enhancement processes, and in transcription of genes that have the motif of CCAAT in their promoter. DNA methylation changes in DMGs were associated with the main pathways that were detected to be up-regulated in mRNA transcription. Our results suggested that seed ultrasonication acted as a priming technique that resulted in DNA hypomethylation leading to modification of mRNA transcription in seedlings causing finally an enhanced growth of seedlings.
Tárgyszavak:Agrártudományok Növénytermesztési és kertészeti tudományok előadáskivonat
könyvrészlet
Megjelenés:Abstract Book: 3rd EPI-CATCH Conference CA19125 - Epigenetic Mechanisms of Crop Adaptation to Climate Change. - p. 57.
További szerzők:Gulyás Andrea (1985-) Hidvégi Norbert (1986-)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM106668
Első szerző:Dobránszki Judit (biológus)
Cím:Ultrasound enhances plant growth and development by altering the DNA methylation, mRNA transcription and hormonal balance / Judit Dobránszki, Norbert Hidvégi, Andrea Gulyás, Georgina Pesti-Asbóth, Piroska Bíróné Molnár, Ildikó Forgács, Judit Remenyik
Dátum:2022
Megjegyzések:Within the framework of our project regarding the investigation of the working mechanism and usability of different physical cues/signals for influencing the growth and development of plants in an environment-soundly way, we studied the effects of ultrasound on DNA methylation, mRNA transcription and the hormonal balance of plants. Two model systems were applied, namely, ultrasonication of seeds of winter wheat (Triticum aestivum L.) and ultrasonication of in vitro explants of potato (Solanum tuberosum L.). In both systems the enhancement of the growth and development were detected. Behind this, we detected hypomethylation of the DNA associated with major pathways that have been shown to be up-regulated in mRNA transcription. Ultrasound stress altered the endogenous melatonin and auxin levels. A close relationship was evinced between the endogenous levels of the auxin (IAA) and melatonin and ascorbic acid. Melatonin had a dual role in plants, it acted as both an antioxidant and a growth regulator.
ISBN:978-963-490-468-7
Tárgyszavak:Agrártudományok Növénytermesztési és kertészeti tudományok előadáskivonat
könyvrészlet
plant biotechnology
ultrasonication
melatonin
indol acetic acid
Megjelenés:Biotechnology at the University of Debrecen - 2022 International Symposium : Abstract Book. - p. 20. -
További szerzők:Hidvégi Norbert (1986-) Gulyás Andrea (1985-) Pesti-Asbóth Georgina (1990-) (élelmiszerbiztonsági és -minőségi mérnök) Bíróné Molnár Piroska (1970-) (biokémia) Forgács Ildikó Noémi (1992-) (biológus) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész)
Pályázati támogatás:TKP2021-EGA-20
Egyéb
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM101096
Első szerző:Dobránszki Judit (biológus)
Cím:Transcription Profile of Potato (Solanum tuberosum L.) Growing In Vitro / Judit Dobránszki, Norbert Hidvégi, Andrea Gulyás, Bianka Tóth, Jaime A. Teixeira da Silva
Dátum:2021
ISSN:0721-7595
Tárgyszavak:Agrártudományok Növénytermesztési és kertészeti tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Journal Of Plant Growth Regulation. - 40 : 2 (2021), p. 749-760. -
További szerzők:Hidvégi Norbert (1986-) Gulyás Andrea (1985-) Tóth Bianka (1988-) (biológus) Teixeira da Silva, Jaime A.
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:bibEBI00026258
Első szerző:Dobránszki Judit (biológus)
Cím:Abiotic stress elements in in vitro potato (Solanum tuberosum L.) exposed to air-based and liquid-based ultrasound: A comparative transcriptomic assessment / Judit Dobránszki, Norbert Hidvégi, Andrea Gulyás, Bianka Tóth, Jaime A. Teixeira da Silva
Dátum:2020
ISSN:0079-6107
Megjegyzések:Ultrasound (US) can modify the plant growth and development. Previous assessments of the transcriptome of in vitro potato (Solanum tuberosum L.) exposed to US transmitted through air (AB-US) or liquid (PE-US) revealed the up- or down-regulation of several stress-related differentially expressed genes (DEGs) related to abiotic stress. In a bid to better characterize stress-related elements over a four-week period, the transcriptome of AB-US was compared to that of PE-US. When comparing the controls of both treatments, DEGs related to hypoxia were not detected. Nevertheless, hypoxia-related DEGs were detected in the combination of liquid medium and ultrasonication. DEGs coding for chitinase, peroxidase, glutathione-S-transferase, transcription factors of ERF (ethylene responsive factor), DREB (dehydration-responsive element-binding), WRKY and MYB were also significantly highly expressed in PE-US, relative to AB-US. Up- and down-regulation of DEGs related to metabolic processes, and enzymes of the antioxidant system also confirm that PE-US is a more acute abiotic stress than AB-US.
Tárgyszavak:Agrártudományok Növénytermesztési és kertészeti tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Abiotic stress
Differentially expressed genes
Heat shock proteins
Plant growth
Megjelenés:Progress In Biophysics & Molecular Biology. - 158 (2020), p. 47-56. -
További szerzők:Hidvégi Norbert (1986-) Gulyás Andrea (1985-) Tóth Bianka (1988-) (biológus) Teixeira da Silva, Jaime A.
Pályázati támogatás:NKFIH-1150-6/2019
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM078531
035-os BibID:(WoS)000472509400011 (Scopus)85065183537
Első szerző:Dobránszki Judit (biológus)
Cím:mRNA transcription profile of potato (Solanum tuberosum L.) exposed to ultrasound during different stages of in vitro plantlet development / Judit Dobránszki, Norbert Hidvégi, Andrea Gulyás, Jaime A. Teixeira da Silva
Dátum:2019
ISSN:0167-4412 1573-5028
Megjegyzések:Ultrasound (US) can influence plant growth and development. To better understand the genetic mechanism underlying the physiological response of potato to US, single-node segments of four-week-old in vitro plantlets were subjected to US at 35 kHz for 20 min. Following mRNA purification, 10 cDNA libraries were assessed by RNA-seq. Significantly differentially expressed genes (DEGs) were categorized by gene ontology or Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes identifiers. The expression intensity of 40,430 genes was studied. Several hundred DEGs associated with biosynthesis, carbohydrate metabolism and catabolism, cellular protein modification, and response to stress, and which were expressed mainly in the extracellular region, nucleus, and plasma membrane, were either up- or down-regulated in response to US. RT-qPCR was used to validate RNA-seq data of 10 highly up- or down-regulated DEGs, and both Spearman and Pearson correlations between SeqMonk LFC and RT-qPCR LFC were highly positive (0.97). This study examines how some processes evolved over time (0 h, 24 h, 48 h, 1 week and 4 weeks) after an abiotic stress (US) was imposed on in vitro potato explants, and provides clues to the temporal dynamics in DEG-based enzyme functions in response to this stress. Despite this abiotic stress, plantlets survived.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Abiotic stress
Antioxidant
DEG
Enzyme
Plant growth
Ultrasonication
Wounding
Megjelenés:Plant Molecular Biology. - 100 : 4-5 (2019), p. 511-525. -
További szerzők:Hidvégi Norbert (1986-) Gulyás Andrea (1985-) Teixeira da Silva, Jaime A.
Pályázati támogatás:20428-3/2018/FEKUTSTRAT
FIKP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

7.

001-es BibID:BIBFORM104320
Első szerző:Gulyás Andrea
Cím:Epigenome of Malus domestica / Andrea Gulyás, Judit Dobránszki, Erzsébet Kiss, Katalin Posta, Norbert Hidvégi
Dátum:2019
Megjegyzések:The aim of this study was to examine the epigenomes of two diploid apple scion cultivars from three distinct environments: 1) in vitro shoots maintained for 16 years in tissue culture; 2) in vivo mother trees (20 years old); 3) acclimatized in vitro plants (one year after acclimatization). Using whole-genome bisulfite sequencing (WGBS), the level of DNA methylation was measured in these three biological samples to determine whether an epigenetic footprint was left within the epigenome of apple due to different environments (in vivo mother tree vs. in vitro) or a change in the environment (in vitro culture to acclimatized stage). The study further assessed if the DNA methylation pattern of acclimatized plants mirrored that of the original parental material (i.e., in vivo mother plant vs. one year after acclimatization).
ISBN:978-963-269-818-2
Tárgyszavak:Agrártudományok Növénytermesztési és kertészeti tudományok előadáskivonat
könyvrészlet
apple
epigenetic
DNA methylation
gene expression
Megjelenés:18th Alps-Adria Scientific Workshop : Alimentation and Agri-environment : Abstract book / (ed.) Kende Zoltán. - p. 60-61. -
További szerzők:Dobránszki Judit (1967-) (biológus) Kiss Erzsébet Posta Katalin (1961-) (biológia-kémia szakos tanár) Hidvégi Norbert (1986-)
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

8.

001-es BibID:BIBFORM104318
Első szerző:Gulyás Andrea
Cím:Genetikai stabilitás és génexpressziós vizsgálatok alma hajtástenyészetekben / Gulyás Andrea, Dobránszki Judit, Kiss Erzsébet, Hidvégi Norbert
Dátum:2019
ISSN:1419-2713
Megjegyzések:Az epigenetika a gén expressziójában vagy a sejtek fenotípusában bekövetkező változás, amely a mitózis vagy meiózis során következhet be és nem okoz DNS-szekvencia változást. Kémiai csoportok kapcsolódhatnak a DNS-hez, aminek következtében módosulhat a gén aktivitása. Az eukarióták egyedfejlődését kísérő ilyen ?genetika fölötti" ún. epigenetikai változások az in vitro növényi tenyészetekben is történnek. Epigenetikai módosulások szabályozzák a szomatikus embriogenezist, az organogenezist a regenerációs folyamatok során. Felléphetnek azonban mikroszaporítás céljából létrehozott in vitro hajtástenyészetekben is a táptalaj-komponensek, a fenntartási körülmények hatására. Kísérleteinkben arra kerestük a választ, hogy több évtizedes in vitro hajtástenyészetek mikroszatellit (SSR) és transzkriptom profil mintázata azonos vagy eltérő-e a kiinduló (anya) növényekhez képest, illetve az esetleges változások visszaalakulnak-e az akklimatizáció során. A kutatásaink alapanyagául ♭McIntosh' és ♭Húsvéti rozmaring' almafajtákat használtunk. Az anyanövények és a több mint 20 éve hajtástenyészeteben fenntartott in vitro növények genetikai azonosságát mikroszatellit markerekkel, a gének expressziós mintázatát RT-qPCR (reverz transzkripciós kvantitatív polimeráz láncreakció) segítségével határoztuk meg 65 kiválasztott gén esetében, melyek az előzetes vizsgálataink alapján szignifikánsan eltérő DNS metilációs szinteket mutattak. DNS-szekvencia-változást nem tapasztaltunk, ugyanakkor a vizsgált gének esetében génexpressziós különbségeket mutattunk ki, amelyek negatív korrelációban állnak az adott DNS-szakasz metilációs szintjével.
Tárgyszavak:Agrártudományok Növénytermesztési és kertészeti tudományok magyar nyelvű folyóiratközlemény hazai lapban
folyóiratcikk
alma
epigenetika
génexpresszió
mikroszatellit marker
RT-qPCR
Megjelenés:Kertgazdaság. - 2019 : 4 (2019), p. 17-29. -
További szerzők:Dobránszki Judit (1967-) (biológus) Kiss Erzsébet Hidvégi Norbert (1986-)
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

9.

001-es BibID:BIBFORM080706
Első szerző:Gulyás Andrea
Cím:Analysis of long term in vitro propagated methylome in apple / Andrea Gulyás, Norbert Hidvégi, Judit Dobránszki, Katalin Posta, Erzsébet Kiss
Dátum:2018
ISBN:978 963 315 370 3
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok előadáskivonat
könyvrészlet
Megjelenés:Fiatal Biotechnológusok Országos Konferenciája / szerk. Tamás László, Zelenyánszki Helga. - p. 119. -
További szerzők:Hidvégi Norbert (1986-) Dobránszki Judit (1967-) (biológus) Posta Katalin (1961-) (biológia-kémia szakos tanár) Kiss Erzsébet
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

10.

001-es BibID:BIBFORM079121
Első szerző:Gulyás Andrea
Cím:Changes in DNA methylation pattern of apple long-term in vitro shoot culture and acclimatized plants / Andrea Gulyás, Judit Dobránszki, Erzsébet Kiss, Jaime A. Teixeira da Silva, Katalin Posta, Norbert Hidvég
Dátum:2019
ISSN:0176-1617
Megjegyzések:DNA methylation is a process of epigenetic modification that can alter the functionality of a genome. Using whole-genome bisulfite sequencing, this study quantify the level of DNA methylation in the epigenomes of two diploid apple (Malus x domestica) scion cultivars ('McIntosh' and 'Húsvéti rozmaring') derived from three environmental conditions: in vivo mother plants in an orchard, in vitro culture, and acclimatized in vitro plants. The global DNA methylation levels were not dependent on the source of plant material, and the average level of DNA methylation was 49.77%, 34.65% and 8.77% in CpG, CHG and CHH contexts, respectively. Significant differences in DNA methylation were identified in 586 (specifically 334, 201 and 131 in CpG, CHG and CHH contexts, respectively) out of 45,116 genes, including promoter and coding sequences. These were classified as differentially methylated genes (DMGs). This is a 1.3% difference in the level of DNA methylation of genes in response to a change in the environment. Differential methylation was visualised by MA plots and functional genomic maps were established for biological processes, molecular functions and cellular components. When the DMGs were considered, in vitro tissue culture resulted in the highest level of methylation, but it was lower in acclimatized in vitro plants which was similar to that in the mother tree. Methylation patterns of the two scions differed, indicating cultivar-specific epigenetic regulation of gene expression during adaptation to various environments. After selecting genes that displayed differences larger than ?10% in CpG and CHG contexts, or larger than ?1.35% in the CHH context from among the DMGs, they were annotated in Blast2?GO v5.1.12 for Gene Ontology. DMGs identified as MD07G1113000 (protein transport), MD08G1041600 (extracellular space), MD09G1054800 (phosphatidic acid binding), and MD10G1265800 (not annotated) were methylated in all three contexts in in vitro shoots. These DNA methylation results suggest that epigenetic changes may contribute to the adaptation of apple to environmental changes by modifying the epigenome and thereby gene expression.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
Epigenetic
Malus sp.
Tissue culture
Whole-genome bisulfite sequencing
Megjelenés:Journal Of Plant Physiology. - 239 (2019), p. 18-27. -
További szerzők:Dobránszki Judit (1967-) (biológus) Kiss Erzsébet Teixeira da Silva, Jaime A. Posta Katalin (1961-) (biológia-kémia szakos tanár) Hidvégi Norbert (1986-)
Pályázati támogatás:20428-3/2018/FEKUTSTRAT
FIKP
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

11.

001-es BibID:BIBFORM109688
Első szerző:Hidvégi Norbert
Cím:Functional analysis of XTH genes in potato (Solanum tuberosum) and tomato (Solanum lycopersicum) / Norbert Hidvégi, Judit Dobránszki, Bianka Tóth, Andrea Gulyás
Dátum:2022
ISBN:978-963-490-467-0
Tárgyszavak:Agrártudományok Növénytermesztési és kertészeti tudományok előadáskivonat
könyvrészlet
Megjelenés:Biotechnology at the University of Debrecen - 2022 International Symposium Abstract Book / Faculty of Science and Technology, Department of Molecular Biotechnology and Microbiology, Institute of Biotechnology and Faculty of Agricultural and Food Sciences and Enviromental Management, Central Laboratory of Agricultural and Food Products. - p. 59. -
További szerzők:Dobránszki Judit (1967-) (biológus) Tóth Bianka (1988-) (biológus) Gulyás Andrea (1985-)
Pályázati támogatás:TKP2021-EGA-20
Egyéb
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

12.

001-es BibID:BIBFORM104321
Első szerző:Hidvégi Norbert
Cím:Complementation of wild strawberry (Fragaria vesca L.) SPATULA (FvSPT) and SPIRAL (FvSPR) genes in Arabidopsis thaliana / Norbert Hidvégi, Andrea Gulyás Andrea, Jaime A Teixeira da Silva, Katalin Posta Katalin, Erzsébet Kiss
Dátum:2020
ISSN:2064-7816 2064-9479
Megjegyzések:This study assessed the function of genes involved in wild strawberry (Fragaria vescaL.) fruitdevelopment and maturation to better understand the mechanism of non-climacteric fruit ripening.SPATULA(FvSPT) andSPIRAL(FvSPR) genes ofFragaria vescadisplayed differential expression between the greenand red ripening stages.SPT, which encodes a bHLH transcription factor, was characterized inArabidopsisthalianaL. where its recessive mutation caused degenerative carpel and fruit development. ThesptmutantofA. thalianahad shorter, smaller, and wider spatula-shaped siliques than the wild type.SPTwas expressedthroughout the development of marginal and transmission tract tissues, confirming its role in regulating thegrowth of these tissues. TwoA. thaliana SPIRALgenes,SPR1andSPR2, are required for directional controlof cell elongation. Recessive mutations in either of these genes decreased anisotropic growth of endodermaland cortical root cells and etiolated hypocotyls and caused right-handed helical growth in epidermal cells.The strawberrySPATULA(FvSPT) andSPIRAL(FvSPR) genes were amplified andsptandsprmutantA.thalianaplants were transformed withFvSPT::pGWB401,FvSPR1-1::pGWB401andFvSPR1-2::pGWB401vector constructs. Silique length and seed number/silique in theA. thaliana sptmutant were effectively com-plemented byFvSPTwhereassprwas almost fully complemented byFvSPR1-2, but not byFvSPR1-1.
Tárgyszavak:Agrártudományok Növénytermesztési és kertészeti tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény hazai lapban
folyóiratcikk
bHLHgene
spatula shape-silique
helical root growth
sprandsptmutants
Megjelenés:Columella. - 7 : 1 (2020), p. 23-34. -
További szerzők:Gulyás Andrea (1985-) Teixeira da Silva, Jaime A. Posta Katalin (1961-) (biológia-kémia szakos tanár) Kiss Erzsébet
Pályázati támogatás:NKFIH-1150-6/2019
Egyéb
NKFIH-1159-6/2019
Egyéb
OTKA- K-101195
OTKA
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1 2 
Corvina könyvtári katalógus v8.2.27 © 2023 Monguz kft. Minden jog fenntartva.