CCL

Összesen 34 találat.
#/oldal:
Részletezés:
Rendezés:

1.

001-es BibID:BIBFORM132684
Első szerző:Barabás Márton (orvos)
Cím:Correlation between Adverse Events Therapeutic Response and Microbiome Changes / Barabás M., Gal K., Tolnai E., Dávid P., Fauszt P. Z., Mikolás M., Paholcsek M., Remenyik J., Kovács Á.
Dátum:2025
ISSN:0360-3016
Megjegyzések:Purpose/Objective(s): This study aims to characterize microbiota and microbiome changes during neoadjuvant chemoradiation therapy (nCRT) for rectal cancer patients. Despite advancements in radiotherapy planning, pelvic radiation can inadvertently damage normal tissues and disrupt gut microbiota, leading to severe side effects. Among key microbial components, short-chain fatty acid (SCFA)-producing bacteria play a pivotal role in preserving gut homeostasis by maintaining epithelial integrity and producing anti-inflammatory metabolites. This study seeks to identify specific SCFA-producing bacterial taxa critical for gut health and evaluate their potential as biomarkers for predicting treatment response and adverse events. Materials/Methods: Thirteen patients with histologically confirmed rectal adenocarcimona undergoing nCRT per protocol, were included in the study. Fecal samples were collected at three time points: pre-treatment, mid-treatment, and post-treatment. Adverse events were assessed using the Common Terminology Criteria for Adverse Events (CTCAE) v5.0, and treatment responses were categorized according to the Tumor Regression Grade (TRG) system. A sex- and age-matched voluntary healthy control group was used for comparison. DNA extraction from 0.25 g fecal samples was performed using the DNeasy PowerSoil Pro Kit. Shotgun metagenomic sequencing was conducted on an Illumina NovaSeq 6000 (150-bp paired-end run, Novogene Bioinformatics Technology). Microbial analysis was carried out using the SqueezeMeta pipeline (v1.6.3), with taxonomic assignment via DIAMOND v2.19 against the GenBank nr database. Antibiotic resistome prediction was performed using the Resistance Gene Identifier (RGI) software with the Comprehensive Antibiotic Resistance Database (CARD). Results: Among the 13 patients, nine exhibited stable microbiota composition throughout treatment, whereas four showed significant microbial alterations. Five patients experienced mild to severe diarrhea, and four of these cases coincided with notable shifts in gut microbiota composition. Analysis of TRG grading revealed a correlation between SCFA-producing taxa, therapeutic response, and severe adverse events. Patients with pronounced SCFA-producing bacterial shifts exhibited stronger associations with both treatment outcomes and toxicity profiles. Conclusion: Gut microbiota alterations, particularly changes in SCFA-producing bacterial taxa, are closely linked to therapeutic response and treatmentrelated toxicity in nCRT for rectal cancer. These findings suggest that monitoring SCFA-producing microbiota could aid in developing postbiotic interventions to mitigate adverse events and enhance treatment efficacy. Future research should explore microbiome-targeted strategies to optimize patient outcomes and establish predictive biomarkers for radiation-induced toxicity
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idézhető absztrakt
folyóiratcikk
Megjelenés:International Journal Of Radiation Oncology Biology Physics. - 123 : 1 (2025), p. e627. -
További szerzők:Gál Kristóf (1994-) (orvos) Szilágyi-Tolnai Emese (1988-) (Molekuláris biológus) Dávid Péter (1984-) (biológia tanár) Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Mikolás Maja (2000-) (molekuláris biológus) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Kovács Árpád (1979-) (onkoradiológus, klinikai onkológus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

2.

001-es BibID:BIBFORM134993
Első szerző:Dávid Péter (biológia tanár)
Cím:Investigation of the microbial terroir of mád wine region: how soil microbiota modulate regional distinctiveness and the must content / Péter Dávid, Anna Anita Szilágyi-Rácz, Péter Fauszt, Gábor Fidler, Zoltán Kállai, Attila Csaba Dobos, László Csige, László Stündl, Judit Remenyik, Melinda Paholcsek
Dátum:2023
ISSN:1217-8950 1588-2640
Megjegyzések:Soil microbiota plays a critical role in the production of high-quality terroir wines by transmitting microbiota colonizing grape surfaces. Metabolites produced by the billions of these microbes are the main contributors to the minerality and fragrance of wine. The world heritage Tokaj-Hegyalja (Tokaj-foothills) region is famous of its high terroir expression. The topography and the orientation of the vineyard, geology, the composition of the ground and the climatology basically define the soil microbiome of the vineyard-plot. The soil microbiome is responsive to biotic and abiotic changes. According to our theory, the soil microbiome is a complex biological system whose composition bears the imprints made by the combined effect of all these factors. We explored the terroir of the Mád Wine Region, which is a historical wine region, located in northeastern Hungary. One prior aim of this study was to investigate the soil microbiota of Tokaj-Hegyalja region in Mád. Culture independent next-generation sequencing was applied to decipher the vitivinicultural terroir of Tokaj-Hegyalja region. We explored in detail the 100% core soil microbiota. Shotgun sequencing allows us to know what genes are present to infer the functional pathways (supporting biofunctions such as mobilization of absorbable nutrients, plant growth stimulation, production of phytohormones, cellulose-degradation, suitable soil structure, biocontrol, antimicrobial peptide and siderophore production) that are encoded. Furthermore, network analyses were performed to focus more on the connections between the microbial community members. Dissimilarity-based networks were generated to visualize the changes in complex microbial relationships. To uncover the dynamic changes in interactions between microbial species over time (veraison vs. harvest) dissimilarity-based networks were also made. It is still questionable what correlations can be demonstrated between the soil microbiome, the microbes, and the flavonoids of the must. Another central objective of this study was to investigate the correlation between must flavonoid components and the soil microbiota. According to flavonoid content we could rank must samples is four distinct categories, and descriptive microbial barcodes were made on the basis of matching soil microbiota. In conclusion, this study established links between topography, climate, soil composition and vineyard microbial community composition, biodiversity, metabolic profiles, and soil resistome load.
Tárgyszavak:Agrártudományok Élelmiszertudományok előadáskivonat
könyvrészlet
vineyard microbial
soil microbiome
soil resistome
Megjelenés:Acta Microbiologica et Immunologica Hungarica. - 70 : Supplement 1 (2023), p. 13. -
További szerzők:Szilágyi-Rácz Anna Anita (1995-) (molekuláris biológus) Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Fidler Gábor (1987-) (molekuláris biológus, genetikus) Kállai Zoltán (1986-) (biológus) Dobos Attila (1970-) (agrármérnök) Csige László Stündl László (1970-) (agrármérnök) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

3.

001-es BibID:BIBFORM134991
Első szerző:Dávid Péter (biológia tanár)
Cím:Investigation the influence of agronomic management on the vineyard soil and trunk-bark and grape berry microbiome of Vitis vinifera from Tokaj-Wine region and Pallag-Botanical and Exhibitional garden / Péter Dávid, Anna Anita Rácz, Péter Fauszt, Zoltán Kállai, Nándor Rakonczás, Judit Remenyik, Sándor Biró, Melinda Paholcsek
Dátum:2021
Megjegyzések:Several studies demonstrate that wine-terroirs are strongly influenced by the epiphytic microbiota of vines (Vitis vinifera) representing a potential source of inoculum for wine fermentation. This study was carried out to explore the impact of biogeography and four different agronomical practices (conventional-1, -2, organic and uncultivated) on the composition and metabolic profiles of microbial communities. Both amplicon-based ribosomal DNA internal transcribed spacer phylotyping and shotgun metagenomics were used to barcode the complex microbial communities and to carry out functional metagenomics. Two Hungarian geographical territories (Tokaj wine region and Pallag) were investigated. Tokaj wine region has been declared a World Heritage Site in 2002 under the name Tokaj Wine Region Historic Cultural Landscape which is the origin of ?Tokaji aszú" wine, the world's oldest botrytized wine. Soil, vine bark and grape berry samples were collected from vineyards evidencing different agronomic managements. The applied culture-independent strategy provides a better understanding of the population composition, diversity and potential metabolic profiles of microbes present in the habitat. For each sample, the extracted genomic DNA samples were quantified and checked for purity. To sequence the V3 and V4 hypervariable regions of prokaryotic 16S rRNA genes standard library preparation was performed according to Illumina 16S metagenomic sequencing library preparation protocol. Furthermore, the trunk bark and grape berries were shotgun sequenced. In general, the alpha diversity metrices of soil samples proved to be significantly higher than those of the trunk-bark samples. As agronomic management regards, significantly lower biodiversity was experienced due to conventional in comparison to biodynamic and fellow agronomical practices irrespectively of the geography (Tokaj wine region vs, Pallag Botanical and Exhibition Garden). We managed to determine the core microbiota of wine-bark and soil samples of the vine samples and we estimated the beta-diversities of the different vitivinicultural terroirs. Our knowledge about the influence of geography and agronomical practices of vine bark- and soil associated microbiomes might also support the wine industry to understand the roles of microorganisms on the entire winemaking process, from vineyard to cellar.
ISBN:978-615-5270-67-3
Tárgyszavak:Agrártudományok Élelmiszertudományok előadáskivonat
könyvrészlet
epiphytes microbiome, grapevines, bacteria, yeasts, soil microbial community composition
Megjelenés:Hungarian Molecular Life Sciences 2021: Book of Abstracts. - p. 124-125. -
További szerzők:Szilágyi-Rácz Anna Anita (1995-) (molekuláris biológus) Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Kállai Zoltán (1986-) (biológus) Rakonczás Nándor (1978-) (agrármérnök, szőlész borász szakmérnök) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

4.

001-es BibID:BIBFORM134860
Első szerző:Dávid Péter (biológia tanár)
Cím:Investigation of agricultural practices and changes in antimicrobial resistance (amr) genes in the microbiome of grapevine bark and berries from vineyards in the Tokaj Wine Region / Péter Dávid, Péter Fauszt, Maja Mikolás, Njomza Gashi, Zoltán Kállai, Judit Remenyik, Melinda Paholcsek
Dátum:2025
Megjegyzések:The resistance genes carried by microbes found on grapevine bark and berries are an important area of research due to the health and agricultural risks. In recent years, it has been shown that antimicrobial resistance is a serious threat to global health and the food industry. A major reservoir of antimicrobial resistance (AMR) genes is the environment. In addition, they can also be transferred from environmental bacteria to pathogens through horizontal gene transfer. Our goal was to use shotgun sequencing to examine how different cultivation methods (abandoned, bio-organic, conventional) affect the composition of grapevine bark and berries microbiomes. Grapevine bark and berry samples were collected from the historic Tokaj Hegyalja Wine Region in northeastern Hungary. Our results confirmed that agronomic practices have a significant impact on the microbial communities of the grapevine bark and berry, and thus on the entire plantation.
ISBN:978-615-6443-46-5
Tárgyszavak:Agrártudományok Élelmiszertudományok előadáskivonat
könyvrészlet
Megjelenés:40th Óvár Scientific Day International Conference: "Green Deal and agriculture: sustainability or competitive advantage" : Book of abstracts / szerk. Zoltán Molnár, Katalin Némethné Wurm. - p. 201. -
További szerzők:Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Mikolás Maja (2000-) (molekuláris biológus) Gashi Njomza (2001-) (Food Scientist) Kállai Zoltán (1986-) (biológus) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

5.

001-es BibID:BIBFORM131531
Első szerző:Fauszt Péter (mikrobiom)
Cím:A rezisztencia átvitele a környezet, illetve bél mikrobiom között az intenzív brojlercsirke és kacsa tenyésztésben / Fauszt Péter, Mikolás Maja, Dávid Péter, Szőke Zsombor, Gashi Njomza, Szilágyi-Tolnai Emese, Szarvas Mária Magdolna, Fazekas Mónika Éva, Kun-nemes Andrea, Gál Ferenc, Stündl László, Czeglédi Levente, Stágel Anikó, Bíró Sándor, Remenyik Judit, Paholcsek Melinda
Dátum:2025
Megjegyzések:Az antibiotikum-rezisztencia (antimicrobial resistance) (AMR) egyre súlyosabb globális probléma, mind gazdasági, mind közegészségügyi szempontból. A rezisztens törzsek kialakulásában nagy szerepe van az állattartásban alkalmazott antibiotikumok túlzott használatának, amely elősegíti a rezisztenciák kialakulását. Az intenzív termelési rendszerek, mint környezet fontos rezervoárként szolgálnak különféle kórokozók számára, így a kórokozók megmaradhatnak a létesítményeken belül. Ezeket a rezisztenciákat később az állatok fel tudják venni, ezzel elősegítve a rezisztenciák terjedését. Bár ez egy fontos terület az AMR elleni harcban, de eddig nem sokan vizsgálták, hogy a biológiai és a környezeti minták között a rezisztencia miként adódik át intenzív állattenyésztésben, így ez egy nagy jelentőségű projekt. A brojlercsirke és a kacsa az Európai Unióban és Magyarországon is a leggyakrabban tenyésztett baromfifajok közé tartozik. A vizsgálatban 2022 és 2024 között 15 tartási cikluson keresztül vizsgáltuk a Ross 308 brojlercsirkék és Cherry Valley kacsák AMR profilját a környezeti és biológiai bélsár mintákban. A begyűjtött mintákból DNS-t izoláltunk, és teljes genom metagenom szekvenálást végeztünk. A szekvencia adatok kielemzéséhez a KneadData programot használtuk, a rezisztencia gének meghatározásához az RGI programot használtuk a CARD adatbázissal. A nagy számítási igény miatt a programok futtatása a Komondor szuperszámítógépen történt. A rezisztenciák feltérképezéséhez a környezeti minták, illetve a biológiai minták AMR szintjét hasonlítjuk össze. A rezisztenciákhoz köthető fajok alfa diverzitásának vizsgálatával a sokszínűség megállapítható. Korábbi vizsgálatok alapján feltételezzük, hogy a top 15 rezisztenciákhoz köthető fajok teszik ki a rezisztens fajok nagy részét, ezért ezekre koncentrálunk az elemzések során. Illetve vizsgáljuk ezek egymáshoz viszonyított arányát kacsában és brojlercsirkében. Számos antibiotikum osztály megtalálható a mintákban, de az olvasatok döntő többsége csupán néhány rezisztenciához köthető, amelyek dominálnak a környezetben. Vizsgáljuk ezen rezisztenciák megoszlását, hogy között mekkora az átfedés, illetve mennyi egyedi rezisztencia van jelen a különféle mintákban. Vizsgáljuk a biofilm képzők, illetve multi rezisztens fajok arányait a környezeti, illetve a biológiai minták között. A kísérleti időszak során egyes nevelési ciklusokban szükség volt antibiotikum használatára, míg más esetben nem, szeretnénk összehasonlítani, hogy ezen minták között milyen AMR profil különbségek vannak.
ISBN:978-615-6457-73-8
Tárgyszavak:Agrártudományok Állattenyésztési tudományok előadáskivonat
könyvrészlet
Brojlercsirke
kacsa
mikrobiom
antibiotikum rezisztencia
környezeti mikrobiom
Megjelenés:XXVIII. Tavaszi Szél Konferencia 2025 : Absztrakt kötet / szerk. Molnár Dániel, Molnár Dóra. - p. 44. -
További szerzők:Mikolás Maja (2000-) (molekuláris biológus) Dávid Péter (1984-) (biológia tanár) Szőke Zsombor (1998-) (Agrármérnök) Gashi Njomza (2001-) (Food Scientist) Szilágyi-Tolnai Emese (1988-) (Molekuláris biológus) Szarvas Mária Magdolna (1989-) (élelmiszeripari mérnök) Fazekas Mónika (1985-) (biotechnológus) Kun-Nemes Andrea (1983-) (okleveles élelmiszermérnök) Gál Ferenc (1986-) (gyógyszerész) Stündl László (1970-) (agrármérnök) Czeglédi Levente (1977-) (agrármérnök) Stágel Anikó (agrár) Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Pályázati támogatás:Other
SUPPORT
Internet cím:Szerző által megadott URL
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

6.

001-es BibID:BIBFORM093746
035-os BibID:(WOS)000644138300041 (Scopus)85104636408
Első szerző:Fehér Milán (agrármérnök)
Cím:Effects of phytonutrient-supplemented diets on the intestinal microbiota of Cyprinus carpio / Milan Feher, Peter Fauszt, Emese Tolnai, Gabor Fidler, Georgina Pesti-Asboth, Aniko Stagel, Istvan Szucs, Sandor Biro, Judit Remenyik, Melinda Paholcsek, Laszlo Stundl
Dátum:2021
ISSN:1932-6203
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
Megjelenés:Plos One. - 16 : 4 (2021), p. 1-24. -
További szerzők:Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Szilágyi-Tolnai Emese (1988-) (Molekuláris biológus) Fidler Gábor (1987-) (molekuláris biológus, genetikus) Pesti-Asbóth Georgina (1990-) (élelmiszerbiztonsági és -minőségi mérnök) Stágel Anikó (agrár) Szűcs István (1968-) (agrárközgazdász) Biró Sándor (1949-) (molekuláris genetikus) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus) Stündl László (1970-) (agrármérnök)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

7.

001-es BibID:BIBFORM132683
Első szerző:Gál Kristóf (orvos)
Cím:Analysis of the miRNome Expression Profile in Saliva Samples as a Function of Neoadjuvant Chemoradiotherapy in a Rectal Cancer Study Population Using Next-Generation Sequencing / Gal K., Barabás M., Tolnai E., Dávid P., Fauszt P. Z., Paholcsek M., Remenyik J., Kovács Á.
Dátum:2025
ISSN:0360-3016
Megjegyzések:Purpose/Objective(s): This study aimed to define miRNAs in rectal cancer patients that change in patients' saliva due to the neoadjuvant concurrent chemoradiotherapy. Furthermore, we investigated the perceivable differences in correlations between microRNAs in healthy and rectal cancer groups. Our further aim was to identify possible miRNAs that may serve ase472 Poster Q&A Abstracts International Journal of Radiation Oncology Biology Physics potential markers of the effectiveness in neoadjuvant concurrent chemoradiotherapy in further studies. Materials/Methods: Eleven patients with locally advanced rectal adenocarcinoma receiving concurrent neoadjuvant chemoradiotherapy were included in the study. Saliva samples were taken from the patients before the first and last treatment fractions. We performed an in-depth analysis of high-throughput small transcriptome sequencing data obtained from the saliva samples of our study cohort of 31 including the 11 rectal cancer patients and 20 healthy volunteers. Total RNA isolation was performed using the MagMaxTM mirVanaTM Total RNA Isolation Kit. RNA quality was measured using Agilent Tapestation 4200. Small RNA libraries were prepared using NebNext Small RNA Library Prep Set kit. Small RNA libraries were sequenced on Illumina NextSeq 550 System with read lengths of 75 bp, single-end reads. After in silico bioinformatics analyses of sequenced data, microRNAs were annotated and differential expression analyses were performed using EdgeR R package. Differentially expressed miRNAs were validated using RT-qPCR reaction. Results: By integrating in silico bioinformatic analyses of small noncoding RNA data, 147 miRNAs were identified as having a read number above 10 RPM(RPM>10) in both healthy controls and patient study groups (before the first and the last radiation fraction). For further analysis we assessed this set of miRNAs. According to our results, 37 miRNAs showed significant expression differences in rectal cancer patients compared to healthy control groups. Furthermore, 7 miRNAs (hsa-miR-378a-3p, hsa-miR203a-3p, hsa-miR-200a-3p, hsa-miR-152-3p, hsa-miR-361-5p, hsa-miR107 and hsa-miR-221-5p) showed significantly altered expression associated with concurrent chemoradiotherapy. The expression levels of these miRNAs were successfully quantified by qRT-PCR. Conclusion: miRNAs as epigenetic modulators have been extensively researched. In recent years, many miRNAs have been discovered as tumor suppressors or oncogenes and miRNA expression levels determined in blood or feces can provide useful information for diagnosis, prognosis, or therapeutic outcome. The present study provides insightful results on the changes observed in saliva, which can serve as valuable biomarkers for assessing therapeutic effectiveness.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idézhető absztrakt
folyóiratcikk
Megjelenés:International Journal Of Radiation Oncology Biology Physics. - 123 : 1 (2025), p. e 471-472. -
További szerzők:Barabás Márton (1994-) (orvos) Szilágyi-Tolnai Emese (1988-) (Molekuláris biológus) Dávid Péter (1984-) (biológia tanár) Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Kovács Árpád (1979-) (onkoradiológus, klinikai onkológus)
Internet cím:DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

8.

001-es BibID:BIBFORM133088
Első szerző:Gál Kristóf (orvos)
Cím:Analysis of the Circulating miRNome Expression Profile in Saliva Samples After Neoadjuvant Chemoradiotherapy in a Rectal Cancer Study Population Using Next-Generation Sequencing / Gál Kristóf, Dávid Péter, Paholcsek Melinda, Barabás Márton, Szilágyi Endre, Balogh Krisztina, Solymosi Dóra, Miklós Szidónia, Mikáczó Johanna, Trási Krisztina, Csiki Emese, Simon Mihály, Fauszt Péter, Póliska Szilárd, Remenyik Judit, Kovács Árpád, Szilágyi-Tolnai Emese
Dátum:2025
ISSN:1661-6596 1422-0067
Megjegyzések:Dysregulated microRNAs (miRNAs) have been implicated in the pathogenesis and progression of rectal adenocarcinoma. In this study, we aimed to identify miRNA alterations associated with the efficacy of neoadjuvant chemoradiotherapy in rectal cancer patients. High-throughput small RNA sequencing was performed to assess salivary miRNA expression profiles in 31 participants (11 rectal adenocarcinoma patients and 20 healthy volunteers). Paired saliva samples were collected from patients before and after chemoradiation. Tumor regression was classified according to the modified Ryan scheme into responders (tumor regression grade [TRG] 1?2, n = 10) and nonresponders (TRG3, n = 1). Bioinformatic integration of small non-coding RNA data revealed 37 miRNAs with distinct expression differences between patients and healthy controls. Furthermore, seven miRNAs showed significant alterations in response to radiotherapy. Among these, five candidates (hsa-miR-378a-3p, hsa-miR-203a-3p, hsa-miR-200a-5p, hsa-miR-361-5p, and hsa-miR-107) were successfully validated by RT-qPCR, displaying significantly increased salivary expression levels post-radiation compared with the pre-radiation samples (p < 0.05). Notably, hsa-miR-203a-3p, hsa-miR-200a-5p, and hsa-miR-361-5p demonstrated excellent discriminatory power for tumor regression grade (AUC > 0.7). Our findings support the involvement of specific salivary miRNAs in rectal adenocarcinoma tumor regression and highlight their potential as non-invasive biomarkers to evaluate treatment response following neoadjuvant chemoradiotherapy.
Tárgyszavak:Orvostudományok Klinikai orvostudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
miRNAs
rectal cancer
neoadjuvant concurrent chemoradiotherapy
tumor regression grade
Megjelenés:International Journal Of Molecular Sciences. - 26 : 21 (2025), p. 1-22. -
További szerzők:Dávid Péter (1984-) (biológia tanár) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus) Barabás Márton (1994-) (orvos) Szilágyi Endre (1986-) (Okleveles állattenyésztő mérnök) Balogh Krisztina Solymosi Dóra Miklós Szidónia (1996-) (orvos) Mikáczó Johanna (1997-) (általános orvos) Loós-Trási Krisztina (1996-) (orvos) Csiki Emese (1986-) (onkoradiológus) Simon Mihály Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Póliska Szilárd (1978-) (biológus) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Kovács Árpád (1979-) (onkoradiológus, klinikai onkológus) Szilágyi-Tolnai Emese (1988-) (Molekuláris biológus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

9.

001-es BibID:BIBFORM120767
035-os BibID:(Scopus)85190749582 (WoS)001205750000149
Első szerző:Gálné Remenyik Judit (kémia tanár, okleveles vegyész)
Cím:Exploring the interplay between the core microbiota, physicochemical factors, agrobiochemical cycles in the soil of the historic tokaj mád wine region / Judit Remenyik, László Csige, Péter Dávid, Péter Fauszt,Anna Anita Szilágyi-Rácz, Erzsébet Szőllősi, Zsófia Réka Bacsó, István Szepsy, Krisztina Molnár, Csaba Rácz, Gábor Fidler, Zoltán Kállai, László Stündl, Attila Csaba Dobos, Melinda Paholcsek
Dátum:2024
ISSN:1932-6203
Megjegyzések:A Hungarian survey of Tokaj-Mád vineyards was conducted. Shotgun metabarcoding was applied to decipher the microbial-terroir. The results of 60 soil samples showed that there were three dominant fungal phyla, Ascomycota 66.36% - 15.26%, Basidiomycota 18.78% - 14.90%, Mucoromycota 11.89% - 8.99%, representing 97% of operational taxonomic units (OTUs). Mutual interactions between microbiota diversity and soil physicochemical parameters were revealed. Principal component analysis showed descriptive clustering patterns of microbial taxonomy and resistance gene profiles in the case of the four historic vineyards (Szent Tama? s, Kira? ly, Betsek, Nyu? la?szo? ). Linear discriminant analysis effect size was performed, revealing pronounced shifts in community taxonomy based on soil physicochemical properties. Twelve clades exhibited the most significant shifts (LDA > 4.0), including the phyla Verrucomicrobia, Bacteroidetes, Chloroflexi, and Rokubacteria, the classes Acidobacteria, Deltaproteobacteria, Gemmatimonadetes, and Betaproteobacteria, the order Sphingomonadales, Hypomicrobiales, as well as the family Sphingomonadaceae and the genus Sphingomonas. Three out of the four historic vineyards exhibited the highest occurrences of the bacterial genus Bradyrhizobium, known for its positive influence on plant development and physiology through the secretion of steroid phytohormones. During ripening, the taxonomical composition of the soil fungal microbiota clustered into distinct groups depending on altitude, differences that were not reflected in bacteriomes. Network analyses were performed to unravel changes in fungal interactiomes when comparing postveraison and preharvest samples. In addition to the arbuscular mycorrhiza Glomeraceae, the families Mycosphaerellacae and Rhyzopodaceae and the class Agaricomycetes were found to have important roles in maintaining soil microbial community resilience. Functional metagenomics showed that the soil Na content stimulated several of the microbiota-related agrobiogeochemical cycles, such as nitrogen and sulphur metabolism; steroid, bisphenol, toluene, dioxin and atrazine degradation and the synthesis of folate.
Tárgyszavak:Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban
folyóiratcikk
terroir microbiom
NGS
Megjelenés:Plos One. - 19 : 4 (2024), p. 1-24. -
További szerzők:Csige László Dávid Péter (1984-) (biológia tanár) Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Szilágyi-Rácz Anna Anita (1995-) (molekuláris biológus) Szőllősi Erzsébet (1983-) (biológus) Bacsó Zsófia Réka Szepsy István Molnár Krisztina (1981-) Rácz Csaba (1979-) (agrármérnök) Fidler Gábor (1987-) (molekuláris biológus, genetikus) Kállai Zoltán (1986-) (biológus) Stündl László (1970-) (agrármérnök) Dobos Attila (1970-) (agrármérnök) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Pályázati támogatás:TKP2021-NKTA
Egyéb
Internet cím:Szerző által megadott URL
DOI
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

10.

001-es BibID:BIBFORM134606
Első szerző:Gashi Njomza (Food Scientist)
Cím:Impact of gypsum application on soil chemical properties and bacterial community composition / Njomza Gashi, Zsombor Szőke, Antal Czakó, Péter Fauszt, Péter Dávid, Maja Mikolás, László Stündl, Ferenc Gál, Judit Remenyik, Zsolt Sándor, Melinda Paholcsek
Dátum:2025
Megjegyzések:Soil salinity poses a significant challenge to agricultural systems, negatively affecting soil health, plant growth, and microbial diversity. High salt concentrations can lead to poor soil structure, reduced water infiltration, and impaired plant nutrient uptake, ultimately decreasing crop productivity. To address these issues, soil amendments such as gypsum, a calcium sulfatebased compound, are commonly used to improve soil structure and fertility by mitigating the effects of salinity. The application of gypsum can help displace sodium ions from the soil exchange complex and enhance the availability of essential nutrients, contributing to overall soil health. In this study, we evaluated the impact of gypsum application on both soil chemical properties and microbial composition in Besenyőtelek, Hungary. Two distinct settings were compared: one treated with gypsum and the other left untreated. Soil samples were collected from both settings at two different soil depths (A: 0?35 cm and B: 36?60 cm). Samples were then analyzed for various chemical parameters, including pH, total salt content, sodium carbonate, total carbonate, and exchangeable cations such as potassium (K?), sodium (Na?), calcium (Ca??), and magnesium (Mg??). While for microbiome analysis, DNA was extracted from soil samples, and sequencing libraries were prepared for Nanopore sequencing to identify bacterial taxa and their correlations with soil chemical properties. Results revealed significant improvements in the chemical properties of gypsum-treated soils. Specifically, gypsum application led to a notable reduction in exchangeable sodium (Na?) levels, while exchangeable calcium (Ca??) levels significantly increased (p<0.05), highlighting the positive role of gypsum in altering the ion exchange dynamics within the soil. Results also indicated an increase in the abundance of beneficial microbial taxa in gypsum-treated soils, including Rhizobium cremeum and Thermoanaerobaculum aquaticum. These taxa contribute to nutrient cycling and enhance soil fertility, indicating that gypsum application positively influences microbial diversity and activity. Furthermore, these findings suggest that gypsum amendments can serve as an effective strategy for improving soil health and sustainability in agricultural systems.
ISBN:978-615-6457-73-8
Tárgyszavak:Agrártudományok Élelmiszertudományok előadáskivonat
könyvrészlet
gypsum
soil health
salinity
soil microbiome
chemical parameters
Megjelenés:XXVIII. Tavaszi Szél Konferencia 2025 : Tanulmánykötet I. kötet / szerk. Molnár Dániel, Molnár Dóra. - p. 54-64. -
További szerzők:Szőke Zsombor (1998-) (Agrármérnök) Czakó Antal Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Dávid Péter (1984-) (biológia tanár) Mikolás Maja (2000-) (molekuláris biológus) Stündl László (1970-) (agrármérnök) Gál Ferenc (1986-) (gyógyszerész) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Sándor Zsolt (1977-) (agrármérnök, mérnöktanár) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

11.

001-es BibID:BIBFORM133568
Első szerző:Gashi Njomza (Food Scientist)
Cím:Synergistic effects of tillage and gypsum application on soil properties and microbial communities / Njomza Gashi, Zsombor Szőke, Antal Czakó, Péter Fauszt, Péter Dávid, Maja Mikolás, László Stündl, Ferenc Gál, Judit Remenyik, Zsolt Sándor, Melinda Paholcsek
Dátum:2025
Megjegyzések:Soil management practices like tillage systems and gypsum application are key to enhancing soil health and fertility. This study evaluated six tillage methods with and without gypsum, assessing effects on soil compaction, chemistry, and microbial communities. Penetration resistance, pH, exchangeable cations, calcium carbonate, and KCl-extractable nutrients were measured. Microbial diversity was analyzed via nanopore sequencing of 16S rRNA and ITS regions. Gypsum combined with loosening tillage reduced compaction (p<0.001), improved structure, and enhanced calcium and potassium while lowering sodium in soil (p<0.001). Reduced tillage supported beneficial microbes (e.g., Lactococcus, Pisolithus), while conventional tillage favored less desirable taxa. Microbial shifts correlated strongly with chemical changes, highlighting links between soil chemistry and microbial communities.
ISBN:978-615-6443-46-5
Tárgyszavak:Agrártudományok Élelmiszertudományok előadáskivonat
könyvrészlet
Soil management
tillage
gypsum amendment
soil structure
soil chemistry
microbial communities
Megjelenés:40th Óvár Scientific Day International Conference: "Green Deal and agriculture: sustainability or competitive advantage" : Book of abstracts / szerk. Zoltán Molnár, Katalin Némethné Wurm. - p. 213. -
További szerzők:Szőke Zsombor (1998-) (Agrármérnök) Czakó Antal Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Dávid Péter (1984-) (biológia tanár) Mikolás Maja (2000-) (molekuláris biológus) Stündl László (1970-) (agrármérnök) Gál Ferenc (1986-) (gyógyszerész) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Sándor Zsolt (1977-) (agrármérnök, mérnöktanár) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Pályázati támogatás:Other
SUPPORT
Internet cím:Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:

12.

001-es BibID:BIBFORM131699
Első szerző:Gashi Njomza (Food Scientist)
Cím:Diversity of microbes and antimicrobial resistance in various agricultural settings / Gashi, Njomza, Fauszt, Péter, Dávid, Péter, Szőke, Zsombor, Gálné Remenyik, Judit, Stündl, László, Paholcsek, Melinda
Dátum:2024
Megjegyzések:A mikrobák sokfélesége és az antimikrobiális rezisztencia különböző mezőgazdasági körülmények között
Soil microbial communities are crucial drivers of ecosystem functioning, especially within agricultural systems. In this study, we aimed to explore the microbial composition and resistome of soils from orchards and crop fields, sampled across varying altitudes and soil depths. To complement this, soil parameters, including pH, moisture content, and nutrient levels, were analyzed to understand how environmental factors interact with microbial communities. Shotgun sequencing was employed to provide a detailed characterization of microbial diversity, and resistome analysis was conducted to assess the presence and distribution of antimicrobial resistance genes (ARGs). The analysis of microbial communities and antimicrobial resistance genes (ARGs) across various agricultural settings revealed distinct patterns associated with different crop types and environmental conditions. Specifically, bacterial species related to critical functions such as nutrient mobilization and plant growth stimulation were significantly more prevalent in crops fields (p < 0.05). Unique ARG profiles were identified for each crop type, with feed corn and sweetcorn exhibiting the highest abundance of ARGs. Additionally, the variability in ARG profiles was noted across different altitudes and soil depths, emphasizing the role of environmental factors in shaping the resistome. These findings highlight how crop types and environmental conditions shape microbial diversity and antimicrobial resistance in soils. The distinct microbial and resistome profiles across different crops, altitudes, and soil depths underscore the importance of understanding these interactions.
ISBN:978-963-490-656-8
Tárgyszavak:Agrártudományok Élelmiszertudományok előadáskivonat
könyvrészlet
orchards
crops
soil
diversity
antimicrobial resistance
Megjelenés:XX. Tiszántúli Agrártudományi Napok : Absztraktkötet / szerk. Veres Szilvia, Stündl László. - p. 67. -
További szerzők:Fauszt Péter (1992-) (mikrobiom) Dávid Péter (1984-) (biológia tanár) Szőke Zsombor (1998-) (Agrármérnök) Gálné Remenyik Judit (1965-) (kémia tanár, okleveles vegyész) Stündl László (1970-) (agrármérnök) Paholcsek Melinda (1984-) (molekuláris biológus, genetikus)
Internet cím:Szerző által megadott URL
Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Rekordok letöltése1 2 3 
Corvina könyvtári katalógus v10.11.18-SNAPSHOT © 2024 Monguz kft. Minden jog fenntartva.