Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	BIBFORM079797
035-os BibID:	(cikkazonosító)398
Első szerző:	Csősz Éva (biokémikus, molekuláris biológus)
Cím:	Analysis of networks of host proteins in the early time points following HIV transduction / Éva Csősz, Ferenc Tóth, Mohamed Mahdi, George Tsaprailis, Miklós Emri, József Tőzsér
Dátum:	2019
ISSN:	1471-2105 1471-2105
Megjegyzések:	Background: Utilization of quantitative proteomics data on the network level is still a challenge in proteomics data analysis. Currently existing models use sophisticated, sometimes hard to implement analysis techniques. Our aim was to generate a relatively simple strategy for quantitative proteomics data analysis in order to utilize as much of the data generated in a proteomics experiment as possible. Results: In this study, we applied label-free proteomics, and generated a network model utilizing both qualitative, and quantitative data, in order to examine the early host response to Human Immunodeficiency Virus type 1 (HIV-1). A weighted network model was generated based on the amount of proteins measured by mass spectrometry, and analysis of weighted networks and functional sub-networks revealed upregulation of proteins involved in translation, transcription, and DNA condensation in the early phase of the viral life-cycle. Conclusion: A relatively simple strategy for network analysis was created and applied to examine the effect of HIV-1 on host cellular proteome. We believe that our model may prove beneficial in creating algorithms, allowing for both quantitative and qualitative studies of proteome change in various biological and pathological processes by quantitative mass spectrometry.
Tárgyszavak:	Természettudományok Biológiai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban weighted network quantitative proteomics host response HIV-1
Megjelenés:	Bmc Bioinformatics. - 20 (2019), p. 1-18. -
További szerzők:	Tóth Ferenc (1980-) (molekuláris biológus) Mahdi, Mohamed (1979-) (orvos, tudományos segédmunkatárs) Tsaprailis, George Emri Miklós (1962-) (fizikus) Tőzsér József (1959-) (molekuláris biológus, biokémikus, vegyész)
Pályázati támogatás:	GINOP-2.3.3-15-2016-00020 GINOP Bolyai János Kutatói Ösztöndíj MTA Felsőoktatási Intézményi Kiválósági Program Egyéb NKFI-6, 125238 Egyéb NIEHS - ES06694 Egyéb NIH/NCI - CA023074 Egyéb NIH/NCRR - 1S10 RR028868-01 Egyéb
Internet cím:	Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat DOI
Borító:
Saját polcon: