Találati lista | Tudóstér

001-es BibID:	bibEBI00026092
Első szerző:	Karimi, Ramin (programtervező matematikus)
Cím:	SRIdent : a novel pipeline for real-time identification of species from high-throughput sequencing reads in metagenomics and clinical diagnostic assays / Ramin Karimi, András Hajdu
Dátum:	2015
Megjegyzések:	New advances in rapid sequencing of large amounts of DNA have brought a great potential for the study of complex communities of microorganisms. One of the challenging problems is rapid identification of species from sequenced reads. Delays in the identification of pathogens are a barrier to the early diagnosis and proper treatment of infectious diseases. In this paper we proposed SRIdent (Short Read Identifier), an effective pipeline for real-time identification of species from high-throughput sequencing reads in Metagenomics and clinical diagnostic assays. This pipeline is based on generating k-mers from the short reads and searching the existence of DNA signatures in the Reads k-mers, by using Apache Hive datawarehousing. RkmerG (Read k-mers Generator) is a software program presented in this paper, for producing k-mers of the short reads, in order to use in the pipeline. The purpose of this study is to identify the species in a sample, directly from the reads without assembling and alignment.
Tárgyszavak:	Természettudományok Matematika- és számítástudományok tanulmány, értekezés DNA Sequential analysis Pipelines Microorganisms Genomics Bioinformatics Databases
Megjelenés:	37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society (EMBC), Milan, 2015. Proceedings. - p. 6481-6484
További szerzők:	Hajdu András (1973-) (matematikus, informatikus)
Pályázati támogatás:	OTKA-101680 OTKA SROP-4.2.2.B-15/1/KONV-2015-0001 Egyéb
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM062791
Első szerző:	Karimi, Ramin (programtervező matematikus)
Cím:	HTSFinder: Powerful pipeline of DNA signature discovery by parallel and distributed computing / Ramin Karimi, Andras Hajdu
Dátum:	2016
ISSN:	1176-9343
Tárgyszavak:	Műszaki tudományok Informatikai tudományok idegen nyelvű folyóiratközlemény külföldi lapban Bioinformatics Metagenomics Hadoop Big Data Testreszabható tartalomkezelő eljárások
Megjelenés:	Evolutionary Bioinformatics. - 12 (2016), p. 73-85. -
További szerzők:	Hajdu András (1973-) (matematikus, informatikus)
Pályázati támogatás:	TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0001 TÁMOP Nagy mennyiségű adat testreszabható, hatékony felhasználása
Internet cím:	Szerző által megadott URL DOI Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat
Borító:
Saját polcon:

001-es BibID:	BIBFORM056563
Első szerző:	Karimi, Ramin (programtervező matematikus)
Cím:	BINOS4DNA: Bitmap indexes and NoSQL for identifying species with DNA signatures through metagenomics samples / Karimi Ramin, Bellatreche Ladjel, Girard Patrick, Boukorca Ahcene, Hajdu Andras
Dátum:	2014
ISSN:	0302-9743
ISBN:	978-3-319-10265-8
Tárgyszavak:	Műszaki tudományok Informatikai tudományok tanulmány, értekezés Testreszabható tartalomkezelő eljárások
Megjelenés:	Information Technology in Bio- and Medical Informatics : 5th International Conference, ITBAM 2014, Munich, Germany, September 2, 2014. Proceedings / Ed. Miroslav Bursa, Sami Khuri, M. Elena Renda. - p. 1-14. -
További szerzők:	Bellatreche, Ladjel Girard, Patrick Boukorca, Ahcene Hajdu András (1973-) (matematikus, informatikus)
Pályázati támogatás:	TÁMOP-4.2.2.C-11/1/KONV-2012-0001 TÁMOP Nagy mennyiségű adat testreszabható, hatékony felhasználása
Internet cím:	Intézményi repozitóriumban (DEA) tárolt változat DOI
Borító:
Saját polcon: